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지주회사 적격합병 시 과세이연 계속 적용 가능 여부

서면-2022-법규재산-0457[법규과-3389]  ·  2022. 11. 25.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 내국법인의 내국인 주주가 조세특례제한법 제38조의2에 따라 과세이연을 받은 지주회사가 2011.1.1. 이후 일반법인과 적격합병하는 경우, 합병법인의 지주회사 요건 충족 여부와 무관하게 과세이연이 계속 인정되는지요?

S요약

내국법인의 내국인 주주가 조세특례제한법 제38조의2에 따라 지주회사 설립 현물출자에 대해 과세이연을 받은 후, 해당 지주회사가 일반법인과 적격합병하는 경우 합병법인이 지주회사 요건을 충족하지 않아도 과세이연은 계속 인정되는 것으로 판단됩니다.
#지주회사 적격합병 #과세이연 #주식 현물출자 #국세청 유권해석 #조세특례제한법 #현물출자주식
핵심 정리

R회신 내용 서면-2022-법규재산-0457[법규과-3389]  ·  2022. 11. 25.

  • 국세청 서면-2022-법규재산-0457[법규과-3389] (2022.11.25) 회신에 따르면, 내국법인의 내국인 주주가 조세특례제한법 제38조의2 제1항에 따라 주식을 현물출자하여 설립한 지주회사 주주가 양도소득세 과세이연을 받은 후, 그 지주회사가 적격합병으로 다른 법인에 흡수합병되는 경우 합병법인의 지주회사 요건 충족과 무관하게 과세이연이 계속 적용된다고 보았습니다.
  • 이는 2011.1.1. 이후 적격합병에 한하여 적용되며, 지주회사 요건이 합병 이후 충족되지 않더라도 과세이연이 유지됨을 명확히 하였습니다.
  • 과세이연 해제(즉각 과세) 요건은 현물출자 지주회사 주식을 처분하거나, 법령상 특별사유 발생 시입니다. 단순 합병만으로 요건을 상실하더라도 적격합병이면 이연은 유지됩니다.
  • 관련 조문으로는 조세특례제한법 제38조의2, 법인세법 제44조 및 조특법 시행령, 부칙 등이 주요 근거로 작용합니다.
  • 이 해석은 해당 일자 기준 법령 및 부칙에 따라 적용됩니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제38조의2: 주식의 현물출자에 의한 지주회사 설립 시 주주에 대한 과세특례(양도소득세 또는 법인세의 과세이연).
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의4: 현물출자 지주회사 주식 처분 시 과세이연 소득에 대한 과세 방법 등 규정.
  • 법인세법 제44조 제2항: 적격합병의 요건(적격합병 시 양도손익 없는 것으로 인정).
  • 조세특례제한법 부칙(2011.1.1. 시행): 개정 규정이 2011년 1월 1일 이후 현물출자부터 적용됨.
  • 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제13항: 지주회사 지위 상실 등 부득이한 사유 시에도 과세이연 유지 관련 사유 명시.
사례 Q&A
1. 2011년 이후 지주회사 적격합병 시 과세이연 계속 가능한가요?
답변
적격합병이라면 합병법인이 지주회사 요건을 충족하지 않더라도 과세이연이 계속 적용됩니다.
근거
국세청 2022-법규재산-0457 회신과 조특법 제38조의2 등 관련 규정에 따른 것입니다.
2. 지주회사가 일반법인과 합병해도 기존 과세이연이 소멸되나요?
답변
현물출자 지주회사의 적격합병 시 과세이연은 소멸되지 않고 유지됩니다.
근거
조세특례제한법 시행령 및 부칙에 따라 단순 합병만으로는 과세이연 해제 요건이 충족되지 않습니다.
3. 합병법인이 지주회사 요건을 못 갖춰도 과세이연 유지되나요?
답변
합병법인이 지주회사 요건을 갖추지 못해도 과세이연 적용은 계속됩니다.
근거
적격합병이면 지주회사 자격 유지 여부와 관계없이 과세이연 특례가 적용됨을 국세청에서 밝힌 바 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

내국법인의 내국인 주주가 조특법§38의2 제1항에 따라 주식의 현물출자에 의한 지주회사의 설립에 따른 과세이연을 받던 중 2011.1.1. 이후 당해 지주회사(피합병법인)가 일반법인(합병법인)과 적격합병하는 경우 그 합병법인의 지주회사 요건 충족 여부에 상관없이 과세이연을 계속 적용받을 수 있는 것임

회신

내국법인의 내국인 주주가 「조세특례제한법」(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)제38조의2 제1항에 의거 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(이하 ⁠“지주회사”라 한다)를 새로 설립하는 경우로서 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 양도소득세 과세를 이연받던 중, 2011.1.1. 이후 당해 지주회사가 「법인세법」제44조제2항에 따른 적격합병으로 다른 법인(합병법인)에 흡수합병되는 경우에는 그 합병법인의 지주회사 요건 충족 여부에 상관없이 과세이연을 계속하여 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ A회사는 2001년도 법인 설립 당시 주주로부터 해당 주주들이 보유하고 있던 주식을 현물출자 받아 지주회사로 설립됨

 ○ 신청인은 A회사의 주주로서, 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 이전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법’) 제38조의2에 따라 양도소득세를 과세 이연 받음

 ○ A회사(비상장법인)는 현재 지주회사가 아닌 B회사(상장법인)의 지분을 00.00% 보유하고 있으며,

  - B회사는 A회사를 2022년 이후 합병할 예정이며, 이에 따라 신청인은 A회사의 주식을 반환 후 합병대가로 B회사의 신주를 취득할 예정임

2. 질의내용

 ○ 주식의 현물출자에 의한 지주회사의 설립에 따른 과세이연 후 해당 지주회사가 일반법인에게 흡수합병*되는 경우

    * 법인세법 §44②에서 정한 적격합병 요건을 충족함을 전제

  -(질의1) 당초 과세이연받은 주주는 지주회사 주식을 처분한 것으로 보아 과세이연금액에 대한 양도소득세가 과세되는지

  -(질의2) 적격합병 요건 및 공정거래법 상 지주회사 요건 충족시 합병 이후에도 과세이연이 유지가능하다면, 합병시점에 합병법인이 지주회사 요건을 충족해야하는지 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제2조【정의】

  7."과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다.

  종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × ⁠(신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것)

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2023년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

조세특례제한법 시행령 제35조의4 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】(2020.02.11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ② 삭제

 ③ 삭제

조세특례제한법 시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】(2020.02.11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 처분(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 처분하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

   {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 처분한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}

 ⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정의 처리에 관하여는 제35조의2제9항 후단을 준용한다.

 ⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 제6항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

 ⑬ 법 제38조의2제5항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

  4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

○ 부칙

 제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. ⁠(단서 생략)

 제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.

○ 부칙 - 2015.12.15. 개정

 제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제38조의2제1항, 제2항, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.

 ② 제38조의2제3항의 개정규정은 이 법 시행 전에 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분에 대해서도 적용한다.

○ 조세특례제한법제38조의2 【주식의 현물출자 또는 교환에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2002.12.11. 제6762호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국인이 주식을 현물출자하여 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 지주회사(금융지주회사법에 의한 금융지주회사를 포함하며, 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로이 설립하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액중 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인이 그 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

 ③ 내국인이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 납부하는 양도소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항의 규정에 의하여 신설된 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우

  2. 양도소득세의 과세를 이연받은 거주자가 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우

  3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제및공정거래에관한법률 제8조의2제1항 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  4. 전환지주회사의 발행주식총수중 거주자 및 그 친족이 소유한 주식수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 수회에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 거주자 및 그 친족(이하 이 항에서 "최대주주"라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우

 ④ 거주자에 대하여는 2003년 12월 31일까지 현물출자 또는 자기주식교환하는 경우에 한하여 제1항 내지 제3항의 규정을 적용한다.

법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

  2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

  2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

  4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

  2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

 ① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우:다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의의제】

 ① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.

  5. 피합병법인의 주주등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

 ② 제1항제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 합병대가: 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액

법인세법 시행령 제14조 【재산가액의 평가 등】

 ① 법 제16조제1항 각 호에 따라 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각 호에 따른다.

  1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액

   나. 법 제16조제2항제1호 및 제2호에 따른 주식등의 경우: 법 제44조제2항제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다) 또는 법 제46조제2항제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다)의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하는 경우에는 종전의 장부가액(법 제16조제2항제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 일부를 금전이나 그 밖의 재산으로 받은 경우로서 합병 또는 분할로 취득한 주식등을 시가로 평가한 가액이 종전의 장부가액보다 작은 경우에는 시가를 말한다). 다만, 투자회사등이 취득하는 주식등의 경우에는 영으로 한다.

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 【정의】

 7. "지주회사"란 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조 【정의】

 ① 법 제2조제7호 전단에서 "자산총액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 구분에 따른 회사를 말한다.

  1. 해당 사업연도에 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 경우: 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원(법 제18조제1항제2호에 따른 벤처지주회사의 경우에는 300억원) 이상인 회사

  2. 제1호 외의 경우: 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원(법 제18조제1항제2호에 따른 벤처지주회사의 경우에는 300억원) 이상인 회사

 ② 법 제2조제7호 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호에 따른 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다.

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제17조 【지주회사 설립ㆍ전환의 신고】

  지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공정거래위원회에 신고하여야 한다.

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제26조 【지주회사의 설립ㆍ전환 신고】

 ② 법 제17조에 따른 지주회사의 설립ㆍ전환의 신고는 다음 각 호의 구분에 따른 기간 이내에 해야 한다.

  1. 지주회사를 설립하는 경우: 설립등기일부터 30일

  2. 다른 회사와의 합병 또는 회사의 분할을 통해 지주회사로 전환하는 경우: 합병등기일 또는 분할등기일부터 30일

  3. ~4. ⁠(생략)

 ④ 법 제17조에 따라 설립ㆍ전환 신고를 한 자가 사업연도 중 소유 주식의 감소 또는 자산의 증감 등의 사유로 제3조제1항 또는 제2항의 지주회사 기준에 해당하지 않게 된 사실을 공정거래위원회에 알린 경우에는 해당 사유가 발생한 날부터 지주회사로 보지 않는다.

출처 : 국세청 2022. 11. 25. 서면-2022-법규재산-0457[법규과-3389] | 국세법령정보시스템