장기일반민간임대주택 재건축 입주권 양도 시 과세특례 인정 여부

요지

장기일반민간임대주택이 도시정비법상 관리처분계획인가에 의해 조합원입주권으로 전환된 상태에서 그 조합원입주권을 양도하는 경우에도 조특법§97의3 특례 적용

회신

거주자가 8년 이상 임대한 장기일반민간임대주택이 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)」 제6조제5항에 따라 등록이 말소된 이후 ⁠「도시 및 주거환경정비법」상 재건축사업에 따른 관리처분계획인가에 의해 조합원입주권으로 전환된 상태에서 그 조합원입주권을 양도하는 경우,
 ⁠「조세특례제한법」제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】를 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

○ ’01.7월 강동구 소재 아파트 취득

 ○ ’05.7월 임대사업자 등록(단기)

 ○ ’17.12월 단기임대등록을 준공공임대등록으로 변경

 ○ ’20.12월 임대등록 자동말소

 ○ 예정 재건축으로 인하여 관리처분계획인가

 ○ 예정 신축되기 전 입주권 상태로 양도예정

2. 질의내용

○ 거주자가 임대주택을 단기로 등록한 후 준공공임대사업자로 변경하고 8년 이상 임대한 후, ⁠「민간임대주택에 관한 특별법(이하 ⁠“민간임대주택법”)」§6⑤에 따라 자동말소된 경우로서,

   - 재건축으로 인하여 입주권으로 전환된 후 양도하는 경우 주택으로 양도하지 않았음에도 조특법§97의3에 따른 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 조세특례제한법 제97조의3(’22.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.

□ 조세특례제한법 제97조의3(’20.12.19. 법률 제17759호로 개정된 것) 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

  1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

  2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3(’23.2.28. 대통령령 제33264호로 개정된 것) 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 ⁠「주택법」에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

 ⑤ 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3(’23.2.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.

  1. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 ⁠「주택법」에 따른 리모델링으로 임대할 수 없는 경우: 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

  2. 종전의 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다.(20.10.7. 신설)

 ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

  1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

  2.「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

  3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

  4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

 ⑤「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다.(2021.2.17. 신설)

□ 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 ⁠「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

 1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

 2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

  1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

  2. 삭제

  3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

  3의2. 삭제

  4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

  5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

□ 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

출처 : 국세청 2023. 11. 30. 서면-2023-법규재산-2731[법규과-3001(23.11.30.)] | 국세법령정보시스템