요지

불공정합병의 경우 합병교부주식의 합병등기일 현재의 시가가 불분명한 경우에는 ⁠「상속세 및 증여세법」 제38조의 규정을 준용하여 평가하는 것임

답변내용

특수관계에 있는 법인간의 합병에 있어서 피합병법인의 주식을 시가보다 높게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우로서 ⁠「법인세법」제44조제2항에 따른 적격합병요건을 충족하여 과세특례를 적용받고 있던 합병법인이 같은 법 제44조의3제3항제2호에 해당하는 사유가 발생하여 같은 조 제4항에 따라 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 익금 또는 손금에 산입하는 경우, 피합병법인에 지급한 양도가액은 ⁠「법인세법 시행령」 제80조제1항제2호에 따른 금액으로 하는 것이며, 합병교부주식의 합병등기일 현재의 시가가 불분명한 경우에는 같은 영 제89조제2항제2호에 따라 ⁠「상속세 및 증여세법」 제38조의 규정을 준용하여 평가하는 것임

1. 질의내용

 ○ 합병당사법인이 불공정한 비율로 합병하였으나 적격합병 요건을 충족하여 양도손익이 없는 것으로 한 이후, 적격합병 사후관리 요건을 위반하여 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 순자산시가와의 차액을 익금 또는 손금에 산입함에 있어

 - 피합병법인에 지급한 양도가액으로서 피합병법인에게 교부한 주식의 시가가 불분명하여 상증법상 평가방법에 의하여 해당 주식을 평가할 경우 구체적인 평가방법이 무엇인지

2. 사실관계

 ○ A법인은 2017. 6. 7. 설립되어 소프트웨어 개발업을 영위하는 법인으로 일본 기업인 LINE Corp이 A법인의 지분 100%를 보유하고 있으며

  - A법인은 2017.7월 주식회사 넥스트플로어(이하 ⁠‘B법인’) 지분 51%를 취득함.

 ○ B법인은 2017년 중 주식회사 넥스트플로어지하연구소(이하 ⁠‘C법인’) 주식 100%를 취득하였으며

  - 2018. 8.17. B법인을 합병법인으로, A법인과 C법인을 소멸법인으로 하는 흡수합병을 하고, 합병법인의 상호를 라인게임즈 주식회사(이하 ⁠‘합병법인’)로 변경함

○ A법인의 1주당 주식가액은 상증세법상 보충적 평가방법에 의하면 578,415원으로 평가되었으나

 - 상증세법상 평가액은 향후 매출 증대에 따른 손익가치를 반영하고 있지 않아 실제 기업가치와 차이가 있다고 판단하여 현금흐름할인법(DCF법)에 따라 평가한 가액인 725,985원을 합병비율 산정 시 사용하였으며

 - 합병법인의 1주당 주식가액은 2018.6.11.에 있었던 특수관계 없는 일본 법인과 개인주주와의 매매사례가액(지분율 2.48%, 1주당 657,000원)에 근거하여 657,000원으로 평가하여

 - 합병비율은 1 : 1.105 ⁠(725,985원 / 657,000원)으로 산정되었고, 합병법인은 A법인에 합병신주 219,232주를 교부하였음

○ 상기 합병비율은 피합병법인인 A법인의 1주당 주식가치를 산정함에 있어서 시가에 해당하는 상증세법상 평가액보다 높은 가액을 적용하여 평가함으로써 불공정한 비율로 합병한 경우에 해당하며

 - 합병법인 주주인 A법인이 피합병법인의 주주인 LINE Corp에 이익을 분여한 것으로 보아 LINE Corp의 기타소득으로 원천징수하였으며

 - 합병 당사법인은 본 합병이 「법인세법」 제44조제2항 각 호의 요건을 모두 충족한 것으로 판단하여 합병과세특례신청서를 제출하였음

○ A법인의 주주인 LINE Corp은 2020.12.28. 합병으로 교부받은 주식 전부를 현물출자하였으며

 - 이는 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 합병법인으로부터 받은 주식을 처분한 것으로서 「법인세법」 제44조의3제3항제2호의 사유에 해당하여

 - 합병법인은 「법인세법」 제44조의3제4항에 따라 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 익금 또는 손금에 산입하여야 함

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 ⁠“순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. ⁠(각 호 생략)

○ 법인세법 제44조의2 【비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세】

① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

○ 법인세법 제44조의3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

 ③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

  2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

④ 제3항에 따라 양수한 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.

○ 법인세법 시행령 제80조【합병에 따른 양도손익의 계산】

① 법 제44조제1항제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 1. 적격합병의 경우: 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

 2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

 가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 “합병교부주식등”이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기간”이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ⁠“시가”라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

 ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

  가.특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다

○ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

 ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

 1. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, ⁠「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 ⁠“직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 ⁠“직전 6개월”로 본다.

 ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

 ⑥ 제88조제1항제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3·제40조·제42조의2와 같은 법 시행령 제28조제3항부터 제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2제1항·제2항, 제29조의3제1항, 제30조제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주" 및 "특수관계인"은 이 영에 의한 "특수관계인"으로 보고, "이익" 및 "대통령령으로 정하는 이익"은 "특수관계인에게 분여한 이익"으로 본다.

○ 상속세및증여세법 제38조【합병에 따른 이익의 증여】

 ① 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인 간의 합병(분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인의 대통령령으로 정하는 대주주등(이하 이 조 및 제39조의2에서 ⁠“대주주등”이라 한다)이 합병으로 인하여 이익을 얻은 경우에는 그 합병등기일을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 대주주등의 증여재산가액으로 한다. 다만, 그 이익에 상당하는 금액이 대통령령으로 정하는 기준금액 미만인 경우는 제외한다.

○ 상속세및증여세법 시행령 제28조【합병에 따른 이익의 계산방법 등】

 ③ 법 제38조제1항에 따른 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

  1. 합병대가를 주식등으로 교부받은 경우: 가목의 가액에서 나목의 가액을 차감한 가액에 주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수를 곱한 금액

  가. 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액

  나. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액×(주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병전 주식등의 수÷주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수)

 ⑤ 제3항제1호가목을 적용할 때 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액은 합병 후 신설 또는 존속하는 법인이 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 그 주권이 같은 법에 따른 증권시장에서 거래되는 법인(이하 ⁠“주권상장법인등”이라 한다)인 경우에는 다음 각 호의 가액 중 적은 가액으로 하며, 그외의 법인인 경우에는 제2호의 가액으로 한다.

  1. 법 제63조제1항제1호가목에 따라 평가한 가액

  2.주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액을 합한 가액을 합병후 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수로 나눈 가액. 이 경우 합병직전 주식등의 가액의 평가기준일은 「상법」 제522조의2에 따른 대차대조표 공시일 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제119조 및 같은 법 시행령 제129조에 따라 합병의 증권신고서를 제출한 날 중 빠른 날(주권상장법인등에 해당하지 아니하는 법인인 경우에는 「상법」 제522조의2에 따른 대차대조표 공시일)로 한다.

○ 상속세및증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

  1. 주식등의 평가

  가. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 ⁠“상장주식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 ⁠“거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

  나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

○ 상속세및증여세법 제54조【비상장주식등의 평가】

① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 ⁠“비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 ⁠“순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

○ 상법 제234조【합병의 효력발생】

회사의 합병은 합병후 존속하는 회사 또는 합병으로 인하여 설립되는 회사가 그 본점소재지에서 전조의 등기를 함으로써 그 효력이 생긴다

출처 : 국세청 2021. 05. 18. 사전-2021-법령해석법인-0330[법령해석과-1758] | 국세법령정보시스템