요지

한국농어촌공사가 법에 따라 공유수면매립사업의 시행자로 지정되어 개발사업을 하면서 매립면허권을 받은 사업구역에서 제척된 토지의 공유수면 매립면허권을 해당 제척토지의 사업시행자에게 양도하는 경우 부가가치세가 면제되지 아니하는 것임

답변내용

한국농어촌공사(이하 ⁠“공사”)가 새만금개발사업의 효율적 시행을 위해 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣ 제8조의3에 따라 공유수면매립사업의 시행자로 지정되어 개발사업을 하는 경우, ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣ 제10조에 규정한 해당 공사의 고유업무에 해당하는 것으로서 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조제7항제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 매립면허권을 받은 사업구역에서 제척된 토지의 공유수면매립면허권을 해당 제척토지의 사업시행자에게 양도하는 경우 부가가치세가 면제되지 아니하는 것입니다.

 질의요지

○ 한국농어촌공사가 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따라 조성중인 개발사업의 사업구역에서 제척된 토지의 공유수면매립권을 새만금개발청에 양도하는 경우 부가가치세 면제 여부

 사실관계

 ○한국농어촌공사(이하 ⁠“공사”)는 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣(이하 ⁠“경자법”) 에 따라 전라북도로부터 새만금‧군산 경제자유구역 새만금산업지구 개발계획 변경(0차) 승인을 받아 새만금산업단지(0,000ha) 개발사업 시행자가 되었고

  - 공사는 해당 사업의 수행을 위해 ’10.7월 농림축산식품부(이하 ⁠“농식품부”)와 0,000ha에 대한 공유수면 매립면허의 권리‧의무 양도‧양수 협약을 체결하고 공유수면매립면허를 받음

 ○이후 ’15.9월 개발계획 변경(0차) 승인을 통해 새만금산업단지 간선도로와 연접도로(이하 ⁠“****도로”)간 중복되는 구간(○○ha)이

  - 개발계획 변경 승인서 ⁠‘6. 토지이용계획’에 따라 새만금산업단지 사업구역에서 제척됨

 ○새만금산업단지는 0,000ha(000만평)의 공유수면을 매립‧조성하는 사업으로 총 사업기간은 ’00년부터 ’00년까지 00년간 전체 면적을 0개 공구로 나누어 순차적으로 매립‧조성 및 용지공급 진행중임

 ○’22.4월 현재 농식품부와 공사는 0,000ha에 대한 양도‧양수 협약의 변경사항은 없으며 원금과 이자를 ’00년까지 분할상환 중으로

  - 공사는 ****도로 사업시행자인 새만금개발청과 중복구간(○○ha)에 대해 공유수면매립권을 양도‧양수하는 협약을 체결할 예정으로

  - ’22년 중에 중복구간에 대한 공유수면매립권 양도대금 ***백만원을 새만금개발청으로부터 지급받아 농식품부에 지급할 예정임

  ※ ’18.5월 ⁠‘새만금산업단지 경제자유구역 지정 해제’에 따라 새만금산업단지 적용법은 경자법과 ｢새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법｣(이하 ⁠“새특법”)에서 새특법으로 일원화

 관련법령

○ 부가가치세법 시행령 제2조 【재화의 범위 】

  ① ⁠「부가가치세법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.

   1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물(有體物)

   2. 전기, 가스, 열 등 관리할 수 있는 자연력

  ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

 ② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제14조 【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

 ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

  1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

  2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

 ② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

  1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

  2. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 정부 업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  4. ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은「부가가치세법 시행령」제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

  1. 소매업・음식점업・숙박업・욕탕업 및 예식장업

  2.「부가가치세법 시행령」제3조제2항에 규정된 사업

  3. 부동산임대업

  4. 골프장・스키장 및 기타 운동시설 운영업

  5. 수상오락서비스업

  6. 유원지・테마파크 운영업

  7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제 등】

 ② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 【정부업무대행단체의 면세사업】

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제6조 【자본금 및 출자】

 ① 공사의 자본금은 5조원으로 하고, 전액을 국가가 출자(出資)한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제10조【사업】

 ① 공사는 다음 각 호의 사업을 한다.

  1. ⁠「농어촌정비법」에 따른 농어촌정비사업(농업생산기반정비사업 지구에서의 하천 정비사업을 포함한다)

  2. 농업기반시설의 유지・관리 및 이용에 관한 사업

  3. 농어촌용수 및 지하수자원의 개발・이용 및 보전・관리에 관한 사업

  4. 농지의 조성 및 이용증진 사업과 농지 등의 재개발 사업

  15. 다른 법령에 따라 공사가 시행할 수 있는 사업

  16. 그 밖에 공사의 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 사업

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3 【개발사업시행자의 지정】

 ① 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구(제4조제6항에 따라 분할하여 개발하는 경우에만 해당한다)에 대한 개발사업시행자를 지정한다.

  3. ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 시행령 제6조의5 【개발사업시행자의 지정】

 ① 법 제8조의3제1항제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호와 같다.

  5. ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사

○ 새만금사업 촉진을 위한 특별법 제6조 【사업시행자의 지정 등】

 ① 농업용지, 산업용지, 관광용지, 도시용지, 과학연구용지, 환경용지, 물류 및 에너지 용지 등의 용도별 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 자 중에서 새만금사업의 시행자를 각각 지정한다.

  2. ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제8조 【사업시행자의 지정 등】

 ① 새만금청장은 다음 각 호의 자 중에서 새만금사업의 시행자를 지정한다. 이 경우 개발사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 경우에는 개발사업 중 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 공유수면매립사업의 시행자를 따로 지정할 수 있다.

  2. ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제14조 【「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 관한 특례】

 ① 제11조에 따라 실시계획이 승인된 경우에는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받은 매립지, 매립예정지 또는 준공인가를 받은 매립지(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제35조에 따라 협의 또는 승인을 받은 경우를 포함한다)의 매립목적은 같은 법 제48조 및 법률 제5911호 공유수면매립법개정법률 부칙 제3조에도 불구하고 관계법률 등에서 정하는 용도로 매립목적이 변경된 것으로 본다.

 ② 새만금사업지역의 매립목적이 변경된 경우에는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제35조제2항에도 불구하고 매립공사의 준공검사를 받기 전에 사업시행자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 있다.

 ③ 사업시행자가 제2항에 따라 매립에 관한 권리를 양도받은 때에는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받은 것으로 본다.

 ④ 공공시행자가 자기의 재원으로 실시계획 승인을 받아 토지를 조성한 경우 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조제1항제2호부터 제4호까지를 적용하지 아니하고, 그 토지는 사업시행자에게 귀속된다.

○ 공공기관 운영에 관한 법률 제4조 【공공기관】

 ① 기획재정부장관은 국가・지방자치단체가 아닌 법인・단체 또는 기관(이하 ⁠“기관”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 공공기관으로 지정할 수 있다.

  1. 다른 법률에 따라 직접 설립되고 정부가 출연한 기관

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "공유수면"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

   가. 바다: 「해양조사와 해양정보 활용에 관한 법률」 제8조제1항제3호에 따른 해안선으로부터 ⁠「배타적 경제수역 및 대륙붕에 관한 법률」에 따른 배타적 경제수역 외측 한계까지의 사이

   나. 바닷가: 「해양조사와 해양정보 활용에 관한 법률」 제8조제1항제3호에 따른 해안선으로부터 지적공부(地籍公簿)에 등록된 지역까지의 사이

   다. 하천ㆍ호소(湖沼)ㆍ구거(溝渠), 그 밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류(水流)로서 국유인 것

  2. "포락지"란 지적공부에 등록된 토지가 물에 침식되어 수면 밑으로 잠긴 토지를 말한다.

  3. "간석지"란 만조수위선(滿潮水位線)과 간조수위선(干潮水位線) 사이를 말한다.

  4. "공유수면매립"이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제28조 【매립면허】

 ① 공유수면을 매립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립목적을 구체적으로 밝혀 다음 각 호의 구분에 따라 해양수산부장관, 시ㆍ도지사, 특별자치시장 또는 특별자치도지사(이하 "매립면허관청"이라 한다)로부터 공유수면 매립면허(이하 "매립면허"라 한다)를 받아야 한다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제46조 【매립지의 소유권 취득 등】

 ① 매립면허취득자가 제45조제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

  3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지: 매립면허취득자

출처 : 국세청 2022. 04. 21. 사전-2022-법규부가-0418[법규과-1289] | 국세법령정보시스템