요지

｢조세특례제한법｣ 제16조제2항에 의하여 소득공제받은 세액을 추징하는 경우, ｢국세기본법｣에 규정된 가산세는 적용하지 않는 것임

회신

거주자가 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣에 따른 벤처기업에 투자하여 근로소득 연말정산 시 ｢조세특례제한법｣ 제16조제1항제4호에 따른 소득공제를 적용받고 투자일부터 3년이 경과하기 전에 투자지분을 이전하여 같은 조 제2항에 따라 소득공제 받은 세액상당액을 추징당하는 경우,
원천징수의무자는 해당 거주자가 당초 소득공제 받은 과세연도에서 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징하여 원천징수 관할세무서장에게 납부하는 것이며, 이 경우 ｢국세기본법｣에 규정된 가산세는 적용하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의인은 2022.x.xx. 유상증자 신주 인수 방법으로 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣에 따른 벤처기업 A에 투자하였고

  -｢조세특례제한법｣ 제16조제1항에 따른 소득공제시기 변경신청을 통해 2023년 과세연도 근로소득 연말정산 시 벤처투자조합 출자등에 대한 소득공제를 적용받음

  - 투자일로부터 3년이 지나기 전인 2025.x.xx. 벤처기업 A 주식 전부를 처분하여 ｢조세특례제한법｣ 제16조제2항에 따라 공제받은 세액의 추징 사유가 발생함

2. 질의요지

 ○벤처기업에 투자하여 벤처투자조합 출자등에 대한 소득공제를 적용받은 거주자가 투자일부터 3년이 지나기 전에 벤처기업 투자지분을 이전한 경우 기 공제받은 소득금액에 해당하는 세액의 추징 방법 및 국세기본법에 규정된 가산세 대상인지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제16조【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】

 ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2025년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1.벤처투자조합, 민간재간접벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우

  2.대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

 3.개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 "벤처기업등"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우

  4.「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우

  5.창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우

  6.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우

 ② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  1.제1항제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

  2.제1항제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우

  3.제1항제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우

 ③제1항에 따른 소득공제는 투자 당시에는 같은 항 제3호･제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하지 아니하였으나, 투자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 같은 항 제3호･제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 경우에도 적용한다.

 ④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제14조【벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제】

 ⑥ 법 제16조에 따른 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 벤처기업투자신탁의 집합투자업자 또는 그 투자신탁을 취급하는 금융회사, 같은 법에 따른 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구의 업무집행사원 또는 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구를 취급하는 금융회사, 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제27조에 따라 중소벤처기업부장관의 위임을 받은 자 또는 ⁠「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 "전문투자조합"이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 "투자조합관리자등"이라 한다)로부터 기획재정부령으로 정하는 출자 또는 투자확인서(이하 이 조에서 "출자 또는 투자확인서"라 한다)를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따른 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

  1.「소득세법」 제73조의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다음 연도 2월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날)

  2.제1호외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한

 ⑦ 법 제16조제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 공제시기의 변경을 신청하려는 경우에는 거주자가 제6항에 따라 출자 또는 투자확인서를 발급받을 때(법 제16조제1항제2호에 해당하는 투자의 경우에는 해당 수익증권에 투자하는 때를 말한다) 투자조합관리자등에게 기획재정부령으로 정하는 소득공제시기 변경신청서를 제출해야 한다.

 ⑧투자조합관리자등은 법 제16조제2항의 규정에 의한 추징사유가 발생한 경우에는 기획재정부령이 정하는 출자지분등변경통지서를 제6항의 규정에 의하여 당해 거주자가 소득공제를 신청한 원천징수의무자ㆍ납세조합, 국세청장 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 있는 경우에는 출자지분등 변경통지서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  1.원천징수의무자의 휴업 또는 폐업

  2.납세조합의 해산

  3.근로자의 퇴직

  4.「소득세법」제73조제1항4호에 따른 사업소득만 있는 자의 휴업 또는 폐업

 ⑨제8항에 따라 출자지분등 변경통지서를 제출받은 원천징수의무자･납세조합 또는 납세지 관할세무서장은 지체없이 해당 거주자가 법 제16조제1항에 따라 공제받은 소득금액에 대한 세액(출자지분 또는 투자지분의 이전ㆍ회수나 수익증권의 양도ㆍ환매와 관련된 분에 한한다)에 상당하는 금액을 추징해야 한다.

출처 : 국세청 2025. 08. 29. 서면-2025-법규소득-0381[법규과-2015] | 국세법령정보시스템