요지

해당 상장주식의 현물출자 거래가 주권상장법인의 경영권 이전이 수반되는 거래로서 한국거래소 시장에서의 거래에 해당하지 않는 경우 그 주식의 시가는 평가기준일 이전 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종시세가액의 평균액에「상속세및증여세법」제63조제3항에 따른 할증평가액을 가산한 가액으로 평가하는 것임

회신

귀 질의1의 경우 주권상장법인의 최대주주가 전환지주회사에 주권상장법인의 주식을 현물출자하여 발생한 양도차익에 대하여「조세특례제한법 시행령」제35조의3제1항에 따른 과세이연 양도차익 계산 시, 해당 상장주식의 현물출자 거래가 주권상장법인의 경영권 이전이 수반되는 거래로서 한국거래소 시장에서의 거래에 해당하지 않는 경우 그 주식의 시가는 평가기준일 이전 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종시세가액의 평균액에「상속세및증여세법」제63조제3항에 따른 할증평가액을 가산한 가액으로 평가하는 것입니다.
귀 질의2의 경우「조세특례제한법 시행령」제35조의3제1항에 따른 과세이연 양도차익 계산 시 내국법인이 보유한 주식을 주권이 상장된 지주회사에 현물출자하고 취득한 주식으로서 해당 주식이 평가기준일 현재 상장되지 아니한 새로운 주식에 해당하는 경우 그 주식의 가액은 시가로 평가하되, 시가가 불분명한 경우에는「상속세및증여세법」제63조제2항제3호 및 같은 법 시행령 제57조제3항에 따라 평가한 가액으로 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 코스닥상장법인 H사 및 P사의 최대주주임

 ○ 질의법인은 H사의 지주회사 전환을 위하여 질의법인이 보유중인 P사 발행 코스닥상장주식 전부를 H사에 현물출자하고 H사의 신주를 교부받음(유상증자)

 ○ H사의 유상증자는 청약기간(‘1X.X.X.∼’1X.X.XX.) 동안 P사 주식을 보유하고 있는 주주 중 청약 신청한 주주로부터 해당주식을 현물출자 받고, 이의 대가로 지주회사인 H사의 주식을 신주로 발행하여 부여하는 방식의 일반공모 방식으로 진행됨

  - 현물출자의 납입기일(현물출자일)은 ’1X.X.XX.이며, H사 발행 신주의 주권상장일은 ’1X.X.XX.임

  -현물출자주식(P사)의 주당 현물출자가격(=공개매수 가격)은「상법」에서 정한 방법을 적용하여 ○○○원으로 산정하고,

  - 신주(H사)의 주당 발행가격은 ⁠‘증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정’에 따라 ○○○원으로 산정한 후 주식교환비율에 따라 현물출자가 이루어짐

2. 질의내용

 ○「조세특례제한법」제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례】에 따라 현물출자한 법인의 과세이연 주식양도차익 계산 시

  - ⁠(질의1) 현물출자한 주식의 평가 방법

  - ⁠(질의2) 현물출자로 취득한 전환지주회사 신주의 평가 방법

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

○조세특례제한법시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

 ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

○ 상속세및증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

다. 삭제

2. 제1호 외에 국채(國債)ㆍ공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대해서는 제1항제1호에도 불구하고 해당 법인의 사업성, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

1. 기업 공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령으로 정하는 기간에 유가증권 신고를 한 법인의 주식등

2. 제1항제1호다목에 규정된 주식등 중 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 주식등을 거래하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간에 거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등

3. 거래소에 상장되어 있는 법인의 주식 중 그 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일 현재 상장되지 아니한 주식

③ 제1항제1호, 제2항 및 제60조제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

○ 상속세및증여세법 시행령 제57조 【기업공개준비중인 주식등의 평가등】

① 법 제63조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 평가기준일 현재 유가증권 신고(유가증권 신고를 하지 아니하고 상장신청을 한 경우에는 상장신청을 말한다) 직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)부터 거래소에 최초로 주식등을 상장하기 전까지의 기간을 말하며, 해당 주식등은 제1호의 가액과 제2호의 가액 중 큰 가액으로 평가한다.

1. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 금융위원회가 정하는 기준에 따라 결정된 공모가격

2. 법 제63조제1항제1호가목에 따라 평가한 해당 주식등의 가액(같은 목의 가액이 없는 경우에는 같은 호 나목의 가액을 말한다)

② 법 제63조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 평가기준일 현재 유가증권 신고(유가증권 신고를 하지 아니하고 등록신청을 한 경우에는 등록신청을 말한다) 직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)부터 한국금융투자협회에 등록하기 전까지의 기간을 말하며, 해당 주식등은 제1항제1호의 가액과 법 제63조제1항제1호나목에 따라 평가한 가액 중 큰 가액으로 평가한다.

③ 법 제63조제2항제3호에 따른 주식의 평가는 거래소에 상장되어 있는 법인의 주식에 대하여 법 제63조제1항제1호가목에 따라 평가한 가액에서 기획재정부령으로 정하는 배당차액을 뺀 가액으로 한다.

4. 관련사례

○ 기획재정부 법인세제과-48, 2016.01.18

내국법인과 그 특수관계인 간 주권상장법인의 경영권 이전이 수반되는 주식 거래시 한국거래소 시장에서 거래하지 않는 경우, 해당 주식의 시가는 ⁠「법인세법시행령」제89조제2항제2호에 따라 ⁠「상속세 및 증여세법」제63조제1항을 준용하여 평가한 가액(평가기준일 이전 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종시세가액의 평균액)이 되는 것입니다. 또한, ⁠「상속세 및 증여세법」제63조제3항에 따라 해당 주식이 최대주주등이 보유한 주식인 경우 위 금액에 할증평가액을 가산해야 합니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-2608, 2006.12.15

주권상장내국법인이 자기주식을 대주주에게 장외거래를 통해 양도하는 경우에는 「증권거래법시행령」 제84조의 9 제2항을 적용한 가액은 시가로 볼 수 없는 것이며,「법인세법」 제52조 규정을 적용함에 있어 시가는 당해 상장주식의 평가기준일 현재 한국증권선물거래소의 종가(최종시세가액)로 하는 것으로, 내국법인이 특수관계자에게 상장주식을 저가양도하여 시가와 차액을 부당행위계산부인하여 익금산입한 금액은 같은법 시행령 제106조 제1항 각호의 규정을 적용하여 소득처분하는 것임.

○ 법령해석법인-5833 , 2017.02.07

내국법인이 주권상장법인의 주식에 대한 매매계약을 체결하고, 그 매매계약에 따라 매매계약 시 정한 가격으로 매매계약일 이후 장외거래하는 경우로서 경영권 변동을 가져올 수 있는 등 이례적인 거래에 해당하지 않는 경우, ⁠「법인세법」제52조 규정을 적용함에 있어 해당 주식의 시가는 매매계약일의 한국거래소 최종시세가액으로 하는 것임

○ 제도46012-11157, 2001.5.17

법인세법 제52조 및 같은법시행령 제89조제1항의 규정을 적용함에 있어서 ○○거래소에 상장된 법인의 최대보유 주주인 법인이 당해 법인의 보유 주식 전량을 장외에서 매각하는 경우 당해 주식의 장외거래가 경영권의 변동을 가져올 수 있는 이례적인 거래에 해당하는 경우에는 거래 당시 ○○거래소에서 거래된 당해 주식의 가격과 동일한 교환가치를 갖는 것으로 보기 어려우나 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지는 당해 장외 거래가액이 거래 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것으로서 불특정다수인간에 통상 성립될 수 있는 가액에 해당하는 지 여부 등을 실질내용에 따라 판단할 사항임

○ 서울행정법원2012구합25033, 2013.06.07 이 사건 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 적용될 이 사건 주식의 시가에 관하여 살피건대， 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은 ’주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액에 따른다.’고 규정하고 있는바， 위 인정사실에 의하면， 이 사건 주식이 원고와 OO건설 등 사이에 한국거래소가 아닌 장외에서 거래되었으므로， 이 사건 주식의 시가를 2009. 2. 16.자 한국거래소 최종 시세가액인 주당 0000원이라고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건은 구 법인세법 시행령 제89조 제2항의 ’시가가 불분명한 경우’에 해당하므로， 이 사건 주식의 시가는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호， 구 상속 세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가.목 및 같은 조 제3항을 준용하여 평가한 금액 에 의하여야 하는바， 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제20호증의 기재에 의하면， 이 사건 주식의 평가기준일인 2009. 2. 16. 이전 ・ 이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권선물거래소 최종 시세가액의 평균이 0000원이고， 여기에 100분의 20을 가산한 가액은 000원이므로， 이 사건 주식의 시가는 0000원으로 보아야 한다. 그렇다면 BB건설 등이 이 사건 주식의 시가가 5，490원이라는 전제에서 원고에게 00000원[= 6，327，245주 × 주당 000원(= 000원 - 0000원)]을 기타소득으로 소득처분한 것은 이 사건 주식의 정당한 시가인 0000원을 기초로 소득처분하여야 할 금액 0000원[= 6，327，245주 × 주당 0000원(= 000원 - 0000 원)]보다 000원(= 0000원 - 0000원)을 초과하여 이루어 진 것으로서， 이를 바로잡아 원고의 정당한 2009년 귀속 종합소득세 과세표준과 결정 세액(기납부세액 차감 이전 금액)을 계산해 보면 별지 2. 세액 계산표 기재와 같이 각 각 000원，0000원이 되므로， 원고의 예비적 주장은 이유있다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-2081, 2007.11.15

질의1)의 경우, 최대주주 등이 소유하는 계열회사 주식을 지주회사에 현물출자할 때 그 현물출자하는 주식에 대해서는「상속세 및 증여세법」제63조 제3항에 규정한 ⁠‘최대주주 등’의 가산율을 적용하는 것이며,

질의2) 및 3)의 경우, 지주회사를 설립하기 위하여「증권거래법」제21조의 규정에 의하여 불특정다수인으로부터 주식을 공개매수하는 방법으로 현물출자 받는 경우로서, 현물출자가액과 시가의 차액에 대해 저가매입 및 부당행위계산의 부인이 적용되는지에 대하여는 기존 해석사례 재법인-489(2004.8.26)·서면2팀-714(2007.4.24)호를 참조하시기 바람.

출처 : 국세청 2018. 05. 24. 서면-2017-법인-2101[법인세과-1243] | 국세법령정보시스템