요지

거주자가 주권상장법인이 발행한 주식을 그와 특수관계에 있는 법인에게 장외거래 등의 방식으로 양도하는 경우에 그 대가가 법인세법상 시가로「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는「소득세법」제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니하는 것임

회신

거주자가 주권상장법인이 발행한 주식을 그와 특수관계에 있는 법인에게「법인세법 시행령」제89조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 양도하는 경우로서 그 대가가 같은 조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는「소득세법」제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니하는 것입니다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하는 것입니다.

【관련 참고자료】

1. 사실관계

 ○㈜〇〇〇(이하 ⁠‘신청법인’) 및 ㈜◇◇◇◇◇(이하 ⁠‘신청외법인’)는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률상 ⁠“□□□” 기업집단에 속하는 계열회사임

 ○△△△(이하 ⁠‘甲’)은 신청외법인 보통주 833,330주(발행주식총수 1,600,000주의 52.08%, 코스피 상장, 이하 ⁠‘쟁점주식’)을 보유한 최대주주로서, 甲과 신청법인은 법인령 §2⑤, 소득령 §98①, 국기령 §1의2③, 상증령 §2의2①에 따른 특수관계인에 해당함

 ○신청법인은 甲으로부터 쟁점주식을「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방식 또는 같은 법률 제393조에 따른 거래소의 증권시장업무규정 제35조의 시간외대량매매 방식으로 쟁점주식을 매수할 예정임

2. 질의내용

 ○(’21.2.17. 개정) 법인령 §89① 및 ⁠(’21.2.17. 개정) 소득령 §167⑦ 하에서, 신청법인이 양도인으로부터 장외거래 방식 또는 시간외대량매매 방식으로 쟁점주식을 매수하면서 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않기 위하여 법인령 §89①에 따른 시가로 거래하는 경우 소득법 §101①에 따른 부당행위계산부인 규정 적용 여부

3. 관련법령

 ○법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

 ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

 ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

 ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

  2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

  3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

  3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)·분할에 있어서 불공정한 비율로 합병·분할하여 합병·분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)·분할하는 경우는 제외한다.

  4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

  5. 출연금을 대신 부담한 경우

  6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  가. 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

  나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

  다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

  7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

  7의2. 기획재정부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우

  8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

  가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.

  나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

  다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식등을 소각하는 경우

  8의2. 제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병(분할합병을 포함한다)·분할,「상속세 및 증여세법」제40조제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

  9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

 ③ 제1항제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

 ④ 제3항은 주권상장법인이 발행한 주식을 거래한 경우에는 적용하지 않는다.

 ○법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는「상속세 및 증여세법」제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

  1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

  2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

 ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

  1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

  2.「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조제2항제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

 ③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

  1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

 ④ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

  1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

  2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

 ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

 ⑥ 제88조제1항제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3·제40조·제42조의2와 같은 법 시행령 제28조제3항부터 제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2제1항·제2항, 제29조의3제1항, 제30조제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주" 및 "특수관계인"은 이 영에 의한 "특수관계인"으로 보고, "이익" 및 "대통령령으로 정하는 이익"은 "특수관계인에게 분여한 이익"으로 본다.

○ 법인세법 시행규칙 제42조의6【주권상장법인이 발행한 주식의 시가】

 ① 영 제89조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1.「상속세 및 증여세법」제63조제3항에 따른 최대주주 또는 최대출자자가 변경되는 경우

  2.「상속세 및 증여세법」제63조제3항에 따른 최대주주등 간의 거래에서 주식등의 보유비율이 100분의 1 이상 변동되는 경우

 ② 영 제89조제1항제2호에서 "대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법"이란「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제393조에 따른 거래소의 증권시장업무규정에서 일정 수량 또는 금액 이상의 요건을 충족하는 경우에 한정하여 매매가 성립하는 거래방법을 말한다.

○ 소득세법 제101조【양도소득의 부당행위계산】

 ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

 ② 거주자가 제1항에서 규정하는 특수관계인(제97조의2제1항을 적용받는 배우자 및 직계존비속의 경우는 제외한다)에게 자산을 증여한 후 그 자산을 증여받은 자가 그 증여일부터 5년 이내에 다시 타인에게 양도한 경우로서 제1호에 따른 세액이 제2호에 따른 세액보다 적은 경우에는 증여자가 그 자산을 직접 양도한 것으로 본다. 다만, 양도소득이 해당 수증자에게 실질적으로 귀속된 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 증여받은 자의 증여세(「상속세 및 증여세법」에 따른 산출세액에서 공제·감면세액을 뺀 세액을 말한다)와 양도소득세(이 법에 따른 산출세액에서 공제·감면세액을 뺀 결정세액을 말한다. 이하 제2호에서 같다)를 합한 세액

  2. 증여자가 직접 양도하는 경우로 보아 계산한 양도소득세

 ③ 제2항에 따라 증여자에게 양도소득세가 과세되는 경우에는 당초 증여받은 자산에 대해서는「상속세 및 증여세법」의 규정에도 불구하고 증여세를 부과하지 아니한다.

 ④ 제2항에 따른 연수의 계산에 관하여는 제97조의2제3항을 준용한다.

 ⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 소득세법 시행령 제167조【양도소득의 부당행위 계산】

 ① 삭제

 ② 삭제

 ③ 법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

  1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

  2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

 ④ 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

 ⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우「상속세 및 증여세법 시행령」제49조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간"으로 본다.

 ⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ⑦ 제5항에도 불구하고 주권상장법인이 발행한 주식의 시가는「법인세법 시행령」제89조제1항에 따른 시가로 한다. 이 경우 제3항 각 호 외의 부분 단서는 적용하지 않는다.

4. 관련예규

 ○사전-2015-법령해석재산-0204, 2015.08.18

  코스닥시장상장법인의 최대주주인 거주자가 특수관계에 있는 비상장법인에게 해당 상장법인의 주식을 한국거래소에서 시간외대량매매 방식으로 거래하는 경우로서 그 거래가액이「법인세법 시행령」제89조 제1항의 시가(그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 해당하여 같은 법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는「소득세법」제101조 제1항의 규정을 적용하지 않는 것입니다.(다만, 거짓 그밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니함)

  이 경우「법인세법 시행령」제89조 제1항의 시가에 대해서는「상속세 및 증여세법」제63조 제3항의 할증평가 규정을 적용하지 않는 것입니다.

 ○ 서면-2015-법령해석재산-0569, 2015.06.29

  거주자가 특수관계에 있는 법인에게 비상장주식을 매매계약일 현재의 확정된 가액으로 양도하는 경우로서 매매계약일 현재의 그 대가가「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 같은 법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는「소득세법」제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니하는 것입니다.(다만, 거짓 그밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니함)

출처 : 국세청 2021. 06. 07. 서면-2021-자본거래-3441[자본거래관리과-278] | 국세법령정보시스템