요지

3주택(A․B․C)을 보유한 1세대가 1주택(C)을 먼저 양도하고 2주택(A․B)이 된 상태에서 B주택이 조합원입주권으로 전환된 경우로서 2022.5.10. 이후 B주택을 취득한 날부터 3년 이내에 A주택을 양도하는 경우 소득령§155①에 따른 1세대1주택 특례가 적용되는 것이며, 이 경우 A주택의 비과세 보유기간은 해당 주택의 취득일부터 기산함

회신

귀 서면질의의 경우, 3주택(A․B․C)을 보유한 1세대가 1주택(C)을 먼저 양도하고 2주택(A․B)이 된 상태에서 B주택이 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가에 의해 조합원입주권으로 전환된 경우로서 2022.5.10. 이후 B주택을 취득한 날부터 3년 이내에 A주택을 양도하는 경우에는「소득세법 시행령」(2022.05.31. 대통령령 제32654호로 개정된 것, 이하 같음) 제155조제1항에 따른 1세대1주택 특례가 적용되는 것이며, 이 경우 A주택의 1세대1주택 비과세 보유기간은 같은 영 제154조제5항에 따라 해당 주택의 취득일부터 기산하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ’12. 5.31. A분양권 취득(아파트 분양)

 ○ ’13. 7.16. A주택 취득(’14.12월 거주)

 ○ ’19.12. 6. B주택 취득

 ○ ’20. 7.21. C주택 취득

 ○ ’20.11.20. B주택 소재지 조정대상지역 지정

 ○ ’21. 1. 5. C주택 양도

 ○ ’21. 2. 3. B주택 관리처분계획인가(B’조합원입주권으로 전환)

 ○ ’22.12월 A주택 양도 예정

2. 질의내용

 ○ 3주택(AㆍB․C)을 소유한 1세대가 C주택을 양도(과세)한 후 남은 2주택 중 B주택이 조합원입주권으로 전환되어 A주택과 1조합원입주권(B’)을 소유하게 된 경우로서 B주택 취득일로부터 3년 이내 A주택을 양도하는 경우 일시적 2주택 비과세 혜택을 받을 수 있는지, 비과세가 적용되지 않는다면 중과세율이 적용되는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제88조 【정의】

9. "조합원입주권"이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

  4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

   가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

   나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

 ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】(2022.05.31. 대통령령 제32654호로 개정된 것, 이하 같음)

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다.

 ⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

  1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ무너짐ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

  1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

  2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 신규 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

○ 소득세법 시행령 제156조의2 【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

 ② 법 제89조제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

 ③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

○ 도시 및 주거환경정비법 제2조 【정의】

 9. "토지등소유자"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 제27조제1항에 따라 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조제7항에 따른 신탁업자(이하 "신탁업자"라 한다)가 사업시행자로 지정된 경우 토지등소유자가 정비사업을 목적으로 신탁업자에게 신탁한 토지 또는 건축물에 대하여는 위탁자를 토지등소유자로 본다.

  가. 주거환경개선사업 및 재개발사업의 경우에는 정비구역에 위치한 토지 또는 건축물의 소유자 또는 그 지상권자

  나. 재건축사업의 경우에는 정비구역에 위치한 건축물 및 그 부속토지의 소유자

○ 도시 및 주거환경정비법 제87조 【대지 및 건축물에 대한 권리의 확정】

 ① 대지 또는 건축물을 분양받을 자에게 제86조제2항에 따라 소유권을 이전한 경우 종전의 토지 또는 건축물에 설정된 지상권ㆍ전세권ㆍ저당권ㆍ임차권ㆍ가등기담보권ㆍ가압류 등 등기된 권리 및 「주택임대차보호법」 제3조제1항의 요건을 갖춘 임차권은 소유권을 이전받은 대지 또는 건축물에 설정된 것으로 본다.

 ② 제1항에 따라 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」 제40조에 따라 행하여진 환지로 본다.

출처 : 국세청 2022. 10. 06. 서면-2022-법규재산-1119[법규과-2827] | 국세법령정보시스템