요지

「조세특례제한법」제99의4에 해당하는 농어촌주택과 장기임대주택을 보유한 1세대가 농어촌주택 취득 전 보유한 거주주택을 양도하는 경우 거주주택비과세 특례적용 가능함

회신

귀 질의의 경우「소득세법시행령」제155조제20항 각 호에 따른 장기임대주택과 거주주택을 소유하는 1세대가 ⁠「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 ⁠「소득세법시행령」제154조제1항을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

- 1997. 02월 서울 소재 A 주택 취득

- 2002. 04월 서울 소재 B 주택 취득

- 2014. 10월 A 주택 주택임대사업등록

- 2016. 08월 충북 진천군 광혜원면 소재 C주택 신축*
* ⁠「조세특례제한법」제99조의4에 해당하는 농어촌 주택요건 충족한 것으로 전제

- 2019. 11월 A주택 임대사업 폐업(세무서 사업자등록은 유지)

- 2020. 00월 B주택 양도 예정

2. 질의내용

○ B주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 가능한 지

3. 관련법령

○ 소득세법시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】

 ①∼⑲ ⁠(생략)

 ⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

  1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

  2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

  3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

 21 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다.

 22 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

   1. 납부할 양도소득세 계산식

    거주주택 양도 당시 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액

  2. 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례

   가.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대 또는 해당 가정어린이집을 계속 운영하는 것으로 본다.

   나.재건축사업, 재개발사업 또는 소규모재건축사업의 사유가 있는 경우에는 가정어린이집을 운영하지 아니한 기간 또는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획(소규모재건축사업의 경우에는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획을 말한다. 이하 "관리처분계획등"이라 한다) 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

 (이하생략)

○ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동을 말한다.

③ 법 제99조의4제1항제1호가목(1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

④ 법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

⑤ 삭제

⑥ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다.

 1.「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 ⁠「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)

 2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

⑦ 법 제99조의4제1항제2호나목 ⁠(1)에서 ⁠(3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다.

⑧ 법 제99조의4제6항 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다.

⑨ 법 제99조의4제6항 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다.

⑩ 법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다.

 1. 일반주택의 토지대장 및 건축물대장

 2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물대장

⑪ 법 제99조의4제1항제1호나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다.

⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다.

⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다.

 1. 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

 2. 농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

 3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.

⑭ 법 제99조의4제1항제1호다목 및 같은 항 제2호 라목에서 "대통령령으로 정하는 한옥"이란 각각 「건축법 시행령」 제2조제16호에 따른 한옥으로서 지방자치단체의 조례에 따라 건축비ㆍ수선비 지원, 보존의무 등의 대상으로 해당 지방자치단체의 장에게 등록된 한옥을 말한다.

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2017-부동산-0650, 2017.07.11.

[요 지]

장기임대주택과 거주주택을 보유하던 1세대가 거주주택을 양도할 경우 동 거주주택은 1세대1주택 비과세 적용을 받을 수 있는 것임

[답 변]

1.「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제2호 가목의 장기임대주택 요건을 모두 갖춘 주택과 같은 영 제155조 제19항 각 호의 요건을 모두 갖춘 거주주택을 소유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도할 경우 같은 영 제154조 제1항에 따른 1세대1주택 비과세 적용을 받을 수 있는 것입니다.

2.또한 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(“종전의 주택”)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보는 것입니다.

○ 사전-2016-법령해석재산-3686, 2016.12.14.

[요 지]

농어촌주택은 해당 1세대의 소유주택에서 제외되므로 소득령 §155⑲에 따라 거주주택을 양도하는 경우 비과세 적용 가능

[답 변]

「소득세법 시행령」제155조제19항에 따른 장기임대주택과 거주주택을 소유하는 1세대가 2003년 8월 1일부터 2017년 12월 31일까지의 기간 중에「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것임

다만, 거주주택 양도에 대하여 비과세를 적용받은 후 장기임대주택의 임대기간 요건을 충족하지 못한 경우에는「소득세법 시행령」제155조제21항에 따라 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 같은 항 제1호에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고․납부하여야 하는 것임

○ 사전-2016-법령해석재산-0224, 2016.07.28.

[요 지]

거주주택 양도일 현재 장기임대주택에 대하여 소득세법에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자등록을 하지 않은 경우 장기임대주택 사업자의 거주주택에 대한 비과세 특례를 적용할 수 없음

[답 변]

「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택과 그밖의 1주택(이하 ⁠“거주주택”)을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조 제19항 각 호의 요건을 충족하고 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항을 적용하는 것입니다.

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이 거주주택 양도일 현재 장기임대주택이 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록이 되어 있지 않은 경우에는 거주주택에 대하여 「소득세법 시행령」제155조 제19항에 따른 1세대1주택 비과세 특례를 적용받을 수 없는 것입니다.

○ 부동산거래관리과-647, 2012.11.29.

[요 지]

장기임대주택의 임대기간은 해당 주택에 대해 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보아 계산하는 것임

출처 : 국세청 2020. 02. 17. 서면-2020-부동산-0128[부동산납세과-199] | 국세법령정보시스템