요지

고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 해당 준비금을 고유목적사업이나 지정기부금에 사용하지 아니한 경우(5년 내 사용하지 아니한 잔액으로 한정함)에는 그 준비금 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입함

회신

비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 해당 준비금을 고유목적사업이나 지정기부금에 사용하지 아니한 경우(5년 내 사용하지 아니한 잔액으로 한정함)에는 그 준비금 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하고,「법인세법 시행령」제56조 제7항에 따른 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의 법인은 사회복지법인으로 보유하고 있던 부동산을 매각하고 양도소득에 대하여는 전액 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하고 부동산 매각대금은 노후화된 시설의 신축대금으로 사용할 계획임

* 사회복지법인은 수익사업 소득금액의 100%를 고유목적사업준비금 설정 가능(조특법§74)

2. 질의내용

○ 부동산 양도소득에 대하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 경우 사용의무 기간은

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 삭제

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항제4호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제39조제1항제1호에 해당하는 단체

2. 삭제

3. 법령에 의하여 설치된 기금

4. 「공동주택관리법」 제2조제1항제1호가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의·임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구

⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

⑦ 법 제29조제7항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 25의 율

⑧ 법 제29조제8항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 ⁠「조세특례제한법」에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다.

○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함하며, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 공시대상기업집단에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제3조제1호에 따른 동일인 관련자의 관계에 있는 공익법인등이 매각대금으로 해당 기업집단에 속하는 법인의 의결권 있는 주식등을 취득한 경우는 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.

4. 관련예규 등

○ 법인, 법인세과-3289, 2008.11.06

비영리내국법인의 출연 받은 재산에 대한 ｢법인세법｣ 제29조 제3항 및 ｢상속세및증여세법｣ 제48조 제2항의 중복적용 여부에 대하여는 기존 회신문 서면2팀-1060(2008.05.30)호를 보내드리오니 참고하시기 바람

 ◈ 서면2팀-1060(2008.05.30)

 고유목적사업준비금은 법인세법 제29조 제2항의 규정에 따라 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내 고유목적사업 및 지정기부금의 지출에 사용하여야 하며,

 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 매각한 날부터 3년 이내에 공익목적사업에 사용하여야 하는 것으로,

 귀 질의 법인이 위의 규정이 모두 적용되는 비영리법인이라면 법인세법과 상속세 및 증여세법의 적용 범위를 동시에 고려하여 사실판단하기 바람

○ 법인, 법인세과-1447, 2009.12.30

비영리내국법인이 임대용 건물을 취득하기 위하여 지출한 금액은 「법인세법 시행령」제56조 제5항에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보지 않는 것이며, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 해당 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)에는 이를 익금에 산입하고, 같은 영 제56조 제7항의 규정에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것임

○ 법인, 법인세과-222, 2014.05.09

귀 질의의 경우, 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것이며,

다만, 동 금액에 대해서는「법인세법」제29조제1항제4호 또는「조세특례제한법」제74조제1항의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있습니다.

○ 법인, 서면인터넷방문상담2팀-1687, 2005.10.21

비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 해당 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)에는 이를 익금에 산입하고, 법인세법시행령 제56조 제7항 제2호의 규정에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것으로

고유목적사업준비금을 불가피하게 사용하지 못한 경우에 대하여는 별도의 예외규정을 두고 있지 않으므로 질의와 같은 경우에도 이자상당가산액을 포함하여 법인세를 납부하여야 하는 것입니다.

○ 상증, 기획재정부 재산세제과-32 , 2017.01.12

「법인세법」제29조 제1항에 따라 비영리내국법인인 공익법인이 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 후, 해당 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니하여 ⁠「법인세법」제29조 제4항에 따라 그 미사용잔액을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 부과되는 법인세 상당액은 구 ⁠「상속세 및 증여세법」(2016.12.20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것) 제48조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제38조 제4항에서 규정하는 공익법인등이 출연받은 재산의 매각대금에 대한 사후관리 대상에서 제외하는 것입니다.

구 ⁠「상속세 및 증여세법」(2016.12.20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것) 제48조 제2항 제3호에 따라 공익법인등이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우와 같은 법 제48조 제2항 제4호에 따라 공익법인등이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용한 경우에는 즉시 증여세를 부과하는 것입니다.

귀 질의의 경우 공익법인등이 운용소득 및 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익법인등에 부과된 법인세 등의 납부에 사용한 차입금의 상환에 사용한 경우 그 차입금 상환액에 대해서는 증여세를 부과하지 않는 것입니다. 다만, 같은 법 시행령 제38조 제4항 및 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 그 차입금 상환액은 직접 공익목적사업에 사용한 금액에는 포함하지 않는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 06. 29. 서면-2019-법인-2812[법인세과-2203] | 국세법령정보시스템