요지

특수관계법인에 대한 일부 대여금과 관련하여 채무부존재확인소송이 제기되어 소멸시효완성으로 인한 채무부존재 판결이 있는 경우 후발적 경정청구 관련 조항을 적용할 수 없는 것임

회신

특수관계법인에 대한 일부 대여금과 관련하여 채무부존재확인소송이 제기되어 소멸시효완성으로 인한 채무부존재 판결이 있는 경우 국세기본법 제45조의2제2항제1호에 따른 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때를 적용할 수 없는 것임

1. 사실관계

 ○甲법인은 자동차용 부품의 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사로 특수관계법인^*인 乙법인에 2000년부터 2011년까지, 丙법인에 2003년부터 2009년까지 수십억원의 자금을 대여하였음

   *乙법인과 丙법인의 대표이사 이○○은 甲법인의 대표이사이자 최대주주(44.25%)인 이△△의 동생이고, 甲법인의 2대 주주(31.25%)임

  -甲법인은 두 법인에 대한 대여금이 세무상 특수관계인에 대한 업무무관가지급금으로 보고 매 사업연도 법인세 신고 시 인정이자 익금산입 및 관련 지급이자 손금불산입 등의 세무조정을 하여 법인세를 매년 신고․납부하였음

 ○2021년 乙법인과 丙법인은 대여금의 소멸시효가 완성되어 채무가 부존재한다는 취지로 甲법인을 상대로 채무 건 중에서 가장 최근에 발생한 부분에 대해 채무부존재소송을 제기하였고,

  -甲법인은 소멸시효 중단을 주장하였으나 법원에서는 2023.1월 소멸시효 완성에 따른 채무 부존재 판결을 내렸음

  -甲법인은 소멸된 채권에 관한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 계산을 제외하고 법인세를 재계산하여 2023.3월 국세기본법 제45조의2 제2항에 따라 후발적 사유에 의한 법인세 세액의 경정을 청구함

2. 질의내용

특수관계법인에 대한 일부 대여금과 관련하여 채무부존재확인소송이 제기되어 소멸시효완성으로 인한 채무부존재 판결이 있는 경우 후발적 경정청구가 가능한지 여부 및 소송결과를 대여금 전체에 대해 적용하는지 여부 등

3. 관련법령

 ○상법 제64조【상사시효】

   상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다. 그러나 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다.

 ○법인세법 제19조의2【대손금의 손금불산입】

   ①내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액[이하 ⁠“대손금”(貸損金)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

   ②제1항은 다음 각 호의 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다.

    2.제28조제1항제4호나목에 해당하는 가지급금(假支給金) 등. 이 경우 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다.

   ③제1항에 따라 손금에 산입한 대손금 중 회수한 금액은 그 회수한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

 ○법인세법 시행령 제19조의2【대손금의 손금불산입】

   ①법 제19조의2제1항에서 ⁠“채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

    4.「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

 ○법인세법 제28조【지급이자의 손금불산입】

   ①다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

    4.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

     가.제27조제1호에 해당하는 자산

     나.특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

 ○법인세법 시행령 제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】

   ①법 제28조제1항제4호나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

 ○법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】

   법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 ⁠“수익(收益)”이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

    9.법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 ⁠“가지급금등”이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액, 다만, 채권․채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

     가.제2조제5항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)

     나.제2조제5항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자

 ○국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

   ②과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

    1.최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, ⁠「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 ○국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】

   ⑥제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

    5.최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래·행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년

 ○국세기본법 제14조【실질과세】

   ②세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

출처 : 국세청 2023. 12. 15. 기준-2023-법무기본-0143[법무과-8543] | 국세법령정보시스템