요지

의료법인이 장기요양기관을 설립하여 면세사업을 운영할 목적으로 쟁점건물을 취득하였으나 인허가를 받지 못하여 건물 일부를 양도하는 경우 면세사업과 관련하여 우연히 또는 일시적 공급하는 재화로서 부가가치세가 면제되는 것임

회신

의료법인이 ｢노인장기요양보험법｣에 따른 장기요양기관을 설립하여 면세사업을 운영할 목적으로 집합건물을 취득하였으나 인허가를 받지 못하여 해당 건물 일부를 다른 사업자에게 양도하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제14조제2항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이며 의료법인이 해당 건물을 면세사업에 활용이 어려워 과세사업으로 전환하여 양도하는 경우에는 같은 법 제9조에 따라 부가가치세가 과세되는 것임

 ○ 갑법인은 ｢의료법｣에 따른 요양병원을 운영하고 있는 면세사업자로 ’21.1월 사업장과 별도 소재지에 ｢노인장기요양보험법｣에 따른 장기요양기관을 설립하여 운영할 목적으로

  - 집합건물(지하1～지상6층 근린생활시설이며, 이하 ⁠“쟁점건물”) 중 지하1층과 지상 3～6층을 취득하였고, 1～2층은 다른 을법인이 취득하여 과세사업을 영위하고 있음

 ○ 지방자치단체장으로부터 장기요양기관 인허가를 받는 과정에서 동일 건축물 내에 다른 업종 영위시 요양기관 인허가가 불가능하다고 하여 인허가를 받지 못한 채 쟁점건물은 취득시부터 현재까지 공실 상태이며

  - ｢의료법｣상 요양병원등 의료기관은 환자 또는 의료기관 종사자의 편의시설로만 직접 사용하거나 임대할 수 있어 그 외 사업(임대업 포함)도 영위할 수 없는 상황임

 ○ 질의법인은 쟁점건물 중 6층을 과세사업자인 을법인에게 양도하기로 함

2. 질의내용

 ○ 의료법인이 면세되는 장기요양기관을 운영하기 위해 건물을 취득하였으나 인허가가 나지 않아 건물 일부를 양도하는 경우 부가가치세 과세 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제6조【사업 개시일의 기준】

  법 제5조제2항에 따른 사업 개시일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 다만, 해당 사업이 법령 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세 전환일을 사업 개시일로 한다.

   3. 제1호와 제2호 외의 사업 : 재화나 용역의 공급을 시작하는 날

○ 부가가치세법 제14조【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

  ② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

   1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】

  법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(｢의료법｣ 또는 ｢수의사법｣에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

   1. ｢의료법｣에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역 각목생략>

   14. ｢노인장기요양보험법｣ 제2조제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역

출처 : 국세청 2021. 11. 11. 서면-2021-법령해석부가-6652[법령해석과-3936] | 국세법령정보시스템