요지

비적격합병시 피합병법인의 이월결손금은 자산양도차익에서 공제되므로, 과세형평상 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금 중 자산양도차익 상당의 이월결손금을 합병법인의 소득에서 공제하는 것이 타당

회신

합병등기일 현재「법인세법」제13조 제1호에 따른 결손금이 존재하는 법인과 다른 내국법인이 같은 법 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추어 합병함에 따라 같은 법 제44조의3 제1항 및 제2항에 해당하는 과세특례를 적용한 후 제3항 제1호의 사유에 해당하여 합병법인이 같은 법 시행령 제80조의4 제4항, 제5항 제2호 및 제6항을 적용하는 경우에는 합병법인은 당초 비적격합병시 피합병법인의 자산양도차익을 합병 당시 존재하였던 피합병법인의 이월결손금과 공제하여 같은 법 제44조의3 제3항 제1호의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액에 합산하여 법인세를 신고하여야 하고, 공제 후의 피합병법인의 이월결손금은 소멸하는 것입니다.

1. 사실관계

○주식회사 ○○○○○(이하 ⁠“질의법인”이라 함)는 인터넷 전자상거래, 여행알선, 항공권·공연 티켓판매 대행업 등을 영위하는 내국법인임

○’20.7월 舊 ㈜○○○○*(피합병법인, 주권상장법인)는 지주회사인 舊 ㈜△△△△△△△(합병법인, 주권상장법인)에 흡수 합병(적격합병)됨

* 인터넷 전자상거래, 여행알선, 항공권·공연 티켓판매 대행업 등을 영위(결손법인)

-합병 후 舊 ㈜△△△△△△△(합병법인)는 ㈜○○○○로 상호를 변경함

○’22.4월 ㈜○○○○(합병법인)는 질의법인(분할법인) 및 ㈜○○○○(분할신설법인)로 물적분할함

* 舊 ㈜○○○○(피합병법인)로부터 승계한 인터넷 전자상거래, 여행알선, 항공권·공연 티켓판매 대행업 등의 사업을 분할신설법인이 승계

-질의법인(분할법인)이 ㈜○○○○(분할신설법인)의 지분 100% 취득

○질의법인은 ㈜○○○○(분할신설법인)의 지분 70%를 특수관계 없는 제3자에게 매각할 예정

-지분을 매각할 경우 ’22.4월에 실시한 분할은 비적격물적분할1)에 해당되고, ’20.7월의 합병도 적격합병 사후관리 사유2)에 해당됨

1) 법§46②(2):분할법인등의 주주가 배정받은 주식을 사업연도 종료일까지 보유

2) 법§44의3③(1):승계한 자산가액의 1/2이상 처분 및 사업에 사용하지 아니한 경우

○적격합병 사후관리 요건 위배로 질의법인은 합병매수차손익, 자산조정계정 및 세무조정사항을 이월결손금에서 공제할 예정이며,

-질의법인은 적격합병시 舊 ㈜○○○○(피합병법인)의 이월결손금 126억원을 승계하였으나 합병 후 이월결손금을 공제하지 않음

2. 질의내용

○적격합병 사후관리 요건 위배로 합병법인에게 과세되는 피합병법인의 자산양도차익 상당액의 이월결손금 공제 방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

①피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2.피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

○ 법인세법 제44조의2 【합병 시 합병법인에 대한 과세】

①합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

②합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

○ 법인세법 제44조의3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

③적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2.대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

3.각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

④제3항에 따라 양수한 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.

○법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

○법인세법 시행령 제80조의3 【합병 시 양도가액과 순자산시가와의 차액 처리】

①합병법인은 법 제44조의2제2항에 따라 양도가액이 순자산시가에 미달하는 경우 그 차액(이하 "합병매수차익"이라 한다)을 익금에 산입할 때에는 합병등기일이 속하는 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 다음 산식에 따라 계산한 금액을 산입한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 하고, 이에 따라 합병등기일이 속한 월을 1월로 계산한 경우에는 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속한 월은 계산에서 제외한다.

②법 제44조의2제3항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우를 말한다.

③법 제44조의2제3항에 따라 양도가액이 순자산시가를 초과하는 경우 그 차액(이하 "합병매수차손"이라 한다)에 대한 손금산입액 계산, 산입방법 등에 관하여는 제1항을 준용한다.

○법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

①합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

1.감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2.제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

②합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다.

③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다.

④합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

⑤제4항에 따라 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우 합병매수차익 또는 합병매수차손에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

1.합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가에 미달하는 경우: 합병매수차익에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하고, 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 익금에 산입

가.제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 익금에 산입

나.가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 익금에 산입

2.합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우: 합병매수차손에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, 제80조의3제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 손금에 산입

가.제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 손금에 산입

나.가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 손금에 산입

⑥ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 합병법인의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 제85조제1호에 따라 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼며, 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면 또는 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다.

○법인세법 시행령 제85조의2 【합병ㆍ분할에 따른 양도손익 등에 대한 납세의무】

법인이 합병 또는 분할로 인하여 소멸한 경우 합병법인등은 피합병법인등이 납부하지 아니한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(합병ㆍ분할에 따른 양도손익에 대한 법인세를 포함한다)를 납부할 책임을 진다.

4. 관련예규 등

○기획재정부 법인세제과-323, 2016.04.05.

합병등기일 현재「법인세법」제13조 제1호에 따른 결손금이 존재하는 법인과 다른 내국법인이 같은 법 제44조 제2항 각호의 요건을 갖추어 합병함에 따라 같은 법 제44조의3 제1항 및 제2항에 해당하는 과세특례를 적용한 후 제3항 제1호의 사유에 해당하는 경우 합병법인은 같은 법 시행령 제80조의4 제5항 제2호를 적용함에 있어 같은 법 제44조의3 제3항 제1호의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 합병매수차손을 손금에 산입하고 동 금액을 익금에 산입하되, 같은 법 시행령 제80조의3 제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 같은 법 시행령 제80조의4 제5항 제2호 가목 및 나목에 따라 분할하여 손금에 산입하는 것임. 이 경우, 합병법인은 당초 비적격합병시 피합병법인의 자산양도차익을 합병 당시 존재하였던 피합병법인의 이월결손금과 공제하여「법인세법」제44조의3 제3항 제1호의 사유가 발생한 연도의 각 사업연도의 소득에 합산하여 법인세를 신고하여야 하고, 공제 후의 이월결손금은 소멸하는 것임

출처 : 국세청 2022. 12. 30. 서면-2022-법인-2193[법인세과-1958] | 국세법령정보시스템