요지

내국법인이 바이오의약품을 수탁생산하기 위해 해외제약사에 제공한 CMO서비스에 대한 대가를 바이오의약품 공급과 별도로 구분하여 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 경우 해당 용역의 공급은 바이오의약품 공급에 부수하여 공급되는 용역으로서 주된 거래인 재화의 공급에 포함되며, 이 경우 공급시기는 주된 재화의 선(기)적일이 되는 것임

회신

바이오의약품 CMO(Contract Manufacturing Organization) 사업을 영위하는 내국법인이 해외제약사로부터 바이오의약품의 제조를 위탁받아 생산한 후 해외제약사에 판매하기로 하는 CMO계약을 체결하여 해외제약사에 공급하는 해당 의약품은 ⁠「부가가치세법」제21조제1항에 따라 영의 세율이 적용되는 것이며, 내국법인이 해당 의약품을 수탁생산하기 위해 해외제약사에 공정기술 이전, 분석기술 이전, 특수설비설치, Cleaning Validation, Regulatory Filing, PCO(Product Change Over)Change, Request Project Management 서비스(이하 ⁠“CMO서비스”)를 제공하고 이에 대한 대가를 해당 의약품 공급과 별도로 구분하여 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 경우 해당 CMO서비스는 해당 의약품 공급에 필수적으로 부수되어 공급되는 용역으로서 ⁠「부가가치세법」제14조제1항에 따라 주된 재화인 바이오의약품 공급에 포함되는 것입니다.
이 경우 해당 CMO서비스의 공급시기는 같은 법 제21조제2항제1호 및 같은 법 시행령 제28조제6항제1호에 따라 주된 재화의 선(기)적일이 되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ △△로직스(주)(이하 ⁠“질의법인”)는 2011년 4월 설립되어 바이오의약품^* CMO(Contract Manufacturing Organization)^** 사업을 영위하는 내국법인으로

  - 스위스 로슈, 미국의 BMS 등 해외 제약사(이하 ⁠“해외제약사”)로부터 미생물 또는 동물세포를 기반으로 하는 바이오의약품의 제조를 위탁받아 생산한 후 해외제약사에 판매하고 있음

   * 바이오의약품 : 동물세포, 미생물을 배양․정제․충전하여 만든 의약품

   ** 제약사의 생산위탁을 받아 의약품을 생산하는 생산대행기관, 전자업계의 OEM, 반도체 파운드리와 유사

 ○ 질의법인은 바이오의약품 수탁생산을 의뢰한 해외제약사와 수탁생산과 관련된 사항을 정한 CMO계약을 체결하고, 제조공정기술이전, 시생산, 규제기관 승인을 거쳐 상업생산을 진행하고 있으며

  - 해외제약사와 바이오의약품 생산 및 그 생산에 필요한 서비스(이하 ⁠“CMO서비스”) 조건을 정한 장기공급계약(통상 10년 이상)을 상품별로 체결함

 ○ 질의법인은 해외제약사의 제품검사승인통과 시점에 재고자산으로 계상한 바이오의약품을 제품매출로 회계처리하고

  - 제품 선적일을 재화의 공급시기로 하여 영세율로 부가가치세를 신고하고 있으며

  - 질의법인이 바이오의약품을 수탁생산하기 위해서는 필수적으로 해외제약사로부터 제조공정 기술 등을 이전 받으면서 CMO서비스를 해외제약사에 제공하여야 함

 ○ 이에 질의법인은 해외제약사와 체결한 CMO계약에서 CMO서비스의 제공내용, 수수료, 청구시기^*를 바이오의약품의 공급과 별도로 구분하여 정하고 있으며

   * 질의법인 대금청구 후 60일내 지급

  - 서비스 제공완료시점 등에 대금청구하고 서비스매출로 회계처리하고 있음

 ○ 바이오의약품 수탁생산과정 및 CMO서비스 내용

 ○ 질의법인은 ⁠“바이오의약품의 기술이전, 검증, 허가기관 제조승인, 양산 등의 CMO서비스 활동이 한국표준산업분류상 어디로 분류되는지”에 대하여 통계청에 질의(2018.5.18.)하여

  - ⁠“바이오의약품 수탁생산을 위한 기술이전 관련 문서화 처리, 공정 등과 관련한 검증, 허가기관 제조 승인 관련 사무처리, 양산 등과 관련한 CMO서비스는 제품 제조를 위한 불가분의 관계에 있는 사전 공정 중 또는 사후과정으로 판단되며 독립된 산업활동으로 볼 수 없습니다.

  - 따라서, 바이오의약품을 제조하는 것이 주된 산업활동인 경우 ⁠‘21102 생물학적 제제 제조업’으로 분류합니다.

  - 다만, CMO서비스 활동 중 Cleaning Validation 과 Change Request 단계에서 적합성을 분석․검증하는 것이 주된 산업활동인 경우 ⁠‘72919 기타 기술 시험, 검사 및 분석업’으로 분류합니다”라는 회신을 하였음(통계기준과-1451, 2018.6.8)

2. 질의내용

○ 바이오의약품 CMO사업을 영위하는 내국법인이 해외제약사로부터 바이오의약품의 제조를 위탁받아 생산 후 해외 제약사에 판매하기로 하는 CMO계약을 체결하고

  - 내국법인이 해당 바이오의약품을 수탁생산하기 위해 해외제약사에 제공한 CMO서비스에 대한 대가를 바이오의약품 공급과 별도로 구분하여 받는 경우 영세율 대상인지 여부와 그 공급시기

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제14조【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

 ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

  1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

  2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제15조【재화의 공급시기】

 ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

  2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

  3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제21조【재화의 수출】

 ① 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다.

 ② 제1항에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.

  1. 내국물품(대한민국 선박에 의하여 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제28조【구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기】

 ⑥ 수출재화의 경우 다음 표의 구분에 따른 때를 재화의 공급시기로 본다.

  1. 법 제21조제2항제1호 또는 이 영 제31조제1항제1호에 해당하는 경우 : 수출재화의 선(기)적일

○ 부가가치세법 제24조【외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등】

 ① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

  3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 부가가치세법 시행령 제33조【그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위】

 ② 법 제24조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

  1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자(국내에 거소를 둔 개인, 법 제24조제1항제1호에 따른 외교공관등의 소속 직원, 우리나라에 상주하는 국제연합군 또는 미합중국군대의 군인 또는 군무원은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 외국법인에 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것. 다만, 나목 중 전문서비스업과 아목에 해당하는 용역의 경우에는 해당 국가에서 우리나라의 거주자 또는 내국법인에 대하여 동일하게 면세하는 경우(우리나라의 부가가치세 또는 이와 유사한 성질의 조세가 없거나 면세하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다)에 한정한다.

  나. 전문, 과학 및 기술 서비스업[수의업(獸醫業), 제조업 회사본부 및 기타 산업 회사본부는 제외한다]

  아. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업(조경 관리 및 유지 서비스업, 여행사 및 기타 여행보조 서비스업은 제외한다)

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제3조【용역의 범위】

 ① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

  7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설관리 및 사업지원 서비스업

○ 부가가치세법 시행령 제4조【사업의 구분】

 ① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.

 ② 용역을 공급하는 경우 제3조제1항에 따른 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류에도 불구하고 같은 항의 사업에 포함되는 것으로 본다.

 ③ 제1항과 제2항에서 규정한 사항 외에 사업의 구분에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 한국표준산업분류 제10차 개정 ⁠(2017.1.13.)

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

  1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

  2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

  3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

  4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

 ② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우 : 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

출처 : 국세청 2018. 06. 19. 서면-2017-법령해석부가-3599[법령해석과-1679] | 국세법령정보시스템