요지

특별법에 따라 설립된 한국과학기술원이 나노종합기술원을 부설기관으로 설립하여 출연금을 재원으로 나노장비를 취득한 후 고유목적사업을 위하여 장비를 임대하고 실비 상당의 사용료를 받는 경우 면세사업에 해당하므로 장비 취득관련 매입세액이 불공제 되는 것이며 실비 공급인지 여부는 사실판단할 사항임

회신

1. ｢한국과학기술원법｣에 따라 설립된 한국과학기술원이 나노기술의 발전을 위하여 ｢나노기술개발 촉진법｣에 따라 나노종합기술원을 부설기관(지점)으로 설립하여 정부출연금을 재원으로 나노장비를 취득한 후 고유의 목적사업을 위하여 장비를 임대하고 실비 상당의 사용료를 받는 경우 ｢부가가치세법｣ 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되므로 장비 취득 관련 매입세액은 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 불공제되는 것이며, 이 경우 장비 사용료가 실비인지 여부는 사실판단할 사항임
2. 위 장비 임대가 과세사업인 경우로서 해당 장비를 비과세사업에 공통으로 사용하여 장비 취득 관련 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 같은 법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조제1항에 따라 안분계산하는 것이며, 비과세사업에 공통으로 사용하는지 여부는 실제 사업내용 및 장비 이용현황에 따라 사실판단할 사항임

 ○ 질의법인은 과학기술인재 양성 및 연구개발, 연구지원 등을 위해 ｢한국과학기술원법｣에 따라 설립된 비영리법인으로

  - ’02년 정부로부터 나노팹센터 구축 및 운영기관으로 선정되어 출연금을 지급받아 나노장비를 구축, 운영하고 있으며 해당 사업을 위해 ⁠‘나노종합기술원’(이하 ⁠“기술원”)을 지점(부설기관) 등록함

 ○ 기술원의 설립 근거법인 ｢나노기술개발촉진법｣(이하 ⁠“나노촉진법”)에 따르면 설립목적은 나노기술관련 연구개발 시설‧장비의 공동활용, 전문인력 양성, 연구성과 실용화 및 기업의 창업지원 등이며

  - 출연금을 재원으로 취득한 나노장비를 이용자에게 임대하고 수취한 이용료에 대하여 부가가치세를 신고납부하면서 해당 장비 취득관련 매입세액을 전액 공제함

2. 질의내용

 1. 비영리법인이 정부출연금으로 구축한 장비를 임대하고 사용료를 받는 경우 고유목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역으로서 면세대상에 해당하여 관련 매입세액을 불공제하여야 하는지 여부

 2. ⁠(쟁점 1에서 과세대상인 경우) 비영리법인이 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아 관련 매입세액을 안분계산하여야 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

   1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체(종교단체의 경우에는 그 소속단체를 포함한다)로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  ① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】

  법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다.

   11. 제1호 내지 제5호‧제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제3조【공익법인등의 범위】

  영 제12조제11호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   3. ｢한국과학기술원법｣ 기타 특별법에 의하여 설립되었거나 육성되는 법인이 운영하는 사업으로서 ｢공익법인의 설립‧운영에 관한 법률 시행령｣ 제2조에 해당하는 사업

○ 공익법인의 설립‧운영에 관한 법률 시행령 제2조【정의】

  ① ｢공익법인의 설립‧운영에 관한 법률」제2조에서 "사회일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금‧장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술‧자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인"이라 함은 다음의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다.

   3. 학문 또는 과학기술의 연구‧조사‧개발‧보급을 목적으로 하는 사업 및 이들 사업을 지원하는 도서관‧박물관‧과학관 기타 이와 유사한 시설을 설치‧운영하는 사업

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 제81조【공통매입세액 안분 계산】

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

○ 한국과학기술원법 제1조【목적】

  이 법은 산업발전에 필요한 과학기술분야에 관하여 깊이 있는 이론과 실제적인 응용력을 갖춘 고급과학기술인재를 양성하고 국가 정책적으로 수행하는 중‧장기 연구개발과 국가과학기술 저력 배양을 위한 기초‧응용연구를 하며, 다른 연구기관이나 산업계 등에 대한 연구지원을 하기 위하여 한국과학기술원을 설립함을 목적으로 한다.

○ 한국과학기술원법 제3조【설립】

  ① 과학기술원은 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

○ 한국과학기술원법 시행령 제2조【설립등기】

  ① ｢한국과학기술원법｣ 제3조에 따라 한국과학기술원(이하 "과학기술원"이라 한다)은 정관의 인가를 받은 날부터 3주 내에 주된 사무소의 소재지에 설립등기를 하여야 한다.

○ 한국과학기술원법 제5조【정관】

  ② 과학기술원은 정관을 변경하려면 과학기술정보통신부장관의 인가를 받아야 한다.

  ③ 과학기술정보통신부장관은 제2항에 따른 정관 변경의 인가를 하려면 미리 교육부장관의 동의를 받아야 한다.

○ 한국과학기술원법 제7조【총장】

  ③ 총장은 정관으로 정하는 바에 따라 이사회에서 선임하되, 과학기술정보통신부장관의 승인을 받아야 한다.

  ④ 과학기술정보통신부장관은 제3항에 따른 총장의 선임을 승인하려면 미리 교육부장관의 동의를 받아야 한다.

○ 한국과학기술원법 제10조【출연금】

  ① 국가 또는 ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조에 따른 공공기관은 과학기술원의 설립‧건설‧연구 및 운영에 필요한 경비에 충당하도록 과학기술원에 출연금을 지급할 수 있다.

○ 한국과학기술원법 제11조의2【수익사업】

  ① 과학기술원은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 교육‧연구 활동에 지장이 없는 범위에서 수익사업을 할 수 있다.

  ② 제1항에 따른 수익금은 과학기술원의 경영에 충당하여야 한다.

○ 한국과학기술원법 제12조【사업계획서 등의 제출】

  ① 과학기술원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 매 사업연도가 시작되기 전에 사업계획서와 예산서를 과학기술정보통신부장관에게 제출하여 승인을 받아야 한다. 이 경우 학사에 관한 사업계획서와 예산서는 교육부장관에게도 제출하여야 한다.

○ 한국과학기술원법 제13조【지원‧조정 등】

  과학기술정보통신부장관은 과학기술원을 지원‧육성하며, 그 업무를 조정‧감독한다.

○ 한국과학기술원법 제19조【연구계획서 및 연구보고서 등의 제출】

  ① 과학기술원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구계획서와 연구보고서를 과학기술정보통신부장관에게 제출하여야 한다. 다만, 수탁계약에 따른 연구에 대하여는 그러하지 아니하다.

○ 한국과학기술원법 제21조【연구시설 등의 공동이용】

  과학기술원은 연구생산성의 향상과 연구시설의 효율적인 이용을 위하여 다른 연구기관‧대학 및 전문단체 등과 상호 협의하여 연구시설‧기기 등을 공동이용 하도록 노력하여야 한다. 이 경우 그 비용은 이용기관이 부담하여야 한다.

○ 나노기술개발 촉진법 제1조【목적】

  이 법은 나노기술의 연구기반을 조성하여 나노기술의 체계적인 육성‧발전을 꾀함으로써 과학기술의 혁신과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 나노기술개발 촉진법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "나노기술"이란 다음 각 목의 기술을 말한다.

    가. 물질을 나노미터 크기의 범주에서 조작‧분석하고 이를 제어함으로써 새롭거나 개선된 물리적‧화학적‧생물학적 특성을 나타내는 소재‧소자(素子) 또는 시스템을 만들어 내는 과학기술

    나. 소재등을 나노미터 크기의 범주에서 미세하게 가공하는 과학기술

   2. "나노팹"이란 나노기술의 연구개발을 추진하는 데에 필요한 분석‧가공‧공정 또는 특성평가 등과 관련된 모든 장비‧시설을 말한다.

○ 나노기술개발 촉진법 제11조【연구시설 등의 확충】

  ② 정부는 대통령령으로 정하는 바에 따라 산업계‧학계 및 연구계의 나노기술 관련 연구개발 시설‧장비의 공동활용, 전문인력의 양성, 연구성과의 실용화 및 기업의 창업 지원 등의 기능을 수행할 수 있도록 나노팹센터를 구축‧운영한다.

○ 나노기술개발 촉진법 시행령 제11조【나노팹센터】

  법 제11조제2항의 규정에 따른 나노팹센터는 법인으로 설립하여 운영하되, 자율적인 운영이 가능한 재정 및 인력 등을 갖출 때까지 한시적으로 다른 법인 또는 기관의 부설기관으로 운영할 수 있다.

출처 : 국세청 2021. 04. 01. 서면-2021-법령해석부가-1344[법령해석과-1167] | 국세법령정보시스템