요지

내국법인이 해산 및 청산등기가 종결된 후에 보유하고 있는 부동산을 양도한 경우,「법인세법」제79조의 규정에 따른 청산소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것임

회신

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참조하시기 바랍니다.
○ 사전-2017-법령해석법인-0119, 2017.04.19.
내국법인이 해산 및 청산등기가 종결된 후에 보유하고 있는 부동산을 양도한 경우,「법인세법」제79조의 규정에 따른 청산소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것임
○ 서이46012-11406, 2003.07.25.
귀 질의의 경우 질의 법인의 청산절차 진행 상황을 자세히 알 수 없어 정확하게 답변하기 어려우나, 법인이 청산중에 토지 등을 양도하는 경우 ⁠「법인세법」 제79조의 규정에 의하여 계산한 청산소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것이며, 같은 조 제1항의 규정에 해당하는 해산에 의하여 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 같은법 시행령 제124조 제3항에서 규정하는 잔여재산가액 확정일부터 3월 이내에 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것임
○ 서면-2015-법인-0671, 2015.09.25.
내국법인이「법인세법」제55조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 같은 법 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 귀 질의의 경우가 이에 이에 해당하는 지 여부는 잔금 지급 여부, 등기 여부 등을 종합적으로 검토하여 사실판단하여야 할 사항임

1. 질의내용

○ 미등록 법인사업자의 부동산 양도차익에 대한 내국세 신고 절차와 방법

2. 사실관계

○질의법인은 △△도 △△시 소재 산△△번지에 화물자동차 운송사업을 영위하기 위해 법인을 설립한 후, 임야 ×,×××㎡를 매입하여 차고지를 조성하였으나

- 허가관청으로부터 화물자동차의 과잉으로 신규 면허가 중단됨에 따라 사업을 개시하지 못하여 법인설립신고 및 사업자등록을 신고하지 않음

○질의법인은 ’02.×.×. 관할법원으로부터 상법 규정에 따라 직권 해산되었으며, ’06.×.×. 청산종결 간주됨

- 질의법인은 ’09.×.×. 대표이사를 청산인으로 지정받아 상업등기규칙에 따라 등기기록을 부활한 후 ’19.×.×. 해당 토지(주차장)을 매각 처분함으로써 양도차익이 발생함

3. 관련법령

○법인세법 제79조【해산에 의한 청산소득 금액의 계산】

① 내국법인이 해산(합병이나 분할에 의한 해산은 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 "해산에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 "자기자본의 총액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.

② 해산으로 인하여 청산 중인 내국법인이 그 해산에 의한 잔여재산의 일부를 주주등에게 분배한 후 「상법」 제229조, 제285조, 제287조의40, 제519조 또는 제610조에 따라 사업을 계속하는 경우에는 그 해산등기일부터 계속등기일까지의 사이에 분배한 잔여재산의 분배액의 총합계액에서 해산등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액을 그 법인의 해산에 의한 청산소득의 금액으로 한다.

③ 내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산할 때 그 청산기간에 ⁠「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우 이에 상당하는 금액은 그 법인의 해산등기일 현재의 자기자본의 총액에 가산한다.

④ 내국법인의 해산에 의한 청산소득 금액을 계산할 때 해산등기일 현재 그 내국법인에 대통령령으로 정하는 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계하여야 한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 없는 것으로 본다.

⑤ 제4항에 따라 청산소득 금액을 계산할 때 해산등기일 전 2년 이내에 자본금 또는 출자금에 전입한 잉여금이 있는 경우에는 해당 금액을 자본금 또는 출자금에 전입하지 아니한 것으로 보아 같은 항을 적용한다.

⑥ 내국법인의 해산에 의한 청산소득의 금액을 계산할 때 그 청산기간에 생기는 각 사업연도의 소득금액이 있는 경우에는 그 법인의 해당 각 사업연도의 소득금액에 산입한다.

○ 법인세법 시행령 제121조【해산에 의한 청산소득금액의 계산】

① 법 제79조제1항의 규정에 의한 잔여재산의 가액은 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "자산총액"이라 함은 해산등기일 현재의 자산의 합계액으로 하되, 추심할 채권과 환가처분할 자산에 대하여는 다음 각호에 의한다.

1. 추심할 채권과 환가처분할 자산은 추심 또는 환가처분한 날 현재의 금액

2. 추심 또는 환가처분전에 분배한 경우에는 그 분배한 날 현재의 시가에 의하여 평가한 금액

③ 법 제79조제4항 본문에서 "대통령령으로 정하는 이월결손금"이란 제16조제1항에 따른 이월결손금을 말한다. 다만, 자기자본의 총액에서 이미 상계되었거나 상계된 것으로 보는 이월결손금을 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제124조【확정신고】

① 법 제84조제1항의 규정에 의하여 신고하는 경우에는 법 제79조에 따라 계산한 청산소득의 금액을 기재한 기획재정부령이 정하는 청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서에 법 제84조제2항 각호의 규정에 의한 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 법 제84조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 서류"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 기재된 서류를 말한다.

1. 해산(합병 또는 분할에 의한 해산을 제외한다)의 경우에는 해산한 법인의 본점 등의 소재지, 청산인의 성명 및 주소 또는 거소, 잔여재산가액의 확정일 및 분배예정일 기타 필요한 사항

2. 삭제

③ 법 제84조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 잔여재산가액확정일"이란 다음 각호의 날을 말한다.

1. 해산등기일 현재의 잔여재산의 추심 또는 환가처분을 완료한 날

2. 해산등기일 현재의 잔여재산을 그대로 분배하는 경우에는 그 분배를 완료한 날

○ 법인세법 시행규칙 제61조【해산에 의한 청산소득금액의 계산】

법인이 해산등기일 현재의 자산을 청산기간중에 처분한 금액(환가를 위한 재고자산의 처분액을 포함한다)은 이를 청산소득에 포함한다. 다만, 청산기간중에 해산전의 사업을 계속하여 영위하는 경우 당해사업에서 발생한 사업수입이나 임대수입, 공·사채 및 예금의 이자수입등은 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

가.「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

나.「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

○ 법인세법 시행령 제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

① 법 제55조의2제2항제4호다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가.「주차장법」에 따른 부설주차장(주택의 부설주차장을 제외한다. 이하 이 목에서 같다)으로서 동법에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지. 다만, 제6호의 규정에 따른 휴양시설업용 토지 안의 부설주차장용 토지에 대하여는 제6호에서 정하는 바에 의한다.

나.「지방세법 시행령」 제101조제3항제1호에 따른 사업자 외의 법인으로서 업무용자동차(승용자동차·이륜자동차 및 종업원의 통근용 승합자동차를 제외한다)를 필수적으로 보유하여야 하는 사업에 제공되는 업무용자동차의 주차장용 토지. 다만, 소유하는 업무용자동차의 차종별 대수에 「여객자동차 운수사업법」 또는 ⁠「화물자동차 운수사업법」에 규정된 차종별 대당 최저보유차고면적기준을 곱하여 계산한 면적을 합한 면적(이하 "최저차고기준면적"이라 한다)에 1.5를 곱하여 계산한 면적 이내의 토지에 한한다.

다. 주차장운영업용 토지

주차장운영업을 주업으로 하는 법인이 소유하고, ⁠「주차장법」에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

○ 상법 제520조의2【휴면회사의 해산】

① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로써 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 공고가 있는 때에는 법원은 해당 회사에 대하여 그 공고가 있었다는 뜻의 통지를 발송하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다.

○ 상법등기규칙 제54조【등기신청의 조사】

① 등기신청이 접수되었을 때에는 등기관은 지체 없이 신청에 관한 모든 사항을 조사하여야 한다.

② 등기소에 제출되어 있는 인감과 등기기록에 관한 사항은 전산정보처리조직을 이용하여 조사하여야 한다.

③ 법 제26조 단서의 보정 요구는 신청인에게 말로 하거나, 전화, 팩시밀리 또는 인터넷을 이용하여 할 수 있다.

4. 관련사례

○ 사전-2017-법령해석법인-0119, 2017.04.19.

내국법인이 해산 및 청산등기가 종결된 후에 보유하고 있는 부동산을 양도한 경우,「법인세법」제79조의 규정에 따른 청산소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것임

○ 법인세과-2724, 2008.10.02.

「상법」 제520조의2에 의해 해산등기 후 내국법인 소유 부동산을 매각함으로 인한 소득은 「법인세법 시행규칙」 제61조에 의해 청산소득에 포함되는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-1386, 2006.07.25.

귀 질의의 경우 같이 법인이 상법 제520조의 2(휴면회사의 해산)의 규정에 의하여 해산 및 청산등기가 종결된 후에 보유하고 있는 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제79조에 규정된 청산소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것입니다.

○ 서이46012-11406, 2003.07.25.

귀 질의의 경우 질의 법인의 청산절차 진행 상황을 자세히 알 수 없어 정확하게 답변하기 어려우나, 법인이 청산중에 토지 등을 양도하는 경우 「법인세법」 제79조의 규정에 의하여 계산한 청산소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것이며, 같은 조 제1항의 규정에 해당하는 해산에 의하여 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 같은 법 시행령 제124조 제3항에서 규정하는 잔여재산가액 확정일부터 3월 이내에 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것임

○ 서면-2015-법인-0671, 2015.09.25.

내국법인이「법인세법」제55조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 같은 법 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지 여부는 잔금 지급 여부, 등기 여부 등을 종합적으로 검토하여 사실판단하여야 할 사항임

출처 : 국세청 2020. 04. 29. 서면-2020-법인-0881[법인세과-1522] | 국세법령정보시스템