요지

사업자가 정부출연금을 지원받아 연구과제를 수행한 후 그 연구결과물을 위탁수행기관에 귀속시키는 경우 해당 출연금은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임

답변내용

사업자(이하 ⁠“참여기관”)가 위탁수행기관과 관계법령에 따라 ******산업융합집적단지조성사업협약을 체결하여 공간건축공사를 수행한 후, 그 용역수행의 결과물을 위탁수행기관에 귀속시키기로 하고, 위탁수행기관으로부터 정부출연금을 지급받은 경우 해당 출연금은 ⁠「부가가치세법」 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 ⁠「부가가치세법」제29조제3항에 따라 위탁수행기관으로부터 지급받은 정부출연금 전체가 공급가액에 해당되는 것입니다.
또한, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 설계용역비, 공사비, 건축용 기자재비 등을 지출하면서 부담한 부가가치세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

 질의요지

 ○ ⁠(질의1) 사업자가 국책연구과제의 위탁참여기관으로서 ******융합단지 공간건축공사를 수행하고 위탁수행기관으로부터 정부출연금을 받는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부 등

 ○ ⁠(질의2) 해당 과제를 수행하면서 부담한 매입세액을 공제할 수 있는지

 사실관계

 ○ **광역시도시공사(이하 ⁠“신청법인”)는 **광역시가 100% 출자하여 ⁠「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사로서 과학기술정보통신부가 주관하는 ⁠‘******산업융합집적단지조성사업’의 국책사업과제를

  - 수행기관인 정보통신산업진흥원 및 위탁수행기관인 ******융합사업단으로부터 위탁받은 ⁠‘참여기관’(이하 ⁠“위탁참여기관”)으로서 공간건축 부문신축공사를 수행함

 ○ ’20년 2월 위탁수행기관인 ******융합사업단과 ⁠「******산업융합집적단지조성사업협약(이하 ⁠“협약서”)」을 체결하였고

  - 총 사업기간은 ⁠‘20년2월부터 ⁠‘24년12월까지(59개월)이고, 과제를 수행하면서 책정한 사업협약금은 정부출연금(460억원), 민간부담금(지자체 출연금, 289억원)으로 구성되며, 총 사업협약금은 749억원임

 ○ 신청법인과 ******융합사업단 간 위탁연구과제를 수행하면서 발생된 유형적 결과물(공간건축)의 소유는 위탁수행기관인 ******융합사업단에서 소유하기로 하였음(협약서 제11조)

 관련법령

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

  ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가.

  ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

   4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제54조【공통매입세액 안분 계산】

  ② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. 보조금 이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

○ 정보통신산업 진흥법 제7조 【정보통신기술진흥 시행계획】

  ① 과학기술정보통신부장관은 정보통신기술의 진흥을 위하여 진흥계획에 따라 다음 각 호의 사항이 포함된 정보통신기술진흥 시행계획을 매년 수립ㆍ시행하여야 한다.

   3. 정보통신기술의 연구개발 및 다른 기술과의 결합 및 융합 촉진에 관한 사항

  ② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따른 사항을 효율적으로 추진하기 위하여 필요하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 정보통신기술의 개발 및 정보통신산업의 진흥과 관련된 연구기관 및 단체로 하여금 이를 대행하게 할 수 있으며 이에 드는 비용을 지원할 수 있다.

  ③ 제1항에 따른 정보통신기술진흥 시행계획의 수립ㆍ시행 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 정보통신산업 진흥법 제8조 【연구과제 등의 지정】

  ① 과학기술정보통신부장관은 정보통신기술의 연구개발을 위하여 정보통신기술에 관한 연구과제를 선정하고 연구할 자를 지정할 수 있다.

  ② 제1항에 따른 연구과제의 선정, 연구할 자의 지정 및 연구비의 지원 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

출처 : 국세청 2020. 11. 02. 사전-2020-법령해석부가-0695[법령해석과-3540] | 국세법령정보시스템