요지

신성장동력·원천기술심의위원회 심의 결과 신성장·원천기술 적합 판정을 받아 연구·인력개발비 세액공제를 받았으나추후 과세관청이 위 세액공제를 부인하는 경우, 과소신고가산세 감면 여부는 신성장·원천기술 적합 판정을 포함한 제반 사정을 종합하여 사실판단할 사항임

회신

｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 받고자 하는 내국인이 국세청장 사전심사제도가 시행(’20년)되기 전에 신성장동력·원천기술심의위원회 심의 결과 신성장·원천기술 적합 판정을 받아 연구·인력개발비 세액공제를 받았으나,추후 과세관청이 위 세액공제에 대해 요건 불충족 등의 이유로 세액공제를 ⁠(일부 또는 전부) 부인하여 과소신고가산세를 포함하여 과세 처분하는 경우, 위 신성장동력·원천기술심의위원회의 심의 결정 내용은 과소신고가산세 감면과 관련한 고려 요소에 해당하는 것이나 가산세 감면 여부는 위 심의 결정 내용 외에도 과소신고에 이르게 된 경위 및 과소신고와 관련된 제반 사정을 종합하여 사실판단할 사항입니다.

 ○질의법인은 2019사업연도에 지출한 연구개발비에 대해 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제10조에서 정하는 신성장·원천기술심의위원회에 신성장·원천기술 연구개발 대상기술 인정 심의를 신청한 결과

  -신청 기술이 신성장·원천기술에 해당한다는 적합 결정(신청금액 전액 인정 포함)을 받고, 이를 근거로 관할세무서장에 2019사업연도 법인세 경정청구하여 연구·인력개발비 세액공제를 받음

2. 질의내용

 ○(질의1)｢국세기본법｣ 제13조제2항에 따라 법인으로 보는 단체의 대표자 또는 관리인이 자연인에 국한되는지 여부

 ○｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 받고자 하는 내국인(법인)이 국세청장 사전심사제도가 시행(’20년)되기 전에 신성장동력·원천기술심의위원회 심의 결과 신성장·원천기술 적합 판정을 받아 연구·인력개발비 세액공제를 받았으나

  -추후 과세관청이 위 세액공제에 대해 요건 불충족 등의 이유로 세액공제 ⁠(일부 또는 전부) 부인하여 과소신고가산세를 포함하여 과세 처분하는 경우, 당초 과소신고한 것에 대해 가산세 감면의 정당한 사유를 인정할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제47조의3 【과소신고·초과환급신고가산세】

 ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 ⁠「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

  1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

   가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

   나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

  2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

  1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

  2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

  3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 조세특례제한법[2018.12.24.-16009호] 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

  1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

   가. 기업유형에 따른 비율

    1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

    2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

   나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

 ② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력·원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령[2019.02.12.-29527호] 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 법 제10조제1항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

   가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

   나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

  2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

 ② 법 제10조제1항제1호가목2)에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.

  1. 중소기업이 아닐 것

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

   가. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업

   나. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제2호 각 목의 업종

  3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제1호에 적합할 것

  4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것

 ③ 법 제10조제1항제1호나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 일정배수"란 3배를 말한다.

 ⑧ 법 제10조제1항제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비로 안분하여 계산한다.

 ⑨ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다.

 ⑩ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑪ 내국인이 지출한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 별표 7에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의9제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둘 수 있다.

 ⑫ 제11항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다.

 ⑬ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 제10항에 따른 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 심사 방법 및 요청 절차 등에 필요한 사항은 국세청장이 정한다.

○ 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정(기획재정부령 제612호, 산업통상자원부령 제249호, 2017.3.17.)

 제1조(위원회의 설치) 내국인이 지출한 연구개발비가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제9조제1항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 해당하는지 여부에 관한 사항 및 같은 영 제22조의5제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 같은 영 제9조제11항에 따라 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둔다.

○ 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 설치 및 운영에 관한 규정(기획재정부령 제783호, 산업통상자원부령 제371호, 2020.3.25.)

 제1조(위원회의 설치) 내국인이 지출한 연구개발비가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 별표 7에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 같은 영 제22조의9제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 같은 영 제9조제12항에 따라 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둔다.

출처 : 국세청 2023. 06. 29. 서면-2022-법규기본-1778[법규과-1737] | 국세법령정보시스템