요지

2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 투자하는 경우로서 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하고 구「조세특례제한법」(법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조에 따른 공제를 받은 경우에는「조세특례제한법」(법률 제17759호로 개정된 것) 부칙 제4조 제2항의 규정이 적용되지 않는 것임

회신

내국법인이 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 투자하는 경우로서 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하고 구「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제25조에 따른 공제를 받은 경우에는「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정된 것을 말한다) 부칙 제4조 제2항의 규정이 적용되지 않는 것입니다.

내국법인이 투자한 사업용 유형자산이「조세특례제한법」제24조 제1항 제1호에 따른 공제대상 자산에 해당하는지 여부는 투자 목적, 유형자산의 분류 등에 따라 사실 판단할 사항입니다.

「법인세법 시행규칙」별표 2에 따른 시험연구용자산 중 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제25조의3 제3항 제2호에 따른 연구․시험용 시설 및 직업훈련용 시설에 대한 투자에 대해「조세특례제한법」제24조에 따른 세액공제를 이미 받은 자산에 대해서는「법인세법 시행규칙」별표 5 또는 별표 6의 기준내용연수 및 내용연수 범위표를 기준으로「조세특례제한법」제28조의3에 따른 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례를 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

  ○ 질의법인은 00부품을 제조하는 중소기업으로, ’19년 11월에 시설투자를 개시하여 ’20년 3월에 완료함

  - ’20.7월 특정(생산성향상)시설투자세액공제 관련 경정청구를 통해 ’19사업연도 법인세 00백만원^* 환급

    * 최저한세 적용에 따라 청구세액 000백만원 중 미공제액 00백만원은 이월

  - ’20사업연도 법인세 신고시 이월세액 00백만원 중 00백만원 세액공제

 ○ ’20년 5월에 유형자산^*(전기공사, 용수 및 에어배관, 컨베이어, 기계부분품)을 매입하였으나 통합투자세액공제는 미신청

    * 종전의 특정시설투자세액공제 제도에서는 투자세액공제 대상이 아님

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의1) ’19사업연도 경정청구를 취소(수정신고)하고 ’20사업연도에 통합투자세액공제로 경정청구가 가능한지 여부

 ○ ⁠(질의2) ’20년 5월에 투자한 사업용 유형자산에 대해 통합투자세액공제가 가능한지 여부

 ○ ⁠(질의3) 통합투자세액공제를 받은 연구·시험용 시설 및 직업훈련용 시설의 경우에도「조세특례제한법」제28조의3에 따른 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공제대상 자산

가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

2. 공제금액

가. 기본공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우에는 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액으로 한다.

나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.

③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 투자완료일부터 5년 이내의 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하는 경우에는 공제받은 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 해당 세액은 ⁠「소득세법」 제76조 또는「법인세법」제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연 평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부칙

제4조(통합투자세액공제에 관한 적용례 등)

① 제24조의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

② 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 투자하는 경우에는 제24조제2항의 개정규정에도 불구하고 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 본다.

 1. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하였을 것

 2. 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4 및 제25조의7에 따른 공제를 받지 아니하였을 것

제7조(설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례에 관한 적용례) 제28조의3제1항 각 호 외의 부분의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 취득한 설비투자자산부터 적용한다.

제36조(특정시설투자 세액공제 등에 관한 특례 등)

① 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2021년 12월 31일까지(종전의 제25조의7에 따른 투자는 2020년 12월 31일까지) 투자를 완료하는 경우에는 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4, 제25조의5 및 제25조의7(이하 이 조에서 "종전세액공제규정"이라 한다)을 적용받을 수 있다. 이 경우 종전세액공제규정을 적용받는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인은 다른 공제대상 자산에 대하여 제24조의 개정규정을 적용받을 수 없다.

○ 조세특례제한법 제28조의3 【설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례】

① 내국인이 다음 각 호의 구분에 따른 자산(이하 이 조에서 "설비투자자산"이라 한다)을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우 해당 설비투자자산에 대한 감가상각비는 각 과세연도의 결산을 확정할 때 손비로 계상하였는지와 관계없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

 1. 중소기업 또는 중견기업: 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산

 2. 제1호 외의 기업: 대통령령으로 정하는 혁신성장투자자산

② 제1항에 따라 감가상각비를 손금에 산입하려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금산입 특례의 적용신청을 하여야 한다.

③ 제1항에 따른 감가상각비의 손금산입방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제21조 【통합투자세액공제】

① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 내국인"이란 다음 각 호의 업종 외의 사업을 경영하는 내국인을 말한다.

1. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업

2. 부동산임대 및 공급업

② 법 제24조제1항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 토지와 건축물 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 말한다.

③ 법 제24조제1항제1호나목에서 "가목에 해당하지 않는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 연구ㆍ시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전 또는 근로자복지 증진 등의 목적으로 사용되는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산

2. 운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산

④ 법 제24조제1항제2호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설로서 제9조제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하에서 "신성장사업화시설"이라 한다)

2. 별표 7 제6호가목1) 및 2)의 기술이 적용된 5세대 이동통신 기지국(이와 연동된 교환시설을 포함한다)을 운용하기 위해 필요한 설비로서「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호, 제2호 및 제6호에 따른 교환설비, 전송설비 및 전원설비

⑤ 법 제24조제3항에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

1. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 건축물 또는 구축물: 5년

2. 제1호 외의 사업용자산: 2년

⑥ 법 제24조제3항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당 가산액"은 공제받은 세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 공제받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음 날부터 법 제24조제3항의 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고일까지의 기간

2. 1일 10만분의 25의 율

⑦ 법 제24조제1항 및 제2항에 따른 투자금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

1. 총투자금액에「법인세법 시행령」제69조제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액

2. 다음 각 목의 금액을 더한 금액

가. 해당 과세연도 전에 법 제24조를 적용받은 투자금액

나. 해당 과세연도 전의 투자분으로서 가목의 금액을 제외한 투자분에 대하여 제1호를 준용하여 계산한 금액

⑧ 법 제24조제1항제2호나목에 따른 3년간 연 평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다.

⑨ 법 제24조제1항제2호나목을 적용할 때 제8항에 따라 계산한 3년간 투자한 연 평균 투자금액이 없는 경우에는 추가공제 금액이 없는 것으로 한다.

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기에 관하여는 제23조제14항을 준용한다.

⑪ 법 제24조제1항에 따른 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 과세연도의 과세표준신고서와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제25조의3 【설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례】

③ 법 제28조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 혁신성장투자자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

 1. 신성장사업화시설

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 연구ㆍ시험용 시설 및 직업훈련용 시설

가. 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설

나. 인력개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설

⑤ 상각범위액을 계산할 때 적용하는 내용연수는「법인세법 시행령」제26조의3제2항제1호 및「소득세법 시행령」제63조제1항제2호에 따른 기준내용연수(이하 이 조에서 "기준내용연수"라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 50(중소기업 및 중견기업이 취득하는 제2항 각 호의 자산의 경우에는 100분의 75)을 더하거나 뺀 범위(1년 미만은 없는 것으로 한다)에서 선택하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한 내용연수(이하 이 조에서 "신고내용연수"라 한다)로 한다. 이 경우 사업연도가 1년 미만인 법인의 경우에는「법인세법 시행령」제28조제2항을 준용하여 계산한다.

○ 법인세법 시행령 제26조의3 【기준감가상각비의 계산】

① 법 제23조제2항제2호에 따른 자산은 법인이 2014년 1월 1일 이후에 취득한 감가상각자산으로서 기존보유자산 및 동종자산을 말한다.

② 제1항에 따른 감가상각자산에 대한 감가상각비는 제1호에 따른 금액의 범위에서 개별 자산에 대하여 법 제23조제2항에 따라 추가로 손금에 산입하는 감가상각비를 동종자산별로 합한 금액이 제2호에 따른 금액과 제3호에 따른 금액 중 작은 금액을 초과하지 아니하는 범위에서 손금에 산입한다.

③ 제2항에도 불구하고 제2항제3호에 따른 금액의 100분의 25에 해당하는 금액이 제2항제2호의 금액보다 큰 경우에는 개별 자산에 대하여 법 제23조제2항에 따라 추가로 손금에 산입하는 감가상각비를 동종자산별로 합한 금액이 제2항제3호에 따른 금액의 100분의 25에 해당하는 금액을 초과하지 아니하는 범위에서 추가로 손금에 산입할 수 있다.

④ 제2항과 제3항에 따른 감가상각비의 계산에 관하여는 제26조의2제3항부터 제10항까지를 준용한다.

출처 : 국세청 2021. 07. 20. 서면-2021-법인-4422[법인세과-1422] | 국세법령정보시스템