요지

지역개발사업구역에서 사업장을 신설하여 투자를 하는 경우 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 감면을 적용하며, 감면대상사업부문의 사업장에서 재공품을 생산하여 본점에 납품하는 경우에는 이를 시가로 환산하여 소득을 계산하는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢지역 개발 및 지원에 관한 법률｣ 제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역에서 사업장을 신설하여 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제116조의21 제1항에 따른 투자를 하는 경우로서
감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 감면을 적용하는 것이며,
감면대상사업부문의 사업장에서 재공품을 생산하여 본점에 납품하는 경우에는 이를 시가로 환산하여 소득을 계산하는 것이며, 시가에 해당하는지는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○주식회사 OOOOOO(이하 ⁠‘A법인’)은 1995.5월 설립되었으며 자체 개발한 IPC-Girder와 Seg계열 기술을 이용한 교량 설계, 제조 및 시공을 주된 영업으로 하고 있으며

  -현재 OO시 OO구 OO동에 본사를 두고 있음

 ○A법인은 Seg계열 교량 시공을 위한 콘크리트 제품의 제조를 외주업체에 위탁하여 외주가공방식으로 조달하여 오다가 경비절감, 품질향상 등을 위해 직접 제작 방식으로 변경하고자 공장건설을 결정함

○이에 따라 A법인은 2016.3월에 법인등기부등본상 레미콘, 콘크리트 제품 및 유사제품 등의 제조 및 판매를 추가하였고

  -2016.4월 충청북도 괴산에 소재한 괴산대제산업단지내의 토지를 매입하는 계약을 체결하였으며

  -토지매입계약 체결 후 2016.9월 괴산대제산업단지 내 매입 토지에 대한 공장 건축인허가를 득하여 공장건축공사를 착공함

 ○2016.12월 괴산대제산업단지가 지역개발사업구역으로 지정(충청북도 고시 제2016-306호)되었고, 지역개발사업구역 지정으로 인해 입주한 기업에 세제감면 등의 인센티브를 적용 받을 수 있게 됨

 ○A법인은 2017.3월 및 동년 4월에 걸쳐서 공장건물의 준공 및 공장등록및 사업장 등록을 진행하였으며 A법인의 투자 세부내역은 아래와 같음

                                                                   (단위 : 백만원)

 ○지역개발사업구역으로 지정된 이후 사업장을 신설한 2017년까지의 투자금액은 100억원 이상이 되지 않으나, 최초소득은 2017년 발생하였고

  -2018.4월 괴산대제산업단지와 제2공장 설립을 위한 분양계약을 체결하였고, 총 분양대금은 6,173백만원이며

  -분양대금은 2020년 7월까지 완납할 계획으로, 2019년 4월 30일에 총투자금액 100억원 기준을 충족하였음

 ○위와 같이 A법인이 진행한 괴산대제산업단지내의 공장 건설 추진 내역을 일자별로 정리하면 아래와 같음

  -2016.03.30. 법인등기부등본 상 제조 내용 추가

  -2016.04.04. 충북 괴산 토지 매입 계약 체결

  -2016.06.30. 충북 괴산 토지 잔금 청산

  -2016.09.27. 충북 괴산 공장건물 착공

  -2016.12.02. 괴산대제산업단지 ⁠‘지역개발사업구역’ 지정

  -2017.03.29. 충북 괴산 공장 준공

  -2017.03.30. 충북 괴산 공장 사업자 등록

 -2018.04.25. 괴산대제산업단지 내 제2공장 부지 분양계약 체결(3개월 단위로 잔금 청산 전가지 중도금 지급 예정)

  -2019.04.30. 제2공장 부지 중도금 5차 납부(투자금액 100억원 기준 충족)

  -2020.07.30. 제2공장 부지 잔금 청산 예정일

2. 질의내용

①｢조세특례제한법｣ 제121조의17 기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면과 관련하여 2017년부터 2019년까지 투자한 금액이 100억원을 초과하는 경우 감면적용 시기는 언제인지

 ②감면대상사업에서 생산하는 제품의 제3자 매출이 없고 내부거래만 존재하는 경우 감면대상소득 산정을 어떻게 산정하여야 하는지

3. 관련법령 및 관련사례

○조세특례제한법 제121조의17【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

 ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.

  1.생략~

  2.생략~

  3.｢지역 개발 및 지원에 관한 법률｣ 제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역(같은 법 제7조제1항제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다) 또는 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역에 2018년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업(법률 제12737호 ｢지역 개발 및 지원에 관한 법률｣ 부칙 제4조에 따라 의제된 지역개발사업구역 중 ｢폐광지역 개발 지원에 관한 특별법｣에 따라 지정된 폐광지역진흥지구에 개발사업시행자로 선정되어 입주하는 경우에는 ｢관광진흥법｣에 따른 관광숙박업 및 종합휴양업과 축산업을 경영하는 내국인을 포함한다)이 그 구역 또는 지역 안의 사업장에서 하는 사업

    (이하생략)

 ②제1항에 해당하는 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 제1항제1호·제3호·제5호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 제1항제2호·제4호·제6호 및 제7호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 제1항제1호·제3호·제5호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 제1항제2호·제4호·제6호 및 제7호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 각각 감면한다.

 ③ 삭제

 ④제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다. 다만, 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 영위하는 경우로서 해당 서비스업에서 발생한 소득에 대하여 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받은 소득세 또는 법인세 총합계액이 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액과 제3호의 금액 중 큰 금액을 초과하는 경우에는 그 큰 금액을 한도로 하여 세액을 감면할 수 있다.

  1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

  2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

   가.해당 과세연도의 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원

   나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20

  3. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

   가.해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 2천만원

   나.제1호의 투자누계액의 100분의 100

 ⑤제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

 ⑥제4항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

    (이하생략)

○조세특례제한법 제121조의19【감면세액의 추징 등】

 ①세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의17에 따라 감면된 법인세 또는 소득세를 추징한다

  1.생략~

  2.생략~

  3.해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 3년이 되는 날이 속하는 과세연도) 종료일 이후 2년 이내에 제121조의17제1항에 따른 조세감면기준에 해당하는 투자가 이루어지지 아니한 경우

     (이하생략)

 ②제1항제3호에 해당하는 경우에는 해당 과세연도와 남은 감면기간 동안 제121조의17제2항을 적용하지 아니한다.

○조세특례제한법 시행령 제116조의21【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

 ①법 제121조의17제1항제1호ㆍ제3호 및 제5호에 따라 법인세 또는 소득세를 감면하는 투자는 투자금액이 100억원 이상(제116조의2제17항제2호에 해당하는 사업의 경우에는 20억원 이상이며 제116조의2제17항제3호에 해당하는 사업의 경우에는 50억원 이상을 말한다)으로서 ｢기업도시개발특별법｣ 제2조제2호에 따른 기업도시개발구역(이하 이 조에서 "기업도시개발구역"이라 한다), ｢지역 개발 및 지원에 관한 법률｣ 제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역(같은 법 제7조제1항제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다. 이하 이 조에서 "지역개발사업구역"이라 한다) 및 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역(이하 이 조에서 "지역활성화지역"이라 한다), ｢여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법｣ 제15조제1항에 따라 지정ㆍ고시된 해양박람회특구(이하 이 조에서 "해양박람회특구"라 한다) 안에서 제116조의2제17항 각 호에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우를 말한다.

 ②생략~

 ③법 제121조의17제1항제1호·제3호 및 제5호에 해당하는 기업도시개발구역, 지역개발사업구역, 지역활성화지역 및 해양박람회특구에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업이 그 구역에 있는 사업장에서 경영하는 사업의 감면대상소득은 제1항에 따른 감면대상사업을 경영하기 위하여 그 구역에 투자한 시설에서 직접 발생한 소득을 말한다.

 ④법 제121조의17제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제121조의17제2항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.

    (이하생략)

○조세특례제한법 시행령 제116조의23【감면세액의 추징】

  법 제121조의19제1항의 규정에 의한 법인세 또는 소득세의 추징은 다음 각호의 기준에 의한다.

  1.법 제121조의19제1항제1호·제2호·제4호·제5호 및 제6호의 경우 : 지정해제일, 폐업일 또는 폐쇄일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 추징

  2. 법 제121조의19제1항제3호의 경우 : 감면받은 세액 전액 추징

출처 : 국세청 2019. 06. 04. 사전-2019-법령해석법인-0247[법령해석과-1402] | 국세법령정보시스템