요지

중소기업이 수도권과밀억제권역에서 산업단지로 공장이전시 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례 적용이 가능함

회신

귀 질의의 경우, ⁠「조세특례제한법」제85조의8 제1항을 적용함에 있어서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지로 공장을 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 ⁠“중소기업의 공장이전에 대한 과세특례”를 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 - 해당 사업자는 조특법상의 중소기업으로, 수도권과밀억제권역 소재 공장에서20년 이상 제조업을 영위하던 중

 - 기존 공장을 매각하고, 인천광역시 소재 한국수출[부평주안]국가산업단지 내 신규공장을 준공하여 이전할 예정임

2. 질의내용

 -수도권과밀억제권역에서 국가산업단지로 공장이전을 한 경우 조특법§85의8에 따른 중소기업 공장이전에 대한 과세특례 적용 가능 여부

3. 관련법령

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제85조의8【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

① 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하거나 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 동일한 산업단지 내 다른 공장으로 이전하는 경우 해당 공장의 대지와 건물을 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한이 끝나는 날 이후 5년이 되는 날부터 5년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 해당 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 관하여는 제33조제3항 후단을 준용한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제79조의9【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】

① 법 제85조의8제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 수도권과밀억제권역(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다)을 말한다.

② 법 제85조의8제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 1. 이전하기 직전 지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

 2. 기존공장의 양도가액 중 새로운 공장(이하 이 조에서 "신규공장"이라 한다)의 취득(공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

③ 법 제85조의8제1항제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세"란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다.

 1. 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도차익

 2. 기존공장 양도가액 중 신규 공장 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 신규공장을 취득하지 아니한 경우 신규공장의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

⑤ 법 제85조의8제1항이 적용되는 공장이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 신규공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의8제1항을 적용하지 아니한다.

 1. 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우

 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 신규공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

⑥ 법 제85조의8제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

 1. 법 제85조의8제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

 2. 법 제85조의8제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

⑦ 법 제85조의8제1항을 적용할 때 제4항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 때에는 실제 취득가액을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 신규 공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

⑧ 법 제85조의8제1항제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존공장의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑨ 법 제85조의8제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제4항을 적용받은 후 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑪ 법 제85조의8에서 "공장"이란 제54조제1항의 공장을 말한다.

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 【정의】

 8. "산업단지"란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다.

  가. 국가산업단지: 국가기간산업, 첨단과학기술산업 등을 육성하거나 개발 촉진이 필요한 낙후지역이나 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 또는 도에 걸쳐 있는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조에 따라 지정된 산업단지

  나. 일반산업단지: 산업의 적정한 지방 분산을 촉진하고 지역경제의 제6조 【국가산업단지의 지정】 활성화를 위하여 제7조에 따라 지정된 산업단지

  다. 도시첨단산업단지: 지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업, 그 밖의 첨단산업의 육성과 개발 촉진을 위하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 제7조의2에 따라 지정된 산업단지

  라. 농공단지(農工團地): 대통령령으로 정하는 농어촌지역에 농어민의 소득 증대를 위한 산업을 유치ㆍ육성하기 위하여 제8조에 따라 지정된 산업단지

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조【국가산업단지의 지정】

① 국가산업단지는 국토교통부장관이 지정한다.

② 중앙행정기관의 장은 국가산업단지의 지정이 필요하다고 인정하면 대상지역을 정하여 국토교통부장관에게 국가산업단지로의 지정을 요청할 수 있다.

③ 국토교통부장관은 제1항 또는 제2항에 따라 국가산업단지를 지정하려면 산업단지개발계획을 수립하여 관할 시ㆍ도지사의 의견을 듣고, 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여야 한다. 산업단지개발계획을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제49조 【권한의 위임】

① 국토교통부장관은 법 제49조에 따라 별표 3의 국가산업단지에 관한 다음 각 호의 권한(법 제2조제9호바목의 사업 중 항만건설사업에 관한 권한은 제외한다)을 시ㆍ도지사에게 위임한다.

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 별표3

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 조특, 법인세과-1324,2009.11.27

 ｢조세특례제한법｣ 제85조의8에 따른 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례는 기존공장의 소재지가 수도권과밀억제권역내외 여부와 관계없이 적용받을 수 있는 것이며, ⁠‘10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 중소기업’의 사업기간에는 ｢조세특례제한법｣ 제32조 규정에 의해 법인으로 전환한 개인사업자의 사업기간도 포함하는 것입니다.

○ 조특, 법규법인2012-69, 2012.03.08.

 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하던 중소기업이 수도권과밀억제권역(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외) 외의 지역으로 공장을 이전하고, 신규공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우에는 기존공장 소재지의 수도권과밀억제권역 내ㆍ외 여부에 관계없이 「조세특례제한법」 제85조의8에 따라 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례를 적용할 수 있는 것입니다. 끝.

○ 조특, 서면-2019-법인-0092[법인세과-1368],2019.06.05

 「조세특례제한법」 제85조의8 제1항을 적용함에 있어서 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하던 중소기업이 수도권과밀억제권역 ⁠(「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외) 외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2020년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 기존공장 소재지에 관계없이 「조세특례제한법」 제85조의8에 따라 중소기업의 공장이전에 대한 과세특례를 적용할 수 있는 것임

출처 : 국세청 2023. 06. 14. 서면-2023-부동산-1497[부동산납세과-1548] | 국세법령정보시스템