요지

비영리법인이 국가로부터 위탁받은 위험물 검사용역사업을 영위하면서 발생한 손익이 실질적으로 국가에 귀속될 경우 해당 사업에 대해서는 법인세가 과세되지 않는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 아래의 질의 회신 사례(서면 법규과-777, 2014.7.22.)를 참조하시기 바랍니다.

비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업(이하 ⁠‘해당사업’)을 영위하면서 위․수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세법 제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임

1. 사실관계

○○○○○○문화의집(이하 ⁠‘질의법인’이라 함)은「청소년기본법」제18조 및「청소년활동진흥법」제11조에 따라 □□시 □□구가 건립(’△△.△월)하고 사단법인 ○○○○○○○○(이하 ⁠‘수탁자’라 함)이 운영하는 청소년 시설임

○수탁자는 청소년 및 일반인을 대상으로 신체활동 프로그램, 시설이용대관, 카페를 직접 운영하면서 이용료를 받고 있음

-위‧수탁협약에 따라 제3자에게 권리선정, 양도, 전매, 대여, 교환, 재위탁 제한 조건에 따라 수탁재산 전부를 수탁자가 직접 운영

-위‧수탁협약 기간 만료시 수익금과 기타 취득된 재산은 서울특별시 성북구에 귀속됨

2. 질의내용

○비영리법인이 지방자치단체와 위․수탁협약을 맺고 성북청소년문화의집을 운영하면서 발생한 수익 전부를 시설운용에 재투자하고 위탁기간 만료시 취득 재산과 집행 잔액을 반납하는 조건인 경우, 법인세 과세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

④ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조에 따른 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득만 해당한다.

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

가. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원

나. ⁠「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 따른 학교

다. ⁠「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)

라. ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

마. 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

가. 「사회복지사업법」 제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인·노숙인 시설 및 결핵·한센인 시설

나. 「국민기초생활보장법」 제15조의2제1항 및 제16조제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터

다. 「아동복지법」 제52조제1항에 따른 아동복지시설

라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)

마. 「노인장기요양보험법」 제2조제4호에 따른 장기요양기관

바. 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설 및 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는 「중증장애인생산품 우선구매 특별법」 제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설

사. 「한부모가족지원법」 제19조제1항에 따른 한부모가족복지시설

아. 「영유아보육법」 제10조에 따른 어린이집

자. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제9조제1항 및 제17조제1항에 따른 지원시설 및 성매매피해상담소

차. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제3조제6호 및 제7호에 따른 정신요양시설 및 정신재활시설

카. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조제2항 및 제12조제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설

타. ⁠「입양특례법」 제20조제1항에 따른 입양기관

파. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조제2항 및 제7조제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설

하. 「다문화가족지원법」 제12조제1항에 따른 다문화가족지원센터

거. 「건강가정기본법」 제35조제1항에 따른 건강가정지원센터

5. 연금 및 공제업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. ⁠「국민연금법」에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

6. 사회보장보험업중 ⁠「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과 ⁠「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. ⁠「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 ⁠「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

다. ⁠「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

라. ⁠「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업

마. ⁠「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

바. ⁠「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

9. ⁠「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업

10. ⁠「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)

11. 「국민기초생활 보장법」 제2조에 따른 수급권자·차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업

12. 비영리법인(사립학교의 신축·증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업

13. 「국민체육진흥법」 제33조에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및 ⁠「태권도 진흥 및 태권도공원조성에 관한 법률」에 따른 국기원의 승단·승급·승품 심사사업

14. ⁠「수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따른 수도권매립지관리공사가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업

15. ⁠「한국장학재단 설립 등에 관한 법률」에 따른 한국장학재단이 같은 법 제24조의2에 따른 학자금대출계정을 통하여 운영하는 학자금 대출사업

16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제15호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「소득세법」 제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다.

4. 관련예규 등

○ 서면 법규과-777, 2014.7.22.

비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업(이하 ⁠‘해당사업’)을 영위하면서 위․수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세법 제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임

○ 서면-2014-법령해석법인-19555[법령해석과-1761], 2015.07.21.

공단이 방사성폐기물 발생자로부터 방사성폐기물 관리비용을 징수하는 사업과 방사성폐기물 관리기금의 관리운용 사무를 위탁받아 수행하는 사업은 수익사업에 해당하지 않고, 중・저준위방사성폐기물 운반사업은 수익사업에 해당함

○ 서면-2016-법인-3265[법인세과-1457], 2016.06.13.

비영리법인이 국가로부터 위탁받은 위험물 검사용역 사업을 영위하면서 위・수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 국가에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 ⁠「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임

○ 서면-2018-법인-2750[법인세과-23], 2019.01.03.

공단이 산업통상자원부장관으로부터 자금의 관리운용에 관한 사무를 위탁받아 관리운용하면서 이에 소요되는 경비를 자금에서 집행하고 매년 정산하여 잔액은 다시 반환하는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 아니하는 것임

○ 기획재정부 법인세제과-644, 2018.05.26.

기술보증기금이 기본재산으로 출연 받는 출연금은 ⁠「법인세법」제3조제3항에 따른 비영리내국법인의 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것임

출처 : 국세청 2021. 04. 29. 서면-2021-법인-2592[법인세과-951] | 국세법령정보시스템