요지

의료업 영위 법인이 의료발전회계로 구분경리 하지 아니한 경우 의료기기 등 고정자산 취득금액은 고유목적사업에 직접 지출한 것으로 볼 수 없음

회신

임대업과 의료업 등의 수익사업을영위하는 비영리내국법인이 의료발전회계로 구분경리 하지 아니하고 의료기기 등 고정자산을 취득한 금액은 ⁠「법인세법 시행령」 제56조제10항에 따라 고유목적사업에 지출한 비용으로 볼 수 없으며
고유목적사업과 임대업의 공통손금인 시설유지보수비, 세금과공과 등의 건물 관리운영비를 수익사업 손익계산서에 우선 계상하고 각 부분의 재무제표를 완성 후 고유목적사업 부분으로 안분 계산된 금액은 고유목적사업에 지출한 비용으로 볼 수 있는 것임

1. 질의내용

 ○비영리법인이 병원 수익사업에서 의료발전회계로 구분경리 하지 아니하고 의료기기 등 고정자산을 취득한 금액 및 수익사업 회계의 공통손금 중 고유목적사업 안분금액을 고유목적사업에 직접 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○공단은 국민의 질병에 대한 예방·진단·치료 및 건강증진에 대하여 보험급여를 실시함으로써 국민보건 향상과 사회보장 증진을 목적으로 설립된 비영리법인으로

  - 공단의 사업은 건강보험사업, 장기요양사업, 사회보험통합징수사업 및 수탁사업으로 나누어지며

  - 공단의 수익사업은 본지사의 공실을 임대하면서 수익이 발생하는 임대사업과 건강보험제도 운영을 위하여 설립한 △△병원으로 나누어짐

 ○공단의 사업 중 건강보험사업 회계는 건강보험업무 및 임대사업과 관련된 일반회계, △△병원과 관련된 특별회계로 구분되고,

  - 임대사업과 △△병원에 관련된 소득금액은 수익사업으로 다음과 같이 2016사업연도 귀속 법인세 신고·납부함

(단위 : 백만원)

○ 공단은 2016사업연도 법인세 신고 시 이자소득금액 전액과 기타 수익사업에서 발생한 소득금액의 50%까지 고유목적사업준비금을 설정 할 수 있으나

 - 이자소득금액에 대한 고유목적사업준비금만 손금산입하고 기타 수익사업소득의 50%인 110억원(이하 ⁠“쟁점 고유목적사업준비금”)에 대하여는 손금산입을 누락하여

 - 쟁점 고유목적사업준비금을 추가 손금산입하고 법인세 22억원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였음

○ 「법인세법」 제29조제2항 후단의 규정에 따르면 직전 사업연도 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업에 지출하는 경우 손금산입 한도액의 범위 내에서 손금으로 인정하고 있는바

 - 공단은 2015사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액 0원을 초과하여 2016사업연도 수익사업에서 발생한 소득 중 440억원을 고유목적사업에 직접 지출한 것으로 계상하였으며

 - 해당 금액 중에는 △△병원에서 의료발전회계로 구분경리하지 않고 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위하여 지출한 금액 203억원과 고유목적사업과 임대사업의 공통손금인 본지사 건물 관리운영비를 임대사업 손익계산서에 우선 계상하고 각 부문의 재무제표를 완성 후 고유목적사업 부문으로 안분 계산된 금액 226억원이 포함되어 있음

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

 ①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

   1. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   2. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

   3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

   4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립・운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

  ② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ⑥법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 고정자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 고정자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

  1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

  가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

  나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

  다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

 ⑩ 제6항제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제29조의2【의료기기 등의 범위】

 ① 영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1. 병원 건물 및 부속토지

  2. ⁠「의료기기법」에 따른 의료기기

  3. ⁠「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

 ④ 영 제56조제10항에서 "기획재정부령으로 정하는 의료발전회계"란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

○ 법인세법 제113조【구분경리】

 ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산・부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제156조【구분경리】

 ① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산・부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

 ① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

 ⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산 한다.

  1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

  2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

  3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

 ⑦제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

출처 : 국세청 2019. 07. 31. 기준-2019-법령해석법인-0451[법령해석과-2000] | 국세법령정보시스템