요지

비영리법인인 산학협력단이 재화 또는 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 무상으로 지원받는 정부출연금은 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것임

회신

귀 질의의 경우 비영리법인인 산학협력단이 재화 또는 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 한국산업기술진흥원으로부터 무상으로 지원받은 정부출연금은「법인세법」제3조 제3항의 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것이며
해당 정부출연금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하는 것입니다.

1. 질의내용

○ 비영리법인이 비수익사업관련 정부출연금을 수익사업 관련비용으로 지출하는 경우 수익사업에 포함되는지 여부

2. 사실관계

○ 질의법인은 비영리법인으로서 수익사업과 비수익사업을 영위하고 있음

-이에 질의법인은 구분경리를 통해 수익사업에 대해서는 법인세 납세의무를 부담하고 있으며, 수익사업 중 부가가치세 과세사업 관련된 부가가치세 매입세액은 공제받고 있음

○질의법인 소속 ⁠‘학교기업’이 한국산업기술진흥원으로부터 학교기업 지원사업에 선정되어 정부출연금 ××백만원을 수령함

- 동 금액은 대가성 없는 정부출연금으로 비수익사업으로 분류하여 회계 처리하고 있으며, 학교기업의 수익사업에 지출이 가능하고 미사용 잔액은 전액 반납하여야 함

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

① ⁠「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

○ 법인세법 기본통칙 3-2…1【수익사업에서 생긴 소득의 범위】

① 법 제3조제3항의 수익사업에서 생긴 소득이라 함은 해당 사업에서 생긴 주된 수입금액 및 이와 직접 관련하여 생긴 부수수익의 합계액에서 해당 사업수익에 대응하는 손비를 공제한 소득을 말한다.

② 제1항에서 ¨부수수익¨이라 함은 수익사업과 관련하여 부수적으로 발생하는 수익으로서 예시하면 다음과 같다.

1. 부산물, 작업폐물 등의 매출액 및 역무제공에 의한 수입 등과 같이 기업회계관행상 영업수입금액에 포함하는 금액

2. 수익사업과 관련하여 발생하는 채무면제익, 외환차익, 매입할인, 원가차익 및 상각채권추심이익 등

3. 수익사업과 관련하여 지출한 손금 중 환입된 금액

4. 수익사업의 손금에 산입한 제준비금 및 충당금 등의 환입액

5. 수익사업용 자산의 멸실 또는 손괴로 인하여 발생한 보험차익

6. 수익사업에 속하는 수입금액의 회수지연으로 인하여 받은 연체이자 또는 연체료수입(수익사업과 관련된 계약의 위약, 해약으로 받는 위약금과 배상금 등을 포함한다)

○ 법인세법 기본통칙 3-2…3【수익사업과 비수익사업의 구분】

비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

2. 비수익사업에 속하는 것

마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액

○ 법인세법 제15조【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】

법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

5. 무상으로 받은 자산의 가액

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

○ 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제36조【학교기업】

① 산업교육기관 또는 산학협력단은 학생과 교원의 현장실습교육과 연구에 활용하고, 산업교육기관에서 개발된 기술을 민간부문에 이전하여 사업화를 촉진하기 위하여 특정 학과 또는 교육과정과 연계하여 직접 물품의 제조ㆍ가공ㆍ수선ㆍ판매, 용역의 제공 등을 하는 부서(이하 "학교기업"이라 한다)를 둘 수 있다. 이 경우 그 사업활동으로 인하여 교육에 지장을 주거나 학생과 교직원에게 이용을 강제하여서는 아니 된다.

② 학교기업의 수입은 다음 각 호의 구분에 따른 회계의 수입으로 하되, 학교기업별로 구분하여 회계처리하여야 한다.

1. 산업교육기관이 학교기업을 두는 경우 : 산업교육기관 회계(국ㆍ공립대학의 경우에는 산학협력단 회계를 말한다)

2. 산학협력단이 학교기업을 두는 경우 : 산학협력단 회계

③ 학교기업으로 운영할 수 있는 사업종목과 그 밖에 학교기업의 설치ㆍ운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

4. 관련사례

○ 서면2팀-920, 2006.05.23.

1. 지방자치단체산하 재단법인이 용역제공 등에 대한 대가관계없이 지방자치단체나 정통부산하인 한국소프트웨어진흥원 등으로부터 보조금 및 출연금을 지원받는 수입은 법인세법 제3조에 규정한 수익사업소득에 해당하지 아니하는 것이며, 보조금 등을 수익사업에 지출 또는 전입하는 경우 법인세법시행규칙 제76조 제3항에 의하여 수익사업의 자본의 원입으로 처리하는 것이며 전입한 보조금 등으로 부가가치세과세사업에 해당하는 수익사업용자산을 취득하는 경우 부가가치세법 제17조 규정에 의하여 부가가치세매입세액공제를 받을 수 있는 것임.

2. 귀 질의와 유사한 경우에 적용될 수 있는 규정을 보내드리니 업무에 참고

붙임 : ※ 법인46012-2909, 1998.10.08

○ 서면인터넷방문상담2팀-472, 2006.03.07.

의료업을 영위하는 비영리법인이 「응급의료에 관한 법률」 제27조의 규정에 의하여 설치된 ⁠‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은 법 제15조의 규정에 따라 ⁠‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유 업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분 경리하여야 하는 것입니다. 다만, 당해 비영리법인이 같은 법 제17조 및 ⁠「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ⁠‘응급의료기관 지원비’ 등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서 「법인세법 시행령」제2조의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출・사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는 「법인세법 시행령」제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는 것입니다.

○ 재법인-667, 2004.12.10.

비영리법인이 법인세법시행령 제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 연구 및 개발업을 수행하면서 용역대가 없이 정부로부터 출연받은 경우 동 출연금은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당되지 아니하는 것이며, 비영리법인이 동 출연금으로 취득한 기계장치(시험용 설비)를 동법시행규칙 제76조 제3항의 규정에 따라 수익사업으로 전입하고 동 자산가액을 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 기계장치에 대하여 동법시행령 제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입하는 것임.

○ 서이46012-10360, 2003.02.19.

비영리법인에 해당하는 재단법인 ○○시험연구원이 산업기술기반조성에관한법률 제5조 제2항의 규정에 의하여 산업자원부장관과 유해성시험평가 지원센터 기술기반조성사업에 대한 협약을 맺고 동법 동조 제3항의 규정에 의하여 동 기술기반조성사업을 실시하는데 소요되는 비용을 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 출연받는 경우 동 출연금은 당해 비영리법인의 수익사업소득에 해당되지 아니한다.

출처 : 국세청 2018. 05. 17. 서면-2017-법인-3129[법인세과-1190] | 국세법령정보시스템