요지

조특법상 감면주택과 장기임대주택․수도권 밖 주택 및 일반주택을 보유한 1세대가, 장기임대주택과 수도권 밖 주택을 먼저 양도한 후 일반주택을 양도하는 경우, 그 일반주택의 비과세 보유기간 기산일은 당해주택의 취득일부터 기산하는 것임

’21.1.1. 현재, ⁠「조세특례제한법」 제99조의2에 따른 감면주택(A)과 ⁠「소득세법 시행령」제155조 제20항의 장기임대주택(B)과 거주주택(C) 및 같은 조 제8항의 수도권 밖 주택(D)을 보유한 1세대가, ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 자동말소된 장기임대주택(B)과 수도권 밖 주택(D)을 먼저 순차적으로 양도한 이후, 거주주택이었던 일반주택(C)을 양도하는 경우, 양도하는 일반주택(C)의 ⁠「소득세법 시행령」(2022.05.31. 대통령령 제32654호 개정되기 전의 것) 제154조제1항에 따른 보유기간은 일반주택(C)의 취득일부터 기산하는 것입니다. 끝

답변내용

1. 사실관계

○ 甲과 乙은 부부이며 1세대임

○ ’14.7월 갑(甲)명의로 서울 소재 A주택^＊ 취득 후 3년간 실거주

  ＊ 조특법 제99조제2항의 신축주택에 해당함을 전제

○ ’17.2월 서울 소재 B주택 취득

  - ’16.12월. 민간임대주택법상 4년 단기임대 등록

○ ’17.4월 경기 소재 C아파트 분양권 계약

○ ’17.8월 甲이 근무하는 회사에서 인사발령으로 서울에서 지방 ○○ 근무 이동

○ ’17.10월 C주택 취득 후 임차인에 임대 후 임대차 계약 완료

○ ’18.1월 배우자 을(乙)명의로 지방 ○○ 소재 D주택^＊ 취득 후 2년 이상 실거주

   ＊ 소득령§155⑧의 수도권 밖 주택에 해당함을 전제

○ ’20.8월 甲은 당초 근무지 서울로 인사발령

○ ’20.12월 B민간임대주택 의무임대기간 만료 후 자동말소

○ ’21.1월 장기임대주택(B) 매도

  ＊ 의무임대기간 준수, 의무임대기간 내 임대료 5% 증액상한 준수 및 세무서 사업자등록 유지했음을 전제

○ ’22.1월 수도권 밖 주택(D) 양도

○ ’22.1월 C주택 양도

  - C주택은 ’21.10월 매도계약 체결

2. 질의내용

 ○ ’21.1.1. 현재 조특법§99의2 감면주택(A)과 소득령§155⑳의 장기임대주택(B) 및 거주주택(C)과 소득령§155⑧의 수도권 밖 주택(D)을 보유한 1세대가

  - 민간임대주택법§6⑤에 따라 자동말소된 장기임대주택(B)과 수도권 밖 주택을 먼저 양도하고, 거주주택이었던 일반주택(C)을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 보유기간 기산일

3. 관련법령 및 관련 사례

□ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】(2021.12.08. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같음)

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법 시행령 제154조(2022.05.31. 대통령령 제32654호로 개정된 것)【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. ⁠(각호 생략)

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다.

 ⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

□ 소득세법 시행령 제154조(2022.05.31. 대통령령 제32654호 개정되기 전의 것)【1세대1주택의 범위】

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

□ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

⑧ 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유(이하 이 항에서 "부득이한 사유"라 한다)로 취득한 수도권 밖에 소재하는 주택과 그 밖의 주택(이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. ⁠(중간생략)

 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. ⁠(이하 생략)

㉓ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다.

 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)

 2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

□ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

□ 기획재정부 재산세제과-895, 2022.08.05.

[질의]

1세대가 특례주택*과 일반주택(거주주택)을 보유한 경우로서 특례주택을 먼저 양도(과세)한 후 남은 일반주택(거주주택)의 「소득세법 시행령」제154조제1항에 따른 비과세 보유기간 기산일

  * 사례1) 「조세특례제한법」 제98조의3에 따른 감면주택

   사례2) ｢소득세법 시행령｣ 제155조제2항에 따른 상속주택

   사례3) ｢소득세법 시행령｣ 제155조제3항에 따른 공동상속주택 소수지분

    사례4･5)「소득세법 시행령」 제155조제20항에 따른 장기임대주택으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 자동말소된 주택

  (제1안) 일반주택(거주주택) 취득일

  (제2안) 특례주택 양도일

[회신] 

1) 사례1, 2, 3, 4, 5 모두 각각 제1안이 타당합니다.

2) 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 ⁠「조세특례제한법」에 따라 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 주택은, 舊 소득세법 시행령(’22.5.31., 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것) 제154조제5항 단서에서 규정한 2주택 이상을 보유한 1세대인지 여부를 판단할 경우에도 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.

[사실관계]

 ⁠‘감면주택’ 보유 사례

 ㅇ ’12.6월 김포시 소재 A주택 취득

 ㅇ ’12.10월 김포시 소재 B주택 취득

   * A주택과 B주택은 모두 「조세특례제한법」 제98조의3 특례 적용 대상을 전제

 ㅇ ’16.1월 하남시 소재 C주택 취득하여 거주 중

 ㅇ ’21.7월 A, B주택 양도 예정

 ㅇ ’21.8월 C주택 양도 예정

 ⁠‘상속주택’ 보유 사례

 ㅇ ’10.1월 A주택 취득

 ㅇ ’20.7월 별도세대인 父로부터 B주택 상속

   * ｢소득세법 시행령｣ 제155조제2항에 따른 선순위 상속주택

 ㅇ ’21.2월 B주택 양도(과세)

 ㅇ ’21.12월 A주택 양도 예정

 ⁠‘공동상속주택 소수지분’ 보유 사례

 ㅇ ’15.1월 A주택 취득

 ㅇ ’19.6월 별도세대인 父로부터 B주택 상속

   * ｢소득세법 시행령｣ 제155조제3항에 따른 선순위 공동상속주택 소수지분

 ㅇ ’21.4월 B주택 양도(과세)

 ㅇ ’21.10월 A주택 양도 예정

 ⁠‘임대주택 1채’ 보유 사례

 ㅇ ’13.2월 고양시 일산서구 소재 A오피스텔 취득

   * ’13.3월 구청 및 세무서 임대사업자 등록

 ㅇ ’19.11월 서울 노원구 B아파트 취득 후 거주

 ㅇ ’20.8월 A오피스텔 구청 임대등록 자동말소

 ㅇ ’22.1월 A오피스텔을 먼저 양도하고, 이후 B아파트 양도예정

 ⁠‘임대주택 2채 이상’ 보유 사례

 ㅇ ’14.9월 A주택 취득

  * ’14.10.8. ~ ’20.3.2. 세대 전원 실거주

 ㅇ ’11.7월 ~ ’15.2월 중 임대주택 5채(B･C･D･E･F) 취득

   * 구청 및 세무서에 임대사업자 등록

 ㅇ ’20.8월 임대주택 중 C주택의 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자등록 자동말소

 ㅇ ’21.1월 자동말소된 C주택 양도(과세)

 ㅇ ’21.7월 A주택 매도계약

출처 : 국세청 2022. 08. 26. 사전-2021-법규재산-1692[법규과-2455] | 국세법령정보시스템