요지

2주택을 보유한 1세대가 ’21.1.1.이후 1주택을 먼저 양도하고 보유기간(해당 주택의 취득일부터 양도일가지 기간) 중 2년 이상 거주한 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 ｢소득세법｣ 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 기존 해석사례인 ⁠“서면-2022-부동산-1386, 2022.04.04.” 및 ⁠“서면-2021-부동산-1042, 2021.03.11.”를 참고하시기 바랍니다.

○ 서면-2022-부동산-1386(2022.04.04.)
귀 질의의 경우, 2주택을 보유한 1세대가 ’21.1.1.이후 1주택을 먼저 양도하고 보유기간(해당 주택의 취득일부터 양도일가지 기간) 중 2년 이상 거주한 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 ｢소득세법｣ 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것입니다.

○ 서면-2021-부동산-1042(2021.03.11)
재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 1세대1주택에 해당하는 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서, 기존주택에서 2년 이상 거주하였으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에도 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하는 것입니다. 다만, 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않은 경우 청산금납부분 양도차익에 대해서는 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

2. 질의내용

 -재건축주택은 장기보유특별공제 계산시 관리처분계획인가일 전 양도차익과 관리처분계획인가일 후 양도차익으로 구분하는데, ’23년에 C주택을 양도한 후 ’28년에 A주택 양도시 관리처분계획인가 전 2주택 기간도 1세대1주택 공제율[표2] 적용이 가능한지

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ⁠“양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ⁠“양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 다른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

 ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제159조의4【장기보유특별공제】

 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

4. 유사사례

○ 서면-2022-부동산-1386(2022.04.04.)

[답변내용]

귀 질의의 경우, 2주택을 보유한 1세대가 ’21.1.1.이후 1주택을 먼저 양도하고 보유기간(해당 주택의 취득일부터 양도일가지 기간) 중 2년 이상 거주한 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 ｢소득세법｣ 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것입니다.

○ 서면-2021-부동산-7577(2022.04.06.)

[답변내용]

귀 질의의 경우 2주택(A,B)을 보유한 1세대가 ’21.1.1.이후 1주택(A) 양도하고, 신규주택(C)을 취득하여, ｢소득세법 시행령｣ 제155조제1항에 따라 종전주택(B)을 양도하는 경우로서, 보유기간(해당 주택의 취득일부터 양도일까지 기간) 중 2년 이상 거주한 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 ｢소득세법｣ 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것입니다.

○ 사전-2021-법령해석재산-1600(2021.12.07.)

[답변내용]

 「소득세법 시행령」제156조의3 제2항에 따른 1주택과 1분양권을 소유한 상태에서, 2년 이상 거주한 기존 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 ⁠「소득세법」 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것임

○ 사전-2021-법령해석재산-1337(2021.10.29)

[답변내용]

  귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 3주택(A, B, C)을 보유한 1세대가 2021.1.1. 이후 2주택(B, C)을 양도하여 양도일 현재 국내에 1주택(A)을 보유하고, 보유기간(해당 주택의 취득일부터 양도일까지 기간) 중 2년 이상 거주한 최종 1주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 「소득세법」 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것입니다.

○ 서면-2020-법령해석재산-1806(2020.06.08)

[답변내용]

 귀 질의의 경우, A주택 양도시 ⁠「소득세법」제95조제2항 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 같은 법 제95조제4항에 따라 A주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 같은 법 시행령 제159조의3에 따른 거주기간은 A주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것입니다.

○ 서면-2021-부동산-1042(2021.03.11)

[답변내용]

 재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 1세대1주택에 해당하는 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서, 기존주택에서 2년 이상 거주하였으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에도 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하는 것입니다. 다만, 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않은 경우 청산금납부분 양도차익에 대해서는 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 표2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것입니다.

○ 서면-2022-부동산-2529(2022.06.02)

[답변내용]

 2022.5.10. 이후 양도하는 주택의 1세대1주택 비과세 보유기간은 ｢소득세법 시행령(2022.05.31. 대통령령 제32654호로 개정된 것)｣ 제154조제5항에 따라 해당 주택의 취득일부터 기산하는 것입니다.

출처 : 국세청 2023. 08. 29. 서면-2021-부동산-4259[부동산납세과-2124] | 국세법령정보시스템