요지

지방자치단체가 ｢의료법｣ 제33조 제2항 제2호에 따라 직접 설치한 병원인 비영리법인(A)은 ｢법인세법｣ 제3조 제2항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것임

회신

지방자치단체가 ｢의료법｣ 제33조 제2항 제2호에 따라 직접 설치한 병원인 비영리법인(A)은 ｢법인세법｣ 제3조 제2항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것입니다.
다만, 지방자치단체가 직접 설치한 비영리법인(A)의 관리운영 업무를 다른 비영리법인(B)와 위․수탁협약을 체결하여 병원을 위탁 운영하고, 그 손익의 전부 또는 일부가 병원을 위탁받아 운영하는 비영리법인(B)에 귀속되는 경우 비영리법인(B)의 해당사업은 ｢법인세법 시행령｣ 제3조 제1항에 따라 수익사업에 해당하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ****시 *****(이하 ⁠‘질의법인’, ⁠‘병원’)은 **시에서 ｢의료법｣ 제33조 제2항 제2호에 따라 설치한 정신질환자 진료를 목적 병원임

 ○｢****시립병원 설치 및 운영에 관한 조례｣ 제10조 및 ｢****시 행정사무의 민간위탁에 관한 조례｣ 제11조에 따라

   -**시는 해당 병원의 관리운영업무를 비영리 의료법인인 **의료재단(이하 ⁠‘수탁법인’)에 위탁하여 운영하고 있음

2. 질의내용

 ○ 지방자치단체가 설치한 병원을 비영리 의료법인이 위탁받아 운영하는 경우 해당 병원의 수익이 법인세 과세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조 【납세의무자】

 ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

  1. 내국법인

  2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인

 ② 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  2. 청산소득(淸算所得)

  3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 ｢통계법｣ 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득

  3. ｢소득세법｣ 제17조제1항에 따른 배당소득

  4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

  5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

  6. ｢소득세법｣ 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

  1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

  2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

  2의2. 선급검사(船級檢査) 용역을 공급하는 사업

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

   가. ｢유아교육법｣에 따른 유치원

   나. ｢초·중등교육법｣ 및 ｢고등교육법｣에 따른 학교

   다. ｢경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법｣에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)

   라. ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

○ 의료법 제33조【개설 등】

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원·병원·요양병원·정신병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원·요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

  1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

  2. 국가나 지방자치단체

  3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 "의료법인"이라 한다)

  4. ｢민법｣이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인

  5. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 준정부기관, ｢지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률｣에 따른 지방의료원, ｢한국보훈복지의료공단법｣에 따른 한국보훈복지의료공단

○ ｢정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률｣ 제21조【국립·공립 정신병원의 설치 등】

 ① 국가와 지방자치단체는 국립 또는 공립의 정신의료기관으로서 정신병원을 설치·운영하여야 한다.

○ 지방자치법 제13조【지방자치단체의 사무 범위】

 ① 지방자치단체는 관할 구역의 자치사무와 법령에 따라 지방자치단체에 속하는 사무를 처리한다.

○ 지방자치법 제117조【사무의 위임 등】

 ① 지방자치단체의 장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무의 일부를 보조기관, 소속 행정기관 또는 하부행정기관에 위임할 수 있다.

 ② 지방자치단체의 장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무의 일부를 관할 지방자치단체나 공공단체 또는 그 기관(사업소·출장소를 포함한다)에 위임하거나 위탁할 수 있다.

 ③ 지방자치단체의 장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무 중 조사·검사·검정·관리업무 등 주민의 권리·의무와 직접 관련되지 아니하는 사무를 법인·단체 또는 그 기관이나 개인에게 위탁할 수 있다.

 ④ 지방자치단체의 장이 위임받거나 위탁받은 사무의 일부를 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 다시 위임하거나 위탁하려면 미리 그 사무를 위임하거나 위탁한 기관의 장의 승인을 받아야 한다.

○ 서울특별시립병원 설치 및 운영에 관한 조례 제1조 ⁠(목적)

 이 조례는 ｢의료법｣ 제33조제2항제2호 및 ｢정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률｣ 제21조제1항, ｢지방자치법｣ 제13조에 따라 서울특별시민의 보건향상과 진료를 위하여 서울특별시립병원을 설치 및 운영하는데 필요한 사항을 정함을 그 목적으로 한다.

○ 서울특별시립병원 설치 및 운영에 관한 조례 제10조(관리·운영의 위탁)

 ① 시장은 필요한 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 병원의 관리·운영을 위탁할 수 있다.

  1. ｢의료법｣에 따라 설립된 의료법인

  2. 다른 법률에 따라 의학·약학 등에 관한 교육·연구와 진료를 위하여 설립된 법인

  3. 병원을 운영할 능력이 있는 비영리법인

 ② 제1항에 따라 위탁·운영할 수 있는 병원은 다음 각 호와 같다.

  1. 서울특별시 보라매병원

  2. 서울특별시 동부병원

  3. 서울특별시 북부병원

  4. 서울특별시 서남병원

  5. 서울특별시 장애인치과병원

  6. 서울특별시 서부장애인치과병원

  7. 서울특별시 백암정신병원

  8. 서울특별시 축령정신병원

  9. 서울특별시 고양정신병원

○ 서울특별시립병원 설치 및 운영에 관한 조례 제13조(준용)

 제10조부터 제12조까지의 사항 이외에 병원의 관리·운영 위탁에 관하여 필요한 사항은 ｢서울특별시 행정사무의 민간위탁에 관한 조례｣에 관련된 규정을 준용한다. 다만, 병원의 위탁기간은 같은 조례 제11조제2항에도 불구하고 5년 이내로 한다.

○ 서울특별시 행정사무의 민간위탁에 관한 조례 제1조(목적)

 이 조례는 ｢지방자치법｣ 제117조에 따라 서울특별시장의 권한에 속하는 사무 중 법인·단체 또는 그 기관이나 개인에게 위탁할 사무를 정하여 민간의 자율적인 행정참여기회를 확대하고 사무의 간소화로 인한 행정능률 향상을 목적으로 한다.

○ 서울특별시 행정사무의 민간위탁에 관한 조례 제2조(정의)

 이 조례에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  1. "민간위탁"이란 각종 법령 및 조례, 규칙에 규정된 서울특별시장(이하 "시장"이라 한다)의 사무 중 일부를 법인·단체 또는 그 기관이나 개인에게 맡겨 그의 명의와 책임하에 행사하도록 하는 것을 말한다.

  2. "수탁기관"이란 시장의 권한을 위탁받은 법인·단체 또는 그 기관이나 개인을 말한다.

  3. "위탁사무"란 시장의 권한에 속하는 사무 중 법인·단체 또는 그 기관이나 개인에게 위탁하는 사무를 말한다.

○ 서울특별시 행정사무의 민간위탁에 관한 조례 제11조(협약체결 등)

 ① 시장은 사무를 위탁할 경우 수탁기관과 다음 각 호의 내용이 포함된 위탁협약을 체결하여야 한다.

  1. 수탁기관의 성명 및 주소

  2. 위탁기간

  3. 위탁사무 및 그 내용

  4. 시설의 안전관리에 관한 사항

  5. 노동자에 대한 고용·노동조건 개선 노력

  6. 지도·점검, 종합성과평가 등에 관한 사항

  7. 그 밖에 위탁사무의 수행을 위하여 시장이 필요하다고 인정하는 사항

출처 : 국세청 2024. 01. 10. 서면-2023-법인-3397 | 국세법령정보시스템