요지

공익법인등을 설립 ․ 경영하는 학교법인은 동 공익법인등의 ⁠“의무이행 여부”를 일괄 보고할 수 있는 것이며 이 경우 공익법인등의 의무 불이행이 있는 경우 의무를 불이행한 공익법인등을 구분하여 기재해야 함

회신

｢법인세법 시행령｣ 제39조제6항에 따른 공익법인등의 의무이행 여부를 학교가 아닌 학교법인이 산하의 모든 학교를 일괄하여 보고할 수 있는지 여부에 대해서는 기존 해석사례(기획재정부 법인세제과-280, 2022.07.22.)를 참조하시기 바랍니다.
｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호다목에 따른 공익법인등을 설립 ․ 경영하는 학교법인은 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제6항에 따른 동 공익법인등의 ⁠“의무이행 여부”를 일괄 보고할 수 있는 것입니다. 이 경우 학교법인은 설립 ․ 경영하는 공익법인등의 의무 불이행이 있는 경우 의무를 불이행한 공익법인등을 구분하여 기재해야 하는 것임.

1. 사실관계

 ○학교법인 **학원(이하 ⁠“질의법인”)은 ’**.1월 설립된 재단법인으로 **** 고등학교, **** 대학교, **** 어린이집을 설립하여 경영하고 있음

 ○질의법인은 ’20사업연도에 대한 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제5항의 의무이행 여부를‘의무이행 여부 점검결과 보고서’(별지 제63호의10 서식, 이하 ⁠“의무이행 보고서”)에 학교법인 명의 및 그 사업자등록번호를 기재하여 ’21.6월 주무관청인 교육부에 제출하였으나

  -교육부에서 공문으로 ｢법인세법｣상 지정기부금단체는 각각의 학교이므로 질의법인 산하 각각의 학교 명의 및 사업자등록번호를 기재한 의무이행 보고서를 제출할 것을 요청함에 따라

  -질의법인 산하의 각각의 학교는 개별적으로 의무이행 보고서를 주무관청에 다시 제출하였음

2. 질의요지

 ○｢법인세법 시행령｣ 제39조제1항제1호다목의 ｢초･중등교육법｣ 및 ｢고등교육법｣에 따른 다수의 학교가 ｢법인세법 시행령｣ 제39조제5항제2호부터 제8호까지의 의무를 이행하고

  -그 의무이행 여부를 같은 조 제6항에 따라 국세청장에게 보고하는 경우 해당 학교들을 설립․운영하는 학교법인이 본인 명의로 일괄하여 보고할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 이 조에서 "기부금"이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

② 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금(제3항제1호에 따른 기부금은 제외한다) 중 제1호에 따른 기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기부금

  가. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, ⁠「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.

  나. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

  다. 천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

  라. 다음의 기관(병원은 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

　 1) ⁠「사립학교법」에 따른 사립학교

      (중략)

③내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금(제2항제1호에 따른 기부금은 제외한다) 중 제1호에 따른 기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(제2항제1호에 따른 기부금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

 2. 손금산입한도액: 다음 계산식에 따라 산출한 금액

   (이하생략)

○법인세법 시행령 제39조【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "공익법인등"이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정ㆍ고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.

  가. ⁠「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

  나. ⁠「영유아보육법」에 따른 어린이집

  다. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원, 「초ㆍ중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 따른 학교, ⁠「근로자직업능력 개발법」에 따른 기능대학, ⁠「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

  라. ⁠「의료법」에 따른 의료법인

  마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

  바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

      (중략)

⑤ 제1항제1호 각 목(마목은 제외한다)의 공익법인등은 지정기간(제4호의 경우에는 지정일이 속하는 연도의 직전 연도를 포함한다) 동안 다음 각 호의 의무를 이행해야 한다.

 1. 제1항제1호바목1)부터 3)까지의 요건을 모두 충족할 것(제1항제1호바목에 따른 법인만 해당한다)

 2. 다음 각 목의 구분에 따른 의무를 이행할 것

  가. ⁠「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 ⁠「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력ㆍ지원, 한국의 홍보 또는 국제교류ㆍ협력을 목적으로 하는 사업을 수행할 것). 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조제8항제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 의무를 이행한 것으로 본다.

  나. 사회적협동조합의 경우: 「협동조합 기본법」 제93조제1항제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행할 것

  다. 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 사회복지ㆍ자선ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ학술ㆍ장학 등 공익목적 활동을 수행할 것

 3.기부금 모금액 및 활용실적을 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 다음 각 목에 따라 공개할 것. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제50조의3제1항제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의3제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 다음 각 목의 공개를 모두 한 것으로 본다.

  가. 해당 공익법인등의 인터넷 홈페이지에 공개할 것

  나. 국세청의 인터넷 홈페이지에 공개할 것. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 기부금 모금액 및 활용실적 명세서에 따라 공개해야 한다.

 4. 해당 공익법인등의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것

 5. 각 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것

 5의2. 사업연도 종료일을 기준으로 최근 2년 동안 고유목적사업의 지출내역이 있을 것

 6. 「상속세 및 증여세법」 제50조의2제1항에 따른 전용계좌를 개설하여 사용할 것

 7. 「상속세 및 증여세법」 제50조의3제1항제1호부터 제4호까지의 서류 등을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인등과 국세청의 인터넷 홈페이지를 통하여 공시할 것. 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조의3제2항에 따른 공익법인등은 제외한다.

 8. 「상속세 및 증여세법」 제50조의4에 따른 공익법인등에 적용되는 회계기준에 따라 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받을 것. 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조제3항 및 제4항에 따른 공익법인등은 제외한다.

⑥제1항제1호 각 목(마목은 제외한다)에 따른 공익법인등은 제5항에 따른 의무의 이행 여부(이하 이 조에서 "의무이행 여부"라 한다)를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 보고해야 한다. 이 경우 해당 공익법인등이 의무이행 여부를 보고하지 않으면 국세청장은 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 보고하도록 요구해야 한다.

⑦국세청장은 제6항에 따라 보고받은 내용을 점검해야 하며, 그 점검결과 제5항제3호에 따른 기부금 모금액 및 활용실적을 공개하지 않거나 그 공개 내용에 오류가 있는 경우에는 기부금 지출 내역에 대한 세부내용을 제출할 것을 해당 공익법인등에 요구할 수 있다. 이 경우 공익법인등은 해당 요구를 받은 날부터 1개월 이내에 기부금 지출 내역에 대한 세부내용을 제출해야 한다.

○법인세법 시행규칙 제19조의2【공익법인등의 의무이행 여부 등 보고기한 등】

①영 제39조제1항제1호 각 목(마목은 제외한다)의 공익법인등은 영 제39조제5항에 따른 의무이행 여부(이하 이 조에서 "의무이행여부"라 한다)를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청장에게 보고해야 한다.

②국세청장은 제1항의 보고기한까지 의무이행여부를 보고하지 않은 공익법인등에 대해서는 제1항의 보고기한으로부터 2개월 이내에 의무이행여부를 보고하도록 지체 없이 요구해야 한다.

③제1항에 따라 공익법인등이 보고하는 서식은 별지 제63호의10서식^*에 따른다.

   * 첨부 ⁠‘참고1’ 참조

   (이하생략)

○ 국세기본법 시행령 제66조【불성실기부금수령단체 등의 명단 공개】

⑩ 법 제85조의5제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 불성실기부금수령단체"란 기부금을 수령한 단체로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

   (중략)

 4.명단 공개일이 속하는 연도의 직전 연도 12월 31일을 기준으로 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호가목부터 라목까지의 규정에 따른 공익법인등이 다음 각 목에 해당하는 사실이 2회 이상 확인되는 경우

  가. 「법인세법 시행령」 제39조제5항 각 호(같은 항 제1호는 제외한다)의 의무를 위반한 사실

  나. 「법인세법 시행령」 제39조제6항 후단에 따른 주무관청의 요구에도 불구하고 의무이행 여부를 보고하지 아니한 사실

○ 상속세 및 증여세법 제16조 【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】

① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】

  법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

 2. 「초ㆍ중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교, ⁠「유아교육법」에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업

○ 상속세 및 증여세법 제50조의2【공익법인등의 전용계좌 개설ㆍ사용의무】

①공익법인등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.

   (이하생략)

○ 상속세 및 증여세법 제50조의3【공익법인등의 결산서류등의 공시의무】

① 공익법인등(사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 다음 각 호의 서류 등(이하 이 조에서 "결산서류등"이라 한다)을 해당 공익법인등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청의 인터넷 홈페이지에 게재하는 방법으로 공시하여야 한다. 다만, 자산 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 대통령령으로 정하는 바에 따라 간편한 방식으로 공시할 수 있다.

   1. 재무제표

   2. 기부금 모집 및 지출 내용

   3. 해당 공익법인등의 대표자, 이사, 출연자, 소재지 및 목적사업에 관한 사항

   4. 출연재산의 운용소득 사용명세

   5. 제50조제3항에 따라 회계감사를 받을 의무가 있는 공익법인등에 해당하는 경우에는 감사보고서와 그 감사보고서에 첨부된 재무제표

○ 사립학교법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "사립학교"란 학교법인, 공공단체 외의 법인 또는 그 밖의 사인(私人)이 설치하는 「유아교육법」 제2조제2호, ⁠「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교를 말한다.

  2. "학교법인"이란 사립학교만을 설치ㆍ경영할 목적으로 이 법에 따라 설립되는 법인을 말한다

○ 사립학교법 제3조【학교법인이 아니면 설립할 수 없는 사립학교 등】

  학교법인이 아닌 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사립학교를 설치·경영할 수 없다. 다만, ｢초·중등교육법｣ 제52조제2항에 따라 산업체가 그 고용근로청소년의 교육을 위하여 중학교 또는 고등학교를 설치·경영하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1.초등학교·중학교·고등학교·특수학교·대학

  2.산업대학·사이버대학·전문대학·기술대학

  3.대학·산업대학·전문대학 또는 기술대학에 준하는 각종학교

○ 사립학교법 제29조【회계의 구분등】

 ①학교법인의 회계는 그가 설치･경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.

○ 법인세법 제9조【납세지】

①내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 있지 아니하는 경우에는 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지)로 한다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 장소로 한다.

출처 : 국세청 2022. 07. 25. 서면-2021-법규법인-4367[법규과-2194] | 국세법령정보시스템