요지

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AA공사의 인적·물적 설비로 관리·운용되는 BB기금은 해당 기금의 업무를 전담하고 있는 이전본사 근무인원을 산정할 수 없어 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 규정에 따른 법인세를 감면받을 수 없는 것임

회신

AA공사의 인적·물적 설비로 관리·운용되는 BB기금은 해당 기금의 업무를 전담하고 있는 이전본사 근무인원을 산정할 수 없어 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 규정에 따른 법인세를 감면받을 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ AA공사는 ｢AA공사법｣에 따라 설립된 공공기관(이하 ⁠“공사계정”)으로

  -｢AA공사법｣ 에 따라 설치한‘BB기금(이하 ⁠“기금계정”)’을 운용하고 있으며 현황은 다음과 같음

  ①(인력운용) 공사계정 및 기금계정 정원은 ○○장관의 승인을 받아 결정되고, 승인된 인력 정원 범위 내에서 부족인력을 AA공사를 주체로 채용하여 계정구분 없이 공사 전체 업무를 위해 배치 및 운용

  ② ⁠(인력관리) 채용 및 기 고용된 인력은 본사 및 지사에 공사계정과 기금계정 업무를 수행하기 위해서 전체 조직 구성에 따라 인력이 배치되며, 공사계정 및 기금계정 업무를 공동으로 수행하고 있고, 개개인이 공사계정 및 기금계정 전담인력으로 특정되어 운용되고 있지 않음(매년 2차례 인사이동으로 담당업무 변경이 발생)

  ③ ⁠(급여집행) 급여는 공사계정 및 기금계정에서 승인된 정원을 기준으로 예산을 승인받아 그 승인비율에 따라 안분하여 집행

  ④(물적자원) 각 계정에서 사용하는 물적자원을 명확히 구분할 수 없는 바, 전체 소요되는 관련비용을 결산 시에 매출액 기준으로 안분하여 기금계정에서 공사계정으로 분담함

  ⑤(세무처리) 공사와 기금의 회계를 각각 구분하여 회계처리하고 공사계정 및 기금계정별로 납세의무 부담

     * BB기금은 법인으로 보는 단체로 사업자등록 후 독립적으로 법인세 신고 및 납부

 ○공사는 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 제1항 각호의 요건을 갖추어 2014년 11월에 서울에 소재한 본사(공사와 기금계정)를 지방으로 이전 완료함

2. 질의내용

 ○기금계정이 본사를 서울에서 수도권 밖으로 이전하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 ⁠‘법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면’을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

 ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소를 둔 법인일 것

  2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것

 ②지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

  2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 다목의 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

  가.해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

  다. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

  라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

  3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

 ③ 제2항제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다. >

○ 조세특례제한법 시행령 제60조 【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

 ⑧법 제63조의2제3항을 적용할 때 상시 근무인원은 「근로기준법」 제2조제1항제2호에 따른 사용자 중 상시 근무하는 자 및 같은 법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다. >

  1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자

  2.「근로기준법」 제2조제1항제9호에 따른 단시간근로자.

  3.「법인세법 시행령」 제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원 중 상시 근무하지 않는 자

  4. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 따라 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 않고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 않는 자

 ⑨법 제63조의2제4항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임원"이란 「법인세법 시행령」 제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다.

○ 국세기본법 제14조【실질과세】

 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

 ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

4. 관련사례

○ 조세특례제한법 기본통칙 63의2-0…2【본사근무인원의 범위】

  법 제63조의2제2항의 규정을 적용함에 있어서 규칙 제2조제2항의 규정에 의한 일용근로자 및 기업부설연구소의 연구전담요원과 ｢증권거래법｣에 의해 선임된 사외이사는 본사근무인원에 포함하지 아니한다.

○ 사전-2015-법령해석법인-0416, 2015.12.07.

  조세특례제한법 제63조의2 법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면을 적용할 때, AA기금의 인적･물적 설비로 관리･운용되는 BB기금의 업무를 전담하고 있는 AA기금의 임직원을 기준으로 하여 이전본사 근무인원을 산정하여 본사 지방이전에 대한 감면을 적용할 수 없는 것임

출처 : 국세청 2020. 09. 18. 서면-2019-법인-0090[법인세과-3350] | 국세법령정보시스템