요지
거래처 조사결과 파생된 가공매입 과세자료에 대한 해명안내에 따라 부가가치세 수정신고한 후 가산세 등에 대해 경정청구가 가능한지 여부
회신
과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 후 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우 그 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여도 경정청구를 할 수 있는 것이며, 납세자가 재화 또는 용역의 공급 없이 고의로 세금계산서를 발급받아 부당한 방법으로 과세표준을 과소신고한 것에 해당하는지 여부는 구체적인 사실관계를 확인하여 사실판단할 사항입니다. 기존 해석사례를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.
▣ 재조세46019-135, 2003.04.07.
국세기본법 제45조의2 제1항의 규정에 의한 경정 등의 청구는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 후 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우에도 경정청구기한 내에는 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것입니다.
▣ 부가가치세과-854, 2013.09.17.
사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서를 발급하면서 필요적 기재사항의 전부 또는 일부를 착오 또는 과실로 적지 아니하거나 사실과 다른 경우에는 「부가가치세법」 제60조제2항제5호를 적용하는 것이나, 재화 또는 용역의 공급없이 고의로 세금계산서 등을 발급한 경우에는 같은 법 제60조제3항을 적용하는 것으로, 귀 질의의 경우 세금계산서를 잘못 기재한 것이 고의인지 또는 착오(과실)에 의한 것인지는 사실관계를 종합하여 판단할 사항입니다.
1. 사실관계
○질의법인은 제조, 건설, 도·소매업을 영위하는 업체로 2020.2기 거래처 A건설중기산업으로부터 수수한 매입세금계산서(공급가액 000백만원)에 대하여 2021년 7월경 B세무서로부터 거래사실 확인 안내문을 받음
○질의법인은 2021.8.11. 거래경위, 거래내역, 대금내역 등에 대한 거래사실확인 문답서를 작성하여 회신함
○질의법인은 2023.4.4. C세무서로부터 부가가치세 해명자료 제출 안내문을 받고 가공매입 000백만원에 대해 소명하였으나 세무대리인의 착오로 부가가치세 및 법인세, 종합소득세(인정상여분)를 수정신고하였음
2. 질의내용
○거래처 조사결과 파생된 가공매입 과세자료에 대한 해명안내에 따라 부가가치세 수정신고한 후 가산세 등에 대해 경정청구가 가능한지 여부
- 질의법인이 경정청구시 가공매입 금액 중 실제 이체한 금액을 매입으로 하고, 부당과소가산세가 아닌 일반과소가산세를 적용할 수 있는지 여부
3. 관련법령
○ 국세기본법 제45조【수정신고】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
○ 국세기본법 제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】
① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액
○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
○ 부가가치세법 시행령 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】
① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
출처 :
국세청 2025. 08. 26. 서면-2023-부가-4516[부가가치세과-2067] | 국세법령정보시스템
