정부위탁 국제개발협력사업의 비영리법인 법인세 과세 여부

요지

환경부에서 시행하는 국제개발협력사업 중 일부를 위탁받아 수행하면서 해당 사업에서 발생하는 수익과 비용이 환경부에 귀속되는 경우에는 해당사업에 대해 법인세가 과세되지 아니하는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢물관리기본법｣ 제36조의2에 따라 설립된 비영리내국법인이 같은 법 제42조에 따라 환경부에서 시행하는 국제개발협력사업 중 일부를 위탁받아 수행하면서 용역에 대한 대가관계 없이 정부로부터 사업비를 수령하고 사업 완료 후 이를 정산하여 잔액을 납부하는 경우로서
해당 사업에서 발생하는 수익과 비용이 환경부에 귀속되는 경우에는 해당사업에 대해 ｢법인세법｣ 제3조제2항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○A법인은 정부와 유네스코의 협정에 따라 환경부 설립허가를 받아 설립된 비영리내국법인으로

  -물 관련 개발도상국 지원을 위한 연구개발, 교육, 네트워크 활동을 수행하며 국고보조금에 의해 운영되고 있음

 ○A법인은 환경부에서 시행하는 국제개발협력사업지원 중 일부를 관련 법령에 따라 위탁계약을 체결하여 수행하고 있고,

  -1차년도 사업비 5천만원을 환경부로부터 수령하였으며,

  -해당 위탁사업은 공적개발원조 사업으로 개발도상국 지원을 목적으로 하고, A법인은 사업 종료 후 잔액을 환경부에 반납하며,

  -환경부로부터 지급받은 위탁비는 아래와 같이 사용됨

2. 질의내용

 ○비영리내국법인이 관련 법령 및 계약에 의한 정부위탁사업 수행을 위해 용역에 대한 대가관계 없이 정부로부터 사업비를 수령하고, 사업 완료 후 이를 정산하여 잔액을 반납하는 경우 정부위탁사업에 대해 법인세가 과세되는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조【납세의무자】

 ②내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

○ 국세기본법 제14조【실질과세】

 ①과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

○ 물관리기본법 제42조【업무의 위임ㆍ위탁】

 ①환경부장관 또는 유역물관리위원회 위원장은 필요하다고 인정하면 제27조 및 제28조에 따른 해당 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 자에게 위임하거나 위탁할 수 있다.

○ 물관리기본법 시행령 제25조【업무의 위탁】

 ①법 제42조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 자를 말한다.

  8의2. 법 제36조의2제1항에 따른 유네스코 물안보국제연구교육센터

○물관리기본법 제36조의2【유네스코 물안보국제연구교육센터의 설립 등】

 ①｢국제연합교육과학문화기구(유네스코) 후원 물 안보 및 지속가능 수자원 관리 국제센터 설립에 관한 대한민국 정부와 유네스코 간의 협정｣의 이행을 장려하고, 세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리를 증진하기 위하여 유네스코 물안보국제연구교육센터(이하 "물안보국제연구교육센터"라 한다)를 설립한다.

 ② 물안보국제연구교육센터는 법인으로 한다.

 ③ 물안보국제연구교육센터는 다음 각 호의 사업을 수행한다.

  1.세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리에 관한 연구 및 콘텐츠 개발 사업

  2.세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리에 관한 연구ㆍ교육 자료 및 그 밖의 출판물의 제작ㆍ보급 사업

  3.세계 물 안보 및 지속가능한 물 관리 증진을 위한 교육ㆍ훈련 및 역량강화 사업

     (이하 생략)

출처 : 국세청 2021. 10. 26. 사전-2021-법령해석법인-1483[법령해석과-3718] | 국세법령정보시스템