요지

개발행위허가제한지역으로 고시된 기간 동안 사실상 해당 임야의 사용이 금지 또는 제한된 경우에는 토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 봄

답변내용

1. 비영리내국법인인 종교단체가 임야 취득 후 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제63조제1항에 따라 개발행위허가 제한지역으로 고시된 기간 동안 사실상 해당 임야의 사용이 금지 또는 제한된 경우에는 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의11제1항제1호가 적용되는 것이며
2. 비영리내국법인인 종교단체가 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 ｢법인세법｣ 제3조제3항제5호에 따른 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 소득을 고유목적사업준비금으로 같은 법 제29조제1항에 따라 결산조정에 의해 손금으로 계상한 경우 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하는 것임

1. 사실관계

○갑법인은 ’77.11.12. 설립된 후 ’13.2.28. 법인으로 보는 단체로 승인받은 대한예수교장로회 소속의 종교단체이며

  -’93.8.10. 경기도 부천시 ◇◇동 소재 임야 2,993㎡(이하 ⁠“양도임야”)를 무상출연받아 취득한 후 ’18.10.5. 매도하였음

○갑법인은 양도임야가 취득 전부터 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣(이하 ⁠“국토이용법”)에 따라 개발제한구역으로 지정된 상태로 인해

  -양도임야 지상에 교회신축이 불가함에 따라 당초교회 부속토지 이외 2필지 지상에 ’05.10.20. 교회를 신축하였음

○이후, ’06.12.18. 양도임야 중 2,534㎡(이하 ⁠“쟁점임야”)는 개발제한구역에서 해제된 후 ’07.3.19. 기존 자연녹지지역이 주거지역의 제1종일반주거지역 및 지구단위계획구역으로 용도지역 변경되었으며

  -도시개발사업계획 수립기간 동안 ’07.3.26.~’12.3.25.까지 개발행위허가 제한구역으로 지정되었음

○한편, 갑법인은 쟁점임야를 절토･성토 등 불법 토지형질 변경한 행위로 인해 ’11.11.9. 고발되어 ’12.4.12. 벌금부과의 형사처분받았으며

 -’12.3.30. 쟁점임야를 연간 임차료 1천만원에 건축 가설재 공급업체에 임차한 이후

  -관할 구청으로부터 2회(’14.3.21. 및 ’14.5.8.)의 임야 원상회복 명령을 받고 ’15.3.12. 임야 토지형질 변경을 원상복구하였음

○양도임야의 양도 당시, 쟁점임야 2,534㎡는 준보전산지 및 제1종일반주거지역으로 개발제한구역이 해제(’06.12.18.)된 상태였으며

  -그 외 459㎡는 공익용산지로서 자연녹지지역이며 취득 이후 계속하여 개발제한구역으로 지정된 상태였음

2. 질의내용

 ○(질의①)개발제한구역 내의 토지 취득 후 해당 개발제한구역이 개발행위허가 제한지역으로 변경된 경우를 토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우로 볼 수 있는지 여부

    (질의②)종교단체가 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 토지의 양도소득을 결산조정에 의해 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

 ○법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

    (2018.12.24. 법률 제16096호로 개정되기 전의 것, 이하 동일)

 ①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3.비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ②제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 2015.7.24>

  2.임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

   가.｢산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률｣에 따라 지정된 채종림(採種林)․시험림, ｢산림보호법｣ 제7조에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호․육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

   나.임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 ｢산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률｣에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

   다.토지의 소유자․소재지․이용상황․보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

 ③제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】

   법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

  1.토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

   가.양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

   나.양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

   다.토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○법인세법 시행령 제92조의4【토지지목의 판정】

   법 제55조의2제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다.

  다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

○법인세법 시행령 제92조의6【임야의 범위 등】

 ①법 제55조의2제2항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다.

  7.｢개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법｣에 따른 개발제한구역 안의 임야

  13. 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 기획재정부령이 정하는 것

 ④법 제55조의2제2항제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1.「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 종․묘 생산업자가 산림용 종자 또는 산림용 묘목의 생산에 사용하는 임야

  2.「산림문화･휴양에 관한 법률」에 따른 자연휴양림을 조성 또는 관리･운영하는 사업에 사용되는 임야

  3.「수목원․정원의 조성 및 진흥에 관한 법률」에 따른 수목원을 조성 또는 관리․운영하는 사업에 사용되는 임야

  4.산림조합 및 산림계가 그 고유목적에 직접 사용하는 임야

  5. 제사․종교․자선․학술․기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야

  6.종중이 소유한 임야(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

  7.그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야 ☞ 미제정

○법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ①법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

  1.토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

  3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

○법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ①영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다

  13.당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

○국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조【개발행위의 허가】

    (2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)

 ① 다음 각호의 1에 해당하는 행위로서 대통령령이 정하는 행위(이하 "개발행위"라 한다)를 하고자 하는 자는 특별시장・광역시장・시장 또는 군수의 허가(이하 "개발행위허가"라 한다)를 받아야 한다. 다만, 도시계획사업에 의하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1.건축물의 건축 또는 공작물의 설치

  2.토지의 형질변경(경작을 위한 토지의 형질변경을 제외한다)

  3. 토석의 채취

  4. 토지분할(「건축법」 제49조의 규정에 의한 건축물이 있는 대지를 제외한다)

  5.녹지지역․관리지역 또는 자연환경보전지역안에 물건을 1월 이상 쌓아놓는 행위

 ④다음 각 호의 1에 해당하는 행위는 제1항의 규정에 불구하고 개발행위허가를 받지 아니하고 이를 할 수 있다. 다만, 제1호의 행위를 한 경우에는 1월 이내에 특별시장․광역시장․시장 또는 군수에게 이를 신고하여야 한다.

  1. 재해복구 또는 재난수습을 위한 응급조치

  2.「건축법」에 의하여 신고하고 설치할 수 있는 건축물의 개축․증축 또는 재축과 이에 필요한 범위안에서의 토지의 형질변경(도시계획시설사업이 시행되지 아니하고 있는 도시계획시설의 부지인 경우에 한한다)

  3. 그 밖에 대통령령이 정하는 경미한 행위

○국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조【개발행위허가의 제한】

    (2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)

 ①건설교통부장관, 시․도지사, 시장 또는 군수는 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 지역으로서 도시관리계획상 특히 필요하다고 인정되는 지역에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 중앙도시계획위원회 또는 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 1회에 한하여 3년 이내의 기간동안 개발행위허가를 제한할 수 있다.

    다만, 제3호 내지 제5호에 해당하는 지역에 대하여는 1회에 한하여 2년 이내의 기간동안 개발행위허가의 제한을 연장할 수 있다.

  3.도시기본계획 또는 도시관리계획을 수립하고 있는 지역으로서 당해 도시기본계획 또는 도시관리계획이 결정될 경우 용도지역･용도지구 또는 용도구역의 변경이 예상되고 그에 따라 개발행위허가의 기준이 크게 달라질 것으로 예상되는 지역

  4.지구단위계획구역으로 지정된 지역

○국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제51조【개발행위허가의 대상】

 ①법 제56조제1항에 따라 개발행위허가를 받아야 하는 행위는 다음 각 호와 같다.

  1.건축물의 건축: ｢건축법｣ 제2조제1항제2호에 따른 건축물의 건축

  2.공작물의 설치: 인공을 가하여 제작한 시설물(｢건축법｣ 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 제외한다)의 설치

  3.토지의 형질변경: 절토․성토․정지․포장 등의 방법으로 토지의 형상을 변경하는 행위와 공유수면의 매립(경작을 위한 토지의 형질변경을 제외한다)

  4.토석채취 : 흙․모래․자갈․바위 등의 토석을 채취하는 행위.

    다만, 토지의 형질변경을 목적으로 하는 것을 제외한다.

  5.토지분할: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지의 분할(｢건축법｣ 제57조에 따른 건축물이 있는 대지는 제외한다)

   가.녹지지역․관리지역․농림지역 및 자연환경보전지역 안에서 관계법령에 따른 허가․인가 등을 받지 아니하고 행하는 토지의 분할

   나. ｢건축법｣ 제57조제1항에 따른 분할제한면적 미만으로의 토지의 분할

   다.관계 법령에 의한 허가․인가 등을 받지 아니하고 행하는 너비 5미터 이하로의 토지의 분할

  6.물건을 쌓아놓는 행위: 녹지지역･관리지역 또는 자연환경보전지역안에서 건축물의 울타리안(적법한 절차에 의하여 조성된 대지에 한한다)에 위치하지 아니한 토지에 물건을 1월 이상 쌓아놓는 행위

○법인세법 제3조【과세소득의 범위】

    (2018.12.24. 법률 제16096호로 개정되기 전의 것, 이하 동일)

 ①법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

  1. 각 사업연도의 소득

  3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

  5.고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

 ②법 제3조제3항제5호 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다.(단서 생략)

○법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는

    다음 각 호의 금액을 합한 금액(제4호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호부터 제3호까지의 소득금액을 합한 금액에서 그 결손금을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

  4.제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립․운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ④제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 2014.1.1>

  1.해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

  2.고유목적사업을 전부 폐지한 경우

  3.법인으로 보는 단체가 ｢국세기본법｣ 제13조제3항에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

  4.고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

  5.고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)

○법인세법 시행령 제36조【지정기부금의 범위 등】

 ①법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1.다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금.(단서 생략)

   마.종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 ｢민법｣ 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

○법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①법 제29조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

  1.제36조제1항제1호에 해당하는 단체

 ⑤법 제29조제1항에서 ⁠“고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

○조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

 ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

  1.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가.「사립학교법」에 따른 학교법인

  2. ⁠「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 및 ⁠「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원

  4.「도서관법」에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인

  5.「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인

 6. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체로서 대통령령으로 정하는 법인

  7. ⁠(이하생략)

○법인통칙 29-56…1【조합법인 등의 고유목적사업준비금의 손금산입】

  ｢조세특례제한법｣ 제72조제1항의 규정에 의하여 당기순이익과세를 적용받는 조합법인과 청산 중에 있는 비영리내국법인은 법 제29조의 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다(’08.7.25. 개정)

출처 : 국세청 2019. 02. 15. 사전-2018-법령해석법인-0684[법령해석과-361] | 국세법령정보시스템