요지

보세구역 내 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고 그 재화를 공급받은 자가 보세구역으로부터 반입하는 경우에는 그 재화의 공급가액에서 세관장이 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 하여 잔액이 없는 경우에는 세금계산서 발급의무가 없는 것임

회신

사업자가 수입통관 전에 수입물품에 대한 선하증권(B/L)을 양도하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이며, 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고 그 재화를 공급받은 자가 보세구역으로부터 반입하는 경우에는 그 재화의 공급가액에서 세관장이 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 하여 잔액이 없는 경우에는 세금계산서 발급의무가 없는 것으로 기존 해석사례를 보내 드리니 참조하시기 바랍니다.
○ 서면-2015-부가-2000, 2016.03.28
사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고 그 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우에는 그 재화의 공급가액에서 세관장이「부가가치세법」 제52조 제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 하며 잔액이 없는 경우(음의 수 포함)에는 세금계산서 발급의무가 없는 것입니다.
다만, 세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 해당 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있는 것입니다.
○ 부가46015-179, 2001.01.27
사업자가 수입통관 전에 수입물품에 대한 선하증권(B/L)을 양도하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의인은 화학제품의 판매를 영위하는 회사로서, 일본 A사로부터 실리카를 구매하여 한국 갑법인에게 판매하고 있음

  - 보세구역 내에서 선하증권(B/L)을 갑법인에게 양도하고, 갑법인은 수입통관절차를 이행하면서 세관장으로부터 갑법인 명의의 수입세금계산서를 발급받음

2. 질의내용

 ○ 선하증권(B/L)을 양도하는 거래에 대하여 세금계산서를 교부하여야 하는지 여부

 ○ 계산서를 교부하거나 계산서를 교부하지 않는 경우에, 선하증권(B/L)을 양도하는 거래가 공통매입세액 안분대상이 되는지 여부

3. 관련법령

 ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

   ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

   ② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

   ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

    1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

    2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

    3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

    4. 제10조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

    5. 제10조제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우: 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액

    6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

 ○ 부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

   ② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

    5. 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우: 그 재화의 공급가액에서 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액. 다만, 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있다.

 ○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】

   사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

   ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

출처 : 국세청 2020. 01. 03. 서면-2018-부가-3941[부가가치세과-2] | 국세법령정보시스템