요지

병원이 기부받은 금액으로 의료장비를 구입하는 경우 해당 지출 비용이 병원의 시설비·교육비·연구비에 해당하는지 여부는 구입한 의료장비의 세부내역·사용용도 등을 종합적으로 감안하여 사실 판단할 사항임

회신

내국법인이「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원에「법인세법」제24조 제3항 제5호에 따른 시설비·교육비·연구비로 지출하는 기부금은 법정기부금에 해당하는 것이며,
이 때 당해 병원이 기부받은 금액으로 의료장비를 구입하는 경우 해당 지출 비용이 병원의 시설비·교육비·연구비에 해당하는지 여부는 구입한 의료장비의 세부내역·사용용도 등을 종합적으로 감안하여 사실 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원임

2. 질의내용

○ 대학병원이「법인세법」제24조 제3항 제5호에 따른 시설비 명목으로 수령한 법정기부금을 병원의 의료장비 구입목적으로 사용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 이 조에서 "기부금"이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

② ⁠(생 략)

③ 제2항에서 법정기부금은 다음 각 호의 기부금으로 한다.

1. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, ⁠「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.

2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

3. 천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

4. 다음 각 목의 기관(병원은 제외한다)에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

가. ⁠「사립학교법」에 따른 사립학교

나.〜자. ⁠(생 략)

5. 다음 각 목의 병원에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금

가. ⁠「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원

나. ⁠「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원

다. ⁠「서울대학교병원 설치법」에 따른 서울대학교병원

라. ⁠「서울대학교치과병원 설치법」에 따른 서울대학교치과병원

마. ⁠「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원

바. ⁠「암관리법」에 따른 국립암센터

사. ⁠「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원

아. ⁠「국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 국립중앙의료원

자. ⁠「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 운영하는 병원

차. ⁠「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단이 운영하는 병원

카. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원

타. ⁠「국민건강보험법」에 따른 국민건강보험공단이 운영하는 병원

파. 「산업재해보상보험법」 제43조제1항제1호에 따른 의료기관

6. 사회복지사업, 그 밖의 사회복지활동의 지원에 필요한 재원을 모집·배분하는 것을 주된 목적으로 하는 비영리법인(대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 법인만 해당한다)으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 기획재정부장관이 지정·고시하는 법인에 지출하는 기부금

7. 삭제

④〜⑥ ⁠(생 략)

○ 사립학교법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "사립학교"란 학교법인, 공공단체 외의 법인 또는 그 밖의 사인(私人)이 설치하는 「유아교육법」 제2조제2호, 「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교를 말한다.

2. "학교법인"이란 사립학교만을 설치·경영할 목적으로 이 법에 따라 설립되는 법인을 말한다.

3. "사립학교경영자"란 ⁠「유아교육법」, ⁠「초ㆍ중등교육법」, 「고등교육법」 및 이 법에 따라 사립학교를 설치ㆍ경영하는 공공단체 외의 법인(학교법인은 제외한다) 또는 사인을 말한다.

4. "임용"이란 신규채용, 승진, 전보(轉補), 겸임, 파견, 강임(降任), 휴직, 직위해제, 정직(停職), 복직, 면직, 해임 및 파면을 말한다.

○ 사립학교법 제3조【학교법인이 아니면 설립할 수 없는 사립학교등】

① 학교법인이 아닌 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사립학교를 설치·경영할 수 없다. 다만, ⁠「초·중등교육법」 제52조제2항의 규정에 의하여 산업체가 그 고용근로청소년의 교육을 위하여 중학교 또는 고등학교를 설치·경영하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 초등학교·중학교·고등학교·특수학교·대학

2. 삭제

3. 산업대학·사이버대학·전문대학·기술대학

4. 대학·산업대학·전문대학 또는 기술대학에 준하는 각종대학

② 삭제

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 삭제

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항제4호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 〜 ⑤ ⁠(생 략)

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

1. 〜 2. ⁠(생 략)

3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

4.〜10. ⁠(생 략)

⑦ 〜 ⑭ ⁠(생 략)

○ 법인세법 시행규칙 제29조의2【의료기기 등의 범위】

① 영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 병원 건물 및 부속토지

2. ⁠「의료기기법」에 따른 의료기기

3. ⁠「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

② 영 제56조제6항제3호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 용도"란 해외에서 사용하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제1항제1호에 따른 병원 건물 및 부속토지를 임차하거나 인테리어 하는 경우

2. 제1항제2호에 따른 의료기기 또는 같은 항 제3호에 따른 정보시스템 설비를 임차하는 경우

③ 영 제56조제6항제3호다목에서 "기획재정부령으로 정하는 연구개발사업"이란 「조세특례제한법 시행령」 별표 6 제1호가목에 따른 자체연구개발사업과 같은 호 나목에 따른 위탁 및 공동연구개발사업을 말한다.

④ 영 제56조제10항에서 "기획재정부령으로 정하는 의료발전회계"란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

○ 의료기기법 제2조【정의】

① 이 법에서 "의료기기"란 사람이나 동물에게 단독 또는 조합하여 사용되는 기구·기계·장치·재료·소프트웨어 또는 이와 유사한 제품으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 제품을 말한다. 다만, ⁠「약사법」에 따른 의약품과 의약외품 및 「장애인복지법」 제65조에 따른 장애인보조기구 중 의지(義肢)ㆍ보조기(補助器)는 제외한다.

1. 질병을 진단·치료·경감·처치 또는 예방할 목적으로 사용되는 제품

2. 상해(傷害) 또는 장애를 진단·치료·경감 또는 보정할 목적으로 사용되는 제품

3. 구조 또는 기능을 검사·대체 또는 변형할 목적으로 사용되는 제품

4. 임신을 조절할 목적으로 사용되는 제품

② 이 법에서 "기술문서"란 의료기기의 성능과 안전성 등 품질에 관한 자료로서 해당 품목의 원자재, 구조, 사용목적, 사용방법, 작용원리, 사용 시 주의사항, 시험규격 등이 포함된 문서를 말한다.

③ 이 법에서 "의료기기취급자"란 의료기기를 업무상 취급하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 이 법에 따라 허가를 받거나 신고를 한 자, ⁠「의료법」에 따른 의료기관 개설자 및 ⁠「수의사법」에 따른 동물병원 개설자를 말한다.

1. 의료기기 제조업자

2. 의료기기 수입업자

3. 의료기기 수리업자

4. 의료기기 판매업자

5. 의료기기 임대업자

④ 이 법에서 "의료기기 표준코드"란 의료기기를 식별하고 체계적·효율적으로 관리하기 위하여 용기나 외장 등에 표준화된 체계에 따라 표기되는 숫자, 바코드[전자태그(RFID tag)를 포함한다] 등을 말한다.

○ 보건의료기본법 제3조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "보건의료"란 국민의 건강을 보호ㆍ증진하기 위하여 국가·지방자치단체·보건의료기관 또는 보건의료인 등이 행하는 모든 활동을 말한다.

2. "보건의료서비스"란 국민의 건강을 보호·증진하기 위하여 보건의료인이 행하는 모든 활동을 말한다.

3. "보건의료인"이란 보건의료 관계 법령에서 정하는 바에 따라 자격·면허 등을 취득하거나 보건의료서비스에 종사하는 것이 허용된 자를 말한다.

4. "보건의료기관"이란 보건의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 보건의료서비스를 행하는 보건기관, 의료기관, 약국, 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.

5. "공공보건의료기관"이란 국가·지방자치단체, 그 밖의 공공단체가 설립·운영하는 보건의료기관을 말한다.

6. "보건의료정보"란 보건의료와 관련한 지식 또는 부호·숫자·문자·음성·음향·영상 등으로 표현된 모든 종류의 자료를 말한다.

4. 관련예규 등

○ 법인세과-3082, 2008.10.24.

｢의료법｣ 제48조 규정에 의해 설립된 의료법인이 의료기기 등 ｢법인세법 시행규칙｣ 제29조의2 제1항 규정의 고정자산을 취득하기 위하여 타인으로부터 출연 받은 기부금은 수익사업의 과세소득에 포함되지 아니하는 것임

○ 법인세과-1011, 2010.10.29.

내국법인이「사립학교법」에 의한 사립학교에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금은「법인세법」제24조제2항제4호가목 의한 법정기부금에 해당하며, 특정 비용이 시설비·교육비·장학금 또는 연구비인지 여부는 지출내용에 따라 판단하시기 바람

○ 법인46012-1746, 1995.06.26.

내국법인이 의료법에 의하여 설립된 의료법인에 그 의료법인의 시설비 또는 건축비에 사용한 금융기관 차입금의 상환을 위하여 지출하는 기부금은 법인세법시행령 제42조제15호 및 같은법 시행규칙 제17조제27호의 규정에 의한 지정기부금에 해당하는 것입니다.

이때 당해 의료법인이 금융기관의 차입금을 병원의 시설비 또는 건축비에 사용 하였는지의 여부는 사실에 따라 판단 하시기 바랍니다.

○ 법인세과-711, 2010.7.27.

비영리내국법인이 수익사업에서 「법인세법」 제24조제2항에 의한 법정기부금을 지출한 경우 같은 법 제29조의 규정은 적용되지 아니하므로 법정기부금 손금산입 한도내에서 손금산입하는 것이며, 「조세특례제한법」 제73조에 의한 특례기부금을 지출한 경우 「법인세법 」제29조의 규정에 불구하고 특례기부금 손금산입 한도내에서 손금산입할 수 있는 것임

○ 법인46012-4280, 1999.12.13.

귀 질의의 경우 귀 법인이 수탁경영하는 지방자치단체의 노인전문요양병원에 관한 위ㆍ수탁계약과 동 병원에 속하는 시설물 등의 소유에 관한 구체적인 내용을 알 수 없어 정확한 회신이 곤란하나,

귀 법인이 지방자치단체로부터 지급받은 금액으로 동 병원에 필요한 의료장비 및 기기를 취득하여 이를 다시 당해 지방자치단체에 기부하는 거래의 실질내용이 동 지방자치단체의 자산취득을 대행하는 경우에 해당하는 때에는 이를 귀 법인의 자산취득으로 회계처리하지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 07. 06. 서면-2020-법인-2103[법인세과-2331] | 국세법령정보시스템