요지

분할기일 전에 용역제공의 대가로서 발생한 연구인력개발비는 분할법인에게 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구인력개발비에 대한 세액공제 적용됨

회신

귀 서면질의의 사실관계와 같이 분할신설법인이 물적분할 시 분할법인으로부터 승계한 위탁연구개발용역 계약과 관련하여 승계한 선급금 중 분할기일 전에 용역제공의 대가로서 발생한 연구인력개발비는 분할법인에게 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구인력개발비에 대한 세액공제(이하 ⁠‘세액공제’)가 적용되고, 분할 이후에 용역제공의 대가로서 발생한 연구인력개발비는 분할신설법인에게 세액공제가 적용되는 것임

1. 사실관계

○ A법인은 B법인의 ⁠‘○○ 사업’ 부문을 상법상 물적분할 하여 설립한 법인으로(분할기일: ’20.11.2.)

  - 분할 사업부문의 자산·부채 및 권리·의무 등을 승계받아 ⁠‘○○ 사업을 포함한 방위사업을 영위하고 있음

○ A법인은 분할 사업부문과 관련된 연구개발 전담인력과 연구개발에 대한 제반 권리·의무를 B법인으로부터 승계받았고

  - 이 건 분할은 단순 물적분할로서 A법인이 설립 시에 발행하는 주식의 총수를 분할법인에 100% 배정함

○ B법인은 분할이전인 ’19.12.9. 체결한 수탁법인과 ⁠‘쟁점 용역계약’을 체결하고

   * A법인은 분할 사업부문에 해당하는 쟁점 용역계약을 분할기일에 승계하고 계약자 명의가 A법인으로 변경됨

  - ’19.12.13. 계약금 2,***백만원(이하 ⁠‘쟁점 선급금’)을 수탁법인에 지급하고 선급금*으로 계상함

    * 분할 시 쟁점 선급금을 포함한 분할사업무문의 순자산가액에 대해 신주를 교부

 ○ 쟁점 용역계약은 ’19.12.9. 체결된 이후 여러 차례 변경되어 용역기간 ’19.12.9.∼’21.11.30.에서 ’19.12.9.∼’23.6.30.로, 공급가액 3,***백만원에서 4,***백만원으로 변경되었음

2. 질의내용

 ○ 분할 시 승계한 위탁연구개발용역 계약 관련 선급금이 분할신설법인의 연구･인력개발비 세액공제 적용대상인지 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다. ⁠(중략)

  3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, ⁠(생략)

   가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

   나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

    1) 중소기업인 경우: 100분의 25

    2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

     가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

     나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

    3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

    4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

　 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

 ② 제1항제3호에 따른 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비 및 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. ∼ 2. ⁠(생략)

 ⑨ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

   해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

 ⑩ 법 제10조제1항제3호에 따른 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비 및 이 조 제9항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병등을 하기 전에 피합병법인등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비로 본다.

○ 법인세법 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

 ① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

  1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

  2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

○조세특례제한법 기본통칙 10-0…1【 연구・인력개발비에 대한 세액공제 】

 ① 법 제10조에 따른 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 동 비용이 발생된 각 과세연도마다 적용한다.

 ② 제1항의 규정은 해당비용을 연구개발비 등 자산계정으로 처리한 경우에도 적용한다.

○조세특례제한법 기본통칙 10-9…3 【 분할 등이 속하는 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 계산 】

 법 제10조 제1항 각 호에 따른 ⁠“당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비”를 계산함에 있어서 내국법인이 분할・분할합병・사업양도 또는 현물출자(이하 ⁠“분할 등” 이라 함)를 한 후 존속하는 경우 분할・분할합병・사업양도 또는 현물출자일(이하 ⁠“분할일 등”이라 함)이 속하는 사업연도 개시일부터 분할일 등의 전일까지 분할 등을 하기 전 분할법인・사업양도법인 또는 현물출자법인으로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 분할 등을 한 후 분할법인・사업양도법인 또는 현물출자법인에서 발생한 것으로 본다.

출처 : 국세청 2024. 08. 06. 서면-2023-법규법인-2669 | 국세법령정보시스템