요지

고용증대세액공제를 적용함에 있어서 공동사업장의 공동사업자별 상시근로자 수는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율에 따라 계산하는 것이고, 공동사업자의 증가로 손익분배비율이 변경되는 경우에는 ⁠「조세특례제한법 시행령」제23조제13항제3호 각 목 외의 부분에 따라 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산하는 것임

회신

귀 서면질의 신청의 경우, ⁠「조세특례제한법」제29조의7제1항에 따른 고용증대세액공제를 적용함에 있어서 ⁠「소득세법」제43조제1항에 따른 공동사업장의 공동사업자별 상시근로자 수는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율에 따라 계산하는 것이고, 공동사업자의 증가로 손익분배비율이 변경되는 경우에는 ⁠「조세특례제한법 시행령」제23조제13항제3호 각 목 외의 부분에 따라 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산하는 것입니다. 또한, 공동사업자의 증가에 따라 해당 과세연도의 손익분배비율이 감소한 기존 공동사업자의 위 법령에 따라 각각 계산한 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도(최초로 공제를 받은 과세연도)에 비하여 감소하지 않은 경우, ⁠「조세특례제한법」제29조의7제2항이 적용되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의인은 ’16.00.00.부터 거주자 甲과 함께 AA의원(이하 ⁠“쟁점사업장”)을 공동사업장으로 운영하던 공동사업자로

  -’21.1.1. 부터 거주자 乙을 쟁점사업장의 공동사업자로 추가하여 사업을 영위하고 있으며 공동사업자별 지분비율은 아래와 같음

  -한편, ⁠‘19년부터 쟁점사업장의 근로자수는 다음과 같음

 ○질의인은 ⁠‘20 과세기간 종합소득세 신고시, 직전 과세연도 대비 청년등 상시근로자가 0.5[1명×50%(지분율)]명 증가한 것으로 보아

  -600만원[중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 1,200만원×0.5명]의 조특법§29의7에 따른 고용증대세액공제를 적용받은 바 있음

2. 질의내용

○ 공동사업장의 구성원이 증가한 경우 공동사업자의 조특법§29의7에 따른 고용증대세액공제 적용방법

3. 관련법령

○소득세법 제1조의2【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "거주자"란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.

○소득세법 제2조【납세의무】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

  1. 거주자

  2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

○소득세법 제5조【과세기간】

 ① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.

 ② 거주자가 사망한 경우의 과세기간은 1월 1일부터 사망한 날까지로 한다.

 ③ 거주자가 주소 또는 거소를 국외로 이전(이하 "출국"이라 한다)하여 비거주자가 되는 경우의 과세기간은 1월 1일부터 출국한 날까지로 한다.

○소득세법 제43조【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

③ 거주자 1인과 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계인의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 "주된 공동사업자"라 한다)의 소득금액으로 본다.

○소득세법 제87조【공동사업장에 대한 특례】

① 공동사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 원천징수된 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

② 제81조, 제81조의3, 제81조의4, 제81조의6 및 제81조의8부터 제81조의11까지의 규정과 「국세기본법」 제47조의5에 따른 가산세로서 공동사업장에 관련되는 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

③ 공동사업장에 대해서는 그 공동사업장을 1사업자로 보아 제160조제1항 및 제168조를 적용한다.

④ 공동사업자가 그 공동사업장에 관한 제168조제1항 및 제2항에 따른 사업자등록을 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동사업자(출자공동사업자 해당 여부에 관한 사항을 포함한다), 약정한 손익분배비율, 대표공동사업자, 지분ㆍ출자명세, 그 밖에 필요한 사항을 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑤ 제4항에 따라 신고한 내용에 변동사항이 발생한 경우 대표공동사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 변동 내용을 해당 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 공동사업장에 대한 소득금액의 신고, 결정, 경정 또는 조사 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 제2조【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "내국인"이란 ⁠「소득세법」에 따른 거주자 및 ⁠「법인세법」에 따른 내국법인을 말한다.

  2. "과세연도"란 ⁠「소득세법」에 따른 과세기간 또는 ⁠「법인세법」에 따른 사업연도를 말한다.

○ 조세특례제한법 제29조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

  2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

   가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

   나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

 ② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ 삭제

④ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 제2항을 적용한다. 다만, 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 대해서는 제2항 후단을 적용하지 아니한다.

⑥ 제5항을 적용받은 내국인이 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소하지 아니한 경우에는 제1항 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 3년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

⑦ 제6항을 적용받은 내국인이 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 제2항을 적용한다.

⑧ 제1항, 제2항 및 제5항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제23조 【고용창출투자세액공제】

⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는 ⁠「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.

  1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)

  2. 「근로기준법」 제2조제1항제9호에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.

  3. 「법인세법 시행령」 제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원

  4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자

  5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 「국세기본법 시행령」제1조의2제1항에 따른 친족관계인 사람

  6. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자

   가. 「국민연금법」 제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금

   나. 「국민건강보험법」 제69조에 따른 직장가입자의 보험료

 ⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

  1. 창업(법 제6조제10항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0

  2. 법 제6조제10항제1호(합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

   가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우

   나. 제11조제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제26조의7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

 ① 법 제29조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종"이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 말한다.

 ② 법 제29조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 상시근로자"란 제23조제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)를 말한다.

 ③ 법 제29조의7제1항제1호에서 "청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자"란 상시근로자 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)을 말한다.

  1. 15세 이상 29세 이하인 사람 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한 사람. 다만, 해당 근로자가 제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다.

   가. ⁠「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자

   나. ⁠「파견근로자보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자

   다. 「청소년 보호법」 제2조제5호 각 목에 따른 업소에 근무하는 같은 조 제1호에 따른 청소년

  2. 「장애인복지법 」의 적용을 받는 장애인, ⁠「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」에 따른 상이자, 「5ㆍ18민주유공자예우 및 단체설립에 관한 법률」 제4조제2호에 따른 5ㆍ18민주화운동부상자와 「고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체설립에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람

  3. 근로계약 체결일 현재 연령이 60세 이상인 사람

 ④ 삭제

 ⑤ 법 제29조의7제2항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 법 제29조의7제1항에 따라 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 최초로 공제받은 과세연도보다 상시근로자 수 또는 청년등 상시근로자 수가 감소하는 경우: 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액(해당 과세연도의 직전 1년 이내의 과세연도에 법 제29조의7제1항에 따라 공제받은 세액을 한도로 한다)

   가. 상시근로자 수가 감소하는 경우: 다음의 구분에 따라 계산한 금액

    1) 청년등 상시근로자의 감소한 인원 수가 상시근로자의 감소한 인원 수 이상인 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액

    2) 그 밖의 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액

   나. 상시근로자 수는 감소하지 않으면서 청년등 상시근로자 수가 감소한 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액

  2. 제1호에 따른 기간의 다음 날부터 법 제29조의7제1항에 따라 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 최초로 공제받은 과세연도보다 상시근로자 수 또는 청년등 상시근로자 수가 감소하는 경우: 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액(제1호에 따라 계산한 금액이 있는 경우 그 금액을 제외하며, 해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제29조의7제1항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)

   가. 상시근로자 수가 감소하는 경우: 다음의 구분에 따라 계산한 금액

    1) 청년등 상시근로자의 감소한 인원 수가 상시근로자의 감소한 인원 수 이상인 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액

    2) 그 밖의 경우: 최초로 공제받은 과세연도 대비 청년등 상시근로자 및 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 감소한 인원 수(상시근로자의 감소한 인원 수를 한도로 한다)에 대해 직전 2년 이내의 과세연도에 공제받은 세액의 합계액

   나. 상시근로자 수는 감소하지 않으면서 청년등 상시근로자 수가 감소한 경우: 다음의 계산식에 따라 계산한 금액

 ⑥ 제5항을 적용할 때 최초로 공제받은 과세연도에 제3항제1호에 따른 청년등 상시근로자에 해당한 자는 이후 과세연도에도 청년등 상시근로자로 보아 청년등 상시근로자 수를 계산한다.

 ⑦ 법 제29조의7제1항 및 제2항을 적용할 때 상시근로자 수, 청년등 상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.

  1. 상시근로자 수:

  2. 청년등 상시근로자 수:

 ⑧ 제7항에 따른 상시근로자 수의 계산에 관하여는 제23조제11항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 항 제2호를 준용한다.

 ⑨ 제7항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조제13항을 준용한다.

 ⑩ 법 제29조의7제1항에 따라 세액공제를 받으려는 자는 과세표준 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

출처 : 국세청 2023. 01. 11. 서면-2021-법규소득-8159[법규과-3652] | 국세법령정보시스템