요지

창업기획자 지위에서 비과세 대상 주식을 취득 후 창업기획자에서 창투사로 전환하고 창투사의 지위에서 쟁점주식을 양도하는 경우 주식의 양도차익에 대해 비과세 규정이 적용됨

회신

구「중소기업창업지원법」(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 전의 것)에 따른 창업기획자(엑셀러레이터)의 지위에서 구「조세특례제한법」(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제1호 또는 제3호의 요건에 적합한 창업자 등의 주식을 취득하고 같은 법 제13조 제1항 제3호의 중소기업창업투자회사로 전환한 이후 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 금융업 영위 법인으로 ’18.×.××. 舊.｢중소기업창업지원법｣(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 전의 것) 제19조의2에 따른 창업기획자(엑셀러레이터)로 등록하였고

   - ’2×.×.×. ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣(이하 ⁠‘벤처투자법’)^* 제37조에 따른 중소기업창업투자회사(이하 ⁠‘창투사’)로도 등록 함(현재 2개 지위)

     * ’20.2.11. 법률 제16998호로 제정. 舊｢중소기업창업지원법｣의 창업기획자 및 창투사 조항을 그대로 이관

 ○ 창업기획자로 등록 후 창투사로 등록하기 전까지 창업기업 등에 직접 또는 중소기업창업투자조합(이하 ⁠‘창투조합’)을 통하여 출자함

   - 출자한 투자주식(이하 ⁠‘쟁점주식’)은 조세특례제한법 제13조 제1항의 주식양도차익 비과세 요건을 충족 함

2. 질의내용

○ 창업기획자 지위에서 쟁점 주식을 취득한 질의법인이 창투사로 지위를 전환한 이후 쟁점주식을 양도하는 경우

  - ⁠「조세특례제한법」제13조에 따른 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 규정이 적용되는 지 여부

3. 관련법령

○ 舊 조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】(2020.2.11.법률 제16998호로 개정되기 이전의 것)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

 1. ⁠「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다) 및 창업기획자(이하 "창업기획자"라 한다)가 같은 법에 따른 창업자(이하 "창업자"라 한다), 벤처기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 "신기술창업전문회사"라 한다)에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

 2. ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 ⁠「기술보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

 3. 중소기업창업투자회사, 창업기획자, ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3제1항제3호에 따른 ⁠「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "창투조합등"이라 한다)을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

② 제1항제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

 1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

 2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

 3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

 4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

 5. 제2호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제2호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 10을 한도로 한다.

○ 중소기업창업 지원법 제2조【정의】 ⁠(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 전의 것)

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 4. "중소기업창업투자회사"란 창업자에게 투자하는 것을 주된 업무로 하는 회사로서 제10조에 따라 등록한 회사를 말한다.

 4의2. "창업기획자"(액셀러레이터)란 초기창업자 등의 선발 및 투자, 전문보육을 주된 업무로 하는 자로서 제19조의2에 따라 등록한 자(이하 "액셀러레이터"라 한다)를 말한다.

○ 중소기업창업 지원법 제10조 【중소기업창업투자회사 등록】 ⁠(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 전의 것)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 회사로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 자는 중소벤처기업부령으로 정하는 바에 따라 중소벤처기업부장관에게 중소기업창업투자회사로 등록하여야 한다. 중소기업창업투자회사가 등록한 사항 중 회사명과 소재지 등 중소벤처기업부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

 1. 창업자에 대한 투자

 2. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업에 대한 투자

 2의2. 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조 및 제15조의3에 따른 기술혁신형ㆍ경영혁신형 중소기업에 대한 투자

 3. 중소기업창업투자조합 및 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3에 따른 한국벤처투자조합의 결성과 업무의 집행

 4. 해외 기업의 주식 또는 지분 인수 등 중소벤처기업부장관이 정하는 방법에 따른 해외투자

 5. 중소기업이 개발 또는 제작하며, 다른 사업과 회계의 독립성을 유지하는 방식으로 운영되는 사업에 대한 투자

 6. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제5호까지의 사업에 딸린 사업으로서 중소벤처기업부장관이 정하는 사업

○ 중소기업창업 지원법 제19조의2【액셀러레이터의 등록 등】 ⁠(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 전의 것)

① 제19조의3과 제19조의4에 해당하는 사업을 영위하는 자로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 자는 중소벤처기업부령으로 정하는 바에 따라 중소벤처기업부장관에게 액셀러레이터로 등록하여야 한다. 액셀러레이터가 등록한 사항 중 법인명과 소재지 등 중소벤처기업부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 액셀러레이터는 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어야 한다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 해당 각 목의 요건을 갖출 것

 가. ⁠「상법」에 따른 회사: 납입자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상일 것

 나. 「민법」 등에 따른 비영리법인: 제19조의3과 제19조의4에 해당하는 사업에 출연한 재산이 대통령령으로 정하는 금액 이상일 것. 이 경우 비영리법인은 해당 사업의 수입과 지출이 명백하도록 「법인세법」 제113조에 따라 비영리법인 내 다른 사업과 각각 별개의 회계로 기록하여야 한다.

 다. ⁠「협동조합 기본법」에 따른 협동조합등 및 사회적협동조합등, ⁠「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업협동조합(이하 이 조에서 "조합등"이라 한다): 제19조의3 및 제19조의4에 해당하는 사업에 출자한 재산이 대통령령으로 정하는 금액 이상일 것. 이 경우 조합등은 해당 사업의 수입과 지출이 명백하도록 「법인세법」 제113조에 따라 조합 등 내 다른 사업과 각각 별개의 회계로 기록하여야 한다.

○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 9. "창업기획자"(액셀러레이터)란 초기창업자에 대한 전문보육 및 투자를 주된 업무로 하는 자로서 제24조에 따라 등록한 법인 또는 비영리법인을 말한다.

 10. "중소기업창업투자회사"란 벤처투자를 주된 업무로 하는 회사로서 제37조에 따라 등록한 회사를 말한다.

○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 제24조 【창업기획자의 등록】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자로서 이 법의 적용을 받으려는 자는 중소벤처기업부장관에게 창업기획자로 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 법인명과 소재지 등 중소벤처기업부령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

 1. 초기창업자의 선발 및 전문보육

 2. 초기창업자에 대한 투자

 3. 개인투자조합 또는 벤처투자조합의 결성과 업무의 집행

 4. 제1호부터 제3호까지의 사업에 딸린 사업으로서 중소벤처기업부장관이 정하는 사업

② 제1항에 따라 창업기획자로 등록을 하려는 자는 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어야 한다.

1. 다음 각 목의 구분에 따른 요건을 갖출 것

 가. ⁠「상법」에 따른 회사인 경우: 자본금이 1억원 이상일 것

 나. 「민법」 등에 따른 비영리법인인 경우: 제25조 및 제26조에 따른 사업에 출연한 재산이 대통령령으로 정하는 금액 이상일 것. 이 경우 비영리법인은 해당 사업의 수입과 지출이 명백하도록 「법인세법」 제113조에 따라 비영리법인 내 다른 사업과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 다. ⁠「협동조합 기본법」에 따른 협동조합등 및 사회적협동조합등, ⁠「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업협동조합(이하 이 조에서 "조합등"이라 한다)인 경우: 제25조 및 제26조에 해당하는 사업에 출자한 재산이 대통령령으로 정하는 금액 이상일 것. 이 경우 조합등은 해당 사업의 수입과 지출이 명백하도록 「법인세법」 제113조에 따라 조합등 내 다른 사업과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

○ 벤처투자 촉진에 관한 법률 제37조 【중소기업창업투자회사의 등록】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자로서 이 법의 적용을 받으려는 자는 중소벤처기업부장관에게 중소기업창업투자회사로 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 회사명과 소재지 등 중소벤처기업부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

 1. 창업자에 대한 투자

 2. 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조 및 제15조의3에 따른 기술혁신형ㆍ경영혁신형 중소기업에 대한 투자

 3. 벤처기업에 대한 투자

 4. 벤처투자조합의 결성과 업무의 집행

 5. 해외 기업의 주식 또는 지분 인수 등 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 방법에 따른 해외투자

 6. 중소기업이 개발하거나 제작하며 다른 사업과 회계의 독립성을 유지하는 방식으로 운영되는 사업에 대한 투자

 7. 제1호부터 제6호까지의 규정에 준하는 것으로서 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 자에 대한 투자

 8. 제1호부터 제7호까지의 사업에 딸린 사업으로서 중소벤처기업부장관이 정하는 사업

출처 : 국세청 2022. 08. 24. 서면-2022-법인-2180[법인세과-1236] | 국세법령정보시스템