요지

내국법인이 사회기반시설을 준공하여 국가에 기부채납하고 당해 시설에 대한 시설관리 운영권을 인정받은 후 별도 협약을 통해 재화 또는 용역의 공급없이 국가로부터 시설운영에 따른 손실을 보전할 목적으로 손실보전금을 지급받는 경우에는 계산서등을 발급하지 않는 것임

회신

내국법인이 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조 제1호에 따라 사회기반시설을 준공하여 국가에 기부채납하고 당해 시설에 대한 시설관리 운영권을 인정받은 후 별도 협약을 통해 재화 또는 용역의 공급없이 국가로부터 시설운영에 따른 손실을 보전할 목적으로 손실보전금을 지급받는 경우에는 ｢법인세법｣ 제121조 제1항에 따른 계산서등을 발급하지 않는 것입니다.
다만, 귀 법인이 지급받는 운영비 지원금이 위 손실보전금에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 사회기반시설을 준공하고 BTO방식으로 기부채납 후 시설관리운영권을 국가로부터 인정받아 2007년부터 운영 및 유지보수 업무를 수행하고 있음

 ○ 시설운영과 관련하여 질의법인은 국가와 수차례 민간투자사업 실시협약을 체결하였고, 협약에 따라 실제 운영수입이 일정기준에 의해 산출한 예상 운임수입에 미달하는 경우 국가로부터 운영비를 보전(손실보전금)받고 있음

2. 질의내용

 ○ 국가로부터 지급받는 손실보전금의 예산기준이 국고보조금 예산에서 운영비 지원예산으로 변경된 경우 계산서 발급 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성·발급 등】

① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 ⁠“계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 ⁠“전자계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

 ② 「부가가치세법」제26조제1항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서를 발급하여야 한다.

 ④ 부동산을 매각하는 경우 등 계산서등을 발급하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하지 아니한다.

 ⑤ 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 ⁠“매출·매입처별 계산서 합계표”라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계산서의 합계표는 제출하지 아니할 수 있다.

 1. 제3항에 따라 계산서를 발급받은 법인은 그 계산서의 매입처별 합계표

 2. 제1항 후단에 따라 전자계산서를 발급하거나 발급받고 제7항에 따라 전자계산서 발급명세를 국세청장에게 전송한 경우에는 매출·매입처별 계산서 합계표

 ⑥ 「부가가치세법」에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

 ⑦ 제1항 후단에 따라 전자계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

 ⑧ 계산서등의 작성·발급 및 매출·매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제164조【계산서의 작성·교부 등】

① 「소득세법 시행령」제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다.

 ② 법 제121조제1항 후단에서 ⁠“대통령령으로 정하는 전자적 방법”이란 「부가가치세법 시행령」제68조제5항에 따른 방법으로 발급하는 것을 말하며, 법 제121조제2항 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우”란 위탁자 또는 본인의 명의로 「소득세법 시행령」제212조제2항의 규정에 의하여 계산서등을 교부하는 경우를 말한다.

 ⑤ 법 제121조제7항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기한”이란 전자계산서 발급일의 다음 날을 말하고, ⁠“대통령령으로 정하는 전자계산서 발급명세”란 「소득세법 시행령」제211조제1항 각 호의 사항을 적은 것을 말한다.

 ⑦ 「소득세법 시행령」제212조의 규정은 이 영에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 제5항의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 이를 준용한다.

○ 법인세법 제75조의8【계산서 등 제출 불성실 가산세】

① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 공급가액의 100분의 2(가목을 적용할 때 제121조제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하지 아니하였으나 전자계산서 외의 계산서를 발급한 경우와 같은 조 제8항에 따른 계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 사업연도 말의 다음 달 25일까지 같은 조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급한 경우는 100분의 1로 한다)

  가. 재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 같은 조 제8항에 따른 발급시기에 발급하지 아니한 경우

  나. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 제116조제2항제1호에 따른 신용카드 매출전표, 같은 항 제2호에 따른 현금영수증 및 제121조제1항 또는 제2항에 따른 계산서(이하 이 호에서 "계산서등"이라 한다)를 발급한 경우

  다. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 계산서등을 발급받은 경우

  라. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 법인이 아닌 법인의 명의로 계산서등을 발급한 경우

  마. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 계산서등을 발급받은 경우

○ 소득세법 시행령 제211조【계산서의 작성·발급】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각 호의 사항이 적힌 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 발급할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 발급을 요구하는 때에는 계산서를 발급하여야 한다.

 1. 「부가가치세법」제36조제1항제1호 및 같은 법 시행령 제73조제1항 및 제2항을 적용받는 사업

 2. 「부가가치세법」제36조제1항제1호 및 같은 법 시행령 제73조제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업

 3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

 4. 토지 및 건축물을 공급하는 경우

 ④ 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 계산서 또는 영수증을 발급하지 아니할 수 있다.

 1. 노점상인·행상인 또는 무인판매기 등을 이용하여 사업을 하는 자가 공급하는 재화 또는 용역

 2. 「부가가치세법」제26조제1항제7호의 용역 중 시내버스에 의한 용역

 3. 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인과 거래되는 재화 또는 용역. 다만, 「법인세법」제94조의2제1항에 따른 외국법인연락사무소와 거래되는 재화 또는 용역은 제외한다.

 4. 기타 「부가가치세법」제36조제1항제1호, 같은 법 시행령 제71조 및 제73조에 따라 세금계산서 또는 영수증의 발급이 면제되는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 역무를 제공하는 것

 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것  

 ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제25조【용역 공급의 범위】

 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 법 제11조에 따른 용역의 공급으로 본다.

 1. 건설업의 경우 건설사업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담하는 것

 2. 자기가 주요자재를 전혀 부담하지 아니하고 상대방으로부터 인도받은 재화를 단순히 가공만 해 주는 것

 3. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것

○ 부가가치세법 제26조【용역의 공급】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

  가. 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역

  나. 삭도, 유람선 등 관광 또는 유흥 목적의 운송수단에 의한 여객운송 용역

출처 : 국세청 2023. 10. 19. 서면-2022-법인-5576[법인세과-1601] | 국세법령정보시스템