요지

과세관청의 세무조사 결과 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액도 증가하는 경우 증가한 손금산입 한도액의 범위 내에서 당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 손금에 산입할 수 있는 것임

회신

(질의1) 귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상하고 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정하고 있는 경우로서
과세관청의 세무조사 결과 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액도 증가하는 경우
증가한 손금산입 한도액의 범위 내에서 당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 손금에 산입할 수 있는 것입니다.
(질의2) 귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상하고 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정하고 있는 경우로서
해당 비영리내국법인이 과세관청의 세무조사 결과 손금 부인된 종전 사업연도의 업무무관부동산 관련 비용에 대한 법인세액을 ｢법인세법 시행규칙｣ 제27조에 따라 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하는 경우
해당 업무무관부동산을 양도한 날이 속하는 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도가 증가하지 않는 것이므로
당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 추가로 손금에 산입할 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○A법인은 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인으로서 고유목적사업준비금을 결산서에 반영하고 있고, 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정하고 있음

○OO지방국세청장은 A법인의 2016년 및 2018년 사업연도에 대한 법인세 일반통합조사를 실시하여

  -업무무관 법무비용 및 법인신용카드 사용 부인액 등에 대해 손금불산입을 하였고,

  -조사대상기간인 2016년 및 2018년 사업연도는 법인세 고지결정, 조사기간 외 2017년 및 2019년 사업연도에 대해서는 A법인이 수정신고를 하였으며,

  -종전 업무무관부동산 관련비용 및 지급이자는 법인이 ｢법인세법 시행규칙｣ 제27조에 따라 양도한 날이 속하는 사업연도(2019년)의 법인세에 가산하여 납부하는 수정신고를 하였음

2. 질의내용

 ○(질의1)고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상한 비영리내국법인이 과세관청의 세무조사로 인한 경정에 따라 해당 사업연도의 소득금액이 증가하는 경우

  -해당 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입한도가 증가한 것으로 보아 당초 한도초과로 손금불산입 하였던 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입할 수 있는지 여부

 ○(질의2)과세관청의 세무조사로 손금 부인된 종전 사업연도의 업무무관부동산 관련 비용에 대한 법인세액을 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부한 경우

  -업무무관부동산을 양도한 날이 속하는 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입한도가 증가한 것으로 보아 당초 한도초과로 손금불산입 하였던 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

  1. 다음 각 목의 금액

   가.｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   나.｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

   다.특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

  2.그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ⑤제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

  1.해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

  2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

  3.법인으로 보는 단체가 ｢국세기본법｣ 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

  4.고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

○법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】(2020. 2.11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것)

 ③법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금 및 법정기부금을 뺀 금액으로 한다.

○법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】(2020. 2.11. 대통령령 제30396호로 개정된 것)

 ③법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 법 제66조제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 60을 이월결손금 공제한도로 적용받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 뺀 금액으로 한다.

○법인세법 제66조【결정 및 경정】

 ②납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

  1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

○법인세법 시행규칙 제27조【업무와 관련없는 비용등의 손금불산입】

  영 제49조제1항제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 있는 법인은 법 제27조제1호 및 법 제28조제1항제4호 가목의 규정에 의하여 그 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도(이하 이 조에서 "종전 사업연도"라 한다)의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

  1.종전 사업연도의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 종전 사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

  2.종전 사업연도의 과세표준과 손금에 산입하지 아니하는 지급이자등을 합한 금액에 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 종전 사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

출처 : 국세청 2021. 10. 12. 기준-2021-법령해석법인-0132[법령해석과-3527] | 국세법령정보시스템