요지

사내 부속의원에서 소속 직원에게 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 관련 매입세액은 공제하지 아니하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우 기획재정부 해석(부가가치세제과-68, 2024.1.25.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 부가가치세제과-68, 2024.1.25.
귀 질의와 관련하여 사내 부속의원에서 소속 직원에게 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 해당 면세사업과 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 것입니다.

 질의요지

 ○ 사내 부속의원에서 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 관련 매입세액 공제 여부

 사실관계

 ○◎◎㈜(이하 ⁠“질의법인”)는 ☆☆업을 영위하는 법인으로 종사자 건강 및 사회안전을 구현하고자 산하조직으로 △△을 운영하고 있으며,

  - △△은 사업장 내 ** 사고 및 ** 비상을 대비해 ’**년 각 **본부별로 비상의료지원센터(Radiation Emergency Medical Center, 이하 ⁠“REMC”)를 운영하고 있음

 ○REMC는 **환자를 위한 샤워시설, 치료실 등의 시설과 구급차 등 응급의료장비를 갖추고 있고

  - 평시에는 **종사자에 대한 건강관리 및 응급의료서비스, 교육 등을 지원하며 ** 비상 시 △△의 파견의료반과 함께 **현장 ** 비상 진료소를 운영함

 ○이후 질의법인은 각 **본부별 REMC에 의사, 간호사 등을 배치하여 ｢의료법｣에 따른 부속 의료기관 개설신고를 마쳤고

  - 새롭게 설립될 부속의원은 현재 REMC가 수행하고 있는 **종사자에 대한 건강관리, 응급의료서비스 등을 수행할 뿐만 아니라

  - 의사의 진찰· 진료, 전문의약품 투여 및 처방전 발행, 예방접종 등 일반적인 의료기관에서 제공하는 의료서비스를 제공할 예정임

 관련 법령

□ 부가가치세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  3. ⁠“사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

□ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

□ 부가가치세법 제12조【용역 공급의 특례】

 ① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 않고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

   용역의 자가공급 범위에 대해 현재 대통령령에서 규정하고 있지 않음

□ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

□ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

 ① 법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(｢의료법｣ 또는 ｢수의사법｣에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

  1. ｢의료법｣에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만, ｢국민건강보험법｣ 제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

   가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)

   나. 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술

□ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

□ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  4. 사업과 관련 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

□ 의료법 제2조【의료인】

 ① 이 법에서 ⁠“의료인”이란 보건복지부장관의 면허를 받은 의사·치과의사·한의사·조산사 및 간호사를 말한다.

□ 의료법 제3조【의료기관】

 ① 이 법에서 ⁠“의료기관”이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료·조산의 업(이하 ⁠“의료업”이라 한다)을 하는 곳을 말한다.

 ② 의료기관은 다음 각 호와 같이 구분한다.

  1. 의원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 외래환자를 대상으로 각각 그 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다.

   가. 의원 ⁠(이하 생략)

□ 의료법 제33조【개설 등】

 ① 의료인은 이 법에 따른 의료기관을 개설하지 아니하고는 의료업을 할 수 없으며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 의료기관 내에서 의료업을 하여야 한다.

  1. ｢응급의료에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 응급환자를 진료하는 경우

  2. 환자나 환자 보호자의 요청에 따라 진료하는 경우

  3. 국가나 지방자치단체의 장이 공익상 필요하다고 인정하여 요청하는 경우

  4. 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 가정간호를 하는 경우

  5. 그 밖에 이 법 또는 다른 법령으로 특별히 정한 경우나 환자가 있는 현장에서 진료를 하여야 하는 부득이한 사유가 있는 경우

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원ㆍ병원ㆍ요양병원ㆍ정신병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원ㆍ요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

  1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

  2. 국가나 지방자치단체

  3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 "의료법인"이라 한다)

  4. ｢민법｣이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인

  5. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 준정부기관, ｢지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률｣에 따른 지방의료원, ｢한국보훈복지의료공단법｣에 따른 한국보훈복지의료공단

 ⑧ 제2항제1호의 의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설ㆍ운영할 수 없다. 다만, 2 이상의 의료인 면허를 소지한 자가 의원급 의료기관을 개설하려는 경우에는 하나의 장소에 한하여 면허 종별에 따른 의료기관을 함께 개설할 수 있다.

□ 의료법 제35조【의료기관 개설 특례】

 ① 제33조제1항·제2항 및 제8항에 따른 자 외의 자가 그 소속 직원, 종업원, 그 밖의 구성원(수용자를 포함한다)이나 그 가족의 건강관리를 위하여 부속 의료기관을 개설하려면 그 개설 장소를 관할하는 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 부속 의료기관으로 병원급 의료기관을 개설하려면 그 개설 장소를 관할하는 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

□ 의료법 제36조【준수사항】

제33조제2항 및 제8항에 따라 의료기관을 개설하는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 지켜야 한다.

  1. 의료기관의 종류에 따른 시설기준 및 규격에 관한 사항

  2. 의료기관의 안전관리시설 기준에 관한 사항

  4. 고가의료장비의 설치·운영 기준에 관한 사항

  5. 의료기관의 종류에 따른 의료인 등의 정원 기준에 관한 사항

□ 의료법 시행규칙 제36조【부속의료기관의 개설 특례】

① 법 제35조제1항에 따라 의료인ㆍ의료법인ㆍ국가ㆍ지방자치단체ㆍ비영리법인 또는 ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 준정부기관 외의 자가 그 종업원 및 가족의 건강관리를 위하여 부속 의료기관을 개설하려면 별지 제20호서식의 부속 의료기관 개설신고서 또는 개설허가신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시ㆍ도지사나 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

  3. 법 제36조제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 및 제5호의 준수사항에 적합함을 증명하는 서류

□ 의료법 시행규칙 제34조【의료기관의 시설기준 및 규격】

 법 제36조제1호에 따른 의료기관의 종류별 시설기준은 별표 3과 같고, 그 시설규격은 별표 4와 같다.

□ 의료법 시행규칙 제38조【의료인 등의 정원】

 ① 법 제36조제5호에 따른 의료기관의 종류에 따른 의료인의 정원 기준에 관한 사항은 별표 5와 같다.

 ② 의료기관은 제1항의 의료인 외에 다음의 기준에 따라 필요한 인원을 두어야 한다.

  3. 의료기관에는 보건복지부장관이 정하는 바에 따라 각 진료과목별로 필요한 수의 의료기사를 둔다.

  5. 의료기관에는 보건복지부장관이 정하는 바에 따라 필요한 수의 간호조무사를 둔다.

 ③ 보건복지부장관은 간호사나 치과위생사의 인력 수급상 필요하다고 인정할 때에는 제1항에 따른 간호사 또는 치과위생사 정원의 일부를 간호조무사로 충당하게 할 수 있다.

□ 국민건강보험법 제41조【요양급여】

 ① 가입자와 피부양자의 질병, 부상, 출산 등에 대하여 다음 각 호의 요양급여를 실시한다.

  1. 진찰ㆍ검사

  2. 약제(藥劑)ㆍ치료재료의 지급

  3. 처치ㆍ수술 및 그 밖의 치료

  4. 예방ㆍ재활

  5. 입원

  6. 간호

  7. 이송(移送)

 ② 제1항에 따른 요양급여(이하 "요양급여"라 한다)의 범위(이하 "요양급여대상"이라 한다)는 다음 각 호와 같다.

  1. 제1항 각 호의 요양급여(제1항제2호의 약제는 제외한다): 제4항에 따라 보건복지부장관이 비급여대상으로 정한 것을 제외한 일체의 것

  2. 제1항제2호의 약제: 제41조의3에 따라 요양급여대상으로 보건복지부장관이 결정하여 고시한 것

 ③ 요양급여의 방법ㆍ절차ㆍ범위ㆍ상한 등의 기준은 보건복지부령으로 정한다.

 ④ 보건복지부장관은 제3항에 따라 요양급여의 기준을 정할 때 업무나 일상생활에 지장이 없는 질환에 대한 치료 등 보건복지부령으로 정하는 사항은 요양급여대상에서 제외되는 사항(이하 "비급여대상"이라 한다)으로 정할 수 있다.

출처 : 국세청 2024. 01. 25. 서면-2022-법규부가-0020 | 국세법령정보시스템