요지

「조세특례제한법」제38조의2에 따른 과세특례를 적용받은 지주회사 주식을 양도하는 경우 적용되는 세율은 지주회사 주식 양도시점에 지주회사 주식에 적용되는 ⁠「소득세법」제104조제1항제11호에 따른 세율이 되는 것입니다

회신

「조세특례제한법」제38조의2에 따른 과세특례를 적용받은 지주회사 주식을 양도하는 경우 적용되는 세율은 지주회사 주식 양도시점에 지주회사 주식에 적용되는 ⁠「소득세법」제104조제1항제11호에 따른 세율이 되는 것입니다

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-2000.00.00. ㈜○○○○○ A법인 설립, 甲은 A법인 주식 1,000주(100%) 취득

-2015.03.00. A법인은 사업부문 일부를 인적분할 하여 ㈜○○○ B법인 설립하고,

               甲은 A법인 주식 300주를 반환, B법인 주식 300주를 배정받음

-2015.06.00.B법인 300주를 지주회사 A법인에 현물출자하고 A법인 주식150주를 재취득함

-A법인 지주회사 전환시 B주식을 A법인에 현물출자하여 발생한 양도차익에 대해

   조세특례제한법§38조의2 과세특례 규정 적용 받음

- 2016.01.00. 甲은 A법인 주식 100주를 양도

※위 인적분할은 적격분할이며, 인적분할로 인한 의제배당 과세는 이루어지지 않음을 전제로 함

○ 질의내용

  지주회사 전환으로 지주회사에 현물출자하여 과세이연 받은 주식(A법인 주식 100주)을 양도하는 경우 양도소득세 세율적용시 보유기간 산정 방법

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1∼10. ⁠(생략)

11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 주식등

1) 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30

2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등

나. 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식등

1) 중소기업의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 10

2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20

(이하생략)

○ 조세특례제한법 제38조의2【 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례 】

① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2018년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

나. 전환지주회사의 분할로 신설·합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 "중간지주회사"라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2018년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호·제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

 ○ 사전-2017-법령해석재산-0338, 2017.11.28.

A법인은 2003.7.1. 인적분할로 ⁠“「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사”(이하 ⁠“지주회사”)를 설립하여 A법인의 내국인 주주였던 갑은 지주회사 주식을 취득하게 되었고, 2003.10.15. 갑은 보유 중인 A법인의 주식과 B법인의 주식을 지주회사에 현물출자하여 지주회사 주식을 추가로 취득한 후 해당 현물출자 주식에 대해「조세특례제한법」(2003.12.31. 법률 제7030호로 개정되기 전의 것) 제38조의2에 따라 과세특례를 적용받은 경우

  (질의1) 갑이 보유 중인 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는「조세특례제한법 시행령」(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 개정된 것) 제35조의4제1항에 따라 현물출자로 취득한 지주회사 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다.

  ⁠(질의2) 같은 날 A법인의 주식과 B법인의 주식을 현물출자하고 지주회사 주식을 취득한 후 해당 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는 A법인의 주식과 B법인의 주식 보유비율대로 양도되었다고 보아 양도한 지주회사 주식의 취득가액을 산정하는 것입니다.

(질의3) 양도하는 지주회사 주식에 적용되는 세율은 지주회사 주식 양도 시점에 지주회사 주식에 적용되는「소득세법」제104조제1항제11호에 따른 세율이 되는 것입니다.

출처 : 국세청 2018. 11. 23. 서면-2018-부동산-0900[부동산납세과-1096] | 국세법령정보시스템