요지

｢경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따른 개발사업시행자로 지정된 자가 관할 관청이 승인한 ⁠‘남컨테이너 항만배후단지 조성사업’을 시행·준공하여 그 대가로 조성된 토지 및 항만시설을 취득하는 경우 부가가치세가 과세되는 것이고, 이 경우 해당 용역의 과세표준은 개발사업시행자가 실제로 부담한 총 사업비(건설자금이자 등 포함)가 되는 것임

답변내용

｢경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따른 개발사업시행자로 지정된 자(이하 ⁠“개발사업시행자”라 한다.)가 관할 관청이 승인한 ⁠‘남컨테이너 항만배후단지 조성사업’을 시행·준공하여 그 대가로 조성된 토지 및 항만시설을 취득하는 경우 해당 용역은 ｢부가가치세법｣ 제11조제1항에 따라 부가가치세가 과세되는 것이고, 이 경우 해당 용역의 과세표준은 같은 법 제29조제1항 및 제3항에 따라 개발사업시행자가 해당 공사와 관련하여 실제로 부담한 총 사업비(건설자금이자 등 포함)가 되는 것입니다.
한편 해당 용역의 공급시기는 같은 법 제16조제1항에 따라 용역의 제공이 완료되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때이나 용역제공의 완료 여부가 불분명한 경우에는 준공검사일 또는 준공인가일이 되는 것이고, 준공인가일 전에 가사용 승인에 의하여 해당 시설 등이 사용 가능한 때에는 가사용 승인일이 되는 것이며 세금계산서를 발급하는 경우 공급받는 자는 같은 법 제32조제1항에 따라 ◇◇경제자유구역청이 되는 것입니다.

 질의요지

 ○ △△항만공사가 ｢경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따라 ⁠‘남컨테이너 항만배후단지 조성사업’을 시행하는 경우에

  1. △△항만공사가 항만배후단지를 준공하고 조성된 토지 및 항만시설을 취득할 경우, 부가가치세가 과세되는지 여부

  2. 부가가치세가 과세되는 경우 과세표준 산정 방법·용역의 공급시기·세금계산서 발급 시 공급받는 자는 누구인지 여부

 사실관계

○ △△항만공사(이하 ⁠“공사”)는 ｢항만공사법｣에 따라 2004년 설립된 공공기관으로 ●● 및 ◆◆공사가 각각 87.31%, 12.69%의 지분을 보유하고 있음

 ○ 공사는 ｢경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법｣(이하 ⁠“경자법”)에 따라 ◇◇경제자유구역청(이하 ⁠“경자청”)으로부터

  - ⁠‘남컨테이너 항만배후단지 조성사업’(이하 ⁠“본건사업”, 관련 용역은 이하 ⁠“쟁점용역”) 실시계획을 승인^* 받음

   * 경자법에 따라 실시계획 또는 준공검사 등의 승인을 받은 경우 항만공사법 등에 따른 실시계획 또는 준공검사 등의 승인도 받은 것으로 의제됨

 ○ 본건사업은 ☆☆건설사무소(이하 ⁠“건설사무소”)와 공동으로 시행하며, 총 사업비는 공사와 건설사무소가 5:5로 부담하고,

  - 공사는 토지 및 항만시설을 준공 후 총 사업비 분담률에 따라 토지 및 항만시설 50%를 취득함

 관련 법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

  ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

   1. 역무의 제공이 완료되는 때

   2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

○ 부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

  ② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

   4. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 매립용역을 제공하는 경우: ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 산정한 해당 매립공사에 든 총사업비

○ 부가가치세법 시행령 제62조【시가의 기준】

  법 제29조제3항 및 제4항에 따른 시가는 다음 각 호의 가격으로 한다.

   1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제3조의4【경제자유구역발전계획 수립 등】

  ① 시ㆍ도지사는 경제자유구역기본계획의 효율적인 추진을 위하여 5년마다 경제자유구역발전계획(이하 "발전계획"이라 한다)을 수립하고 시행하여야 한다. 이 경우 시ㆍ도지사는 미리 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)의 의견을 들어야 한다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3【개발사업시행자의 지정】

  ① 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구(제4조제6항에 따라 분할하여 개발하는 경우에만 해당한다)에 대한 개발사업시행자를 지정한다.

   3. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 시행령 제6조의6【개발사업시행자의 지정】

  ① 법 제8조의3제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 기관"이란 다음 각 호와 같다.

   7. ｢항만공사법｣에 따른 항만공사

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제9조【경제자유구역개발사업 실시계획의 승인】

  ① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제11조【인가ㆍ허가 등의 의제】

  ① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의 및 신고 등(이하 "허가 등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가 등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.

   7. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용허가, 같은 법 제17조에 따른 점용ㆍ사용 실시계획의 승인(매립면허를 받은 매립예정지는 제외한다), 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 같은 법 제33조에 따른 고시, 같은 법 제35조에 따른 국가 등이 시행하는 매립의 협의 또는 승인 및 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인ㆍ고시

   19의2. ｢항만공사법｣ 제22조에 따른 실시계획의 승인

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제14조【준공검사】

  ① 개발사업시행자는 개발사업의 전부 또는 일부를 완료한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 관할 시ㆍ도지사의 준공검사를 받아야 한다. 이 경우 관할 시ㆍ도지사는 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

  ② 개발사업시행자가 제1항에 따라 준공검사를 받은 경우에는 제11조제1항 각 호의 허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가를 받은 것으로 본다.

  ③ 제1항에 따른 준공검사 전에는 개발된 토지나 설치된 시설을 사용할 수 없다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 시ㆍ도지사의 사용허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제27조의2【경제자유구역의 행정기구】

  ① 시ㆍ도지사는 제3조의4ㆍ제27조ㆍ제30조의 사무를 처리하기 위하여 이를 전담하는 행정기구를 설치한다. 이 경우 경제자유구역이 둘 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 협의하여 공동 행정기구를 설치한다.

  ② 제1항에 따른 행정기구(이하 "경제자유구역청"이라 한다)의 장은 시ㆍ도지사가 임명하되, 산업통상자원부장관과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 경제자유구역이 둘 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 협의하여 공동 임명한다.

  ③ 경제자유구역청의 장(이하 "경제자유구역청장"이라 한다)의 임기는 3년으로 하되, 연임할 수 있으며, 그 밖에 임용기준 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제30조【권한의 위임 및 위탁】

  ③ 시ㆍ도지사는 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역청장에게 위임하거나 위탁할 수 있다.

○ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 시행령 제31조【권한의 위임】

  ③ 시ㆍ도지사는 법 제30조제3항에 따라 다음 각 호의 권한을 경제자유구역청장에게 위임한다.

   8. 법 제8조의3제1항 및 제2항에 따른 개발사업시행자의 지정

   16. 법 제9조제1항에 따른 실시계획의 승인과 변경승인

   24. 법 제14조제1항에 따른 준공검사 및 같은 조 제3항 단서에 따른 준공검사 전 토지 등의 사용허가(관계 행정기관의 장과의 사전협의 포함)

○ 항만공사법 제22조【실시계획의 승인】

  ① 공사가 항만시설공사 또는 신항만건설사업을 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업의 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 수립하여 해양수산부장관의 승인을 받아야 하고, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

○ 항만공사법 제23조【다른 법률에 따른 인가ㆍ허가 등의의제】

  ① 공사가 제22조에 따른 항만시설공사의 실시계획의 승인을 받았을 때에는 다음 각 호의 인가ㆍ허가ㆍ면허ㆍ승인ㆍ결정ㆍ지정ㆍ협의ㆍ신고 또는 해제 등(이하 "인가ㆍ허가 등"이라 한다)에 관하여 해양수산부장관이 인가ㆍ허가 등의 관계 행정기관의 장과 미리 협의한 사항에 대해서는 해당 인가ㆍ허가 등을 받은 것으로 본다.

   4. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용허가, 같은 법 제17조에 따른 공유수면 점용ㆍ사용 실시계획의 승인 또는 신고, 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 같은 법 제35조에 따른 국가 등이 시행하는 공유수면 매립의 협의ㆍ승인 및 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인

   14. ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣ 제9조제1항에 따른 실시계획의 승인

○ 항만공사법 제24조【준공확인】

  ① 공사는 제22조에 따른 실시계획의 승인을 받은 항만시설공사 또는 신항만건설사업에 관한 공사를 완료하면 지체 없이 공사준공보고서를 해양수산부장관에게 제출하고 준공확인을 받아야 한다.

  ④ 누구든지 제2항에 따른 준공확인증명서를 발급받기 전에는 항만시설공사 또는 신항만건설사업으로 조성ㆍ설치된 토지나 시설을 사용할 수 없다. 다만, 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 신고를 한 경우에는 이를 사용할 수 있다.

○ 항만공사법 시행규칙 제7조【준공 전 사용신고】

   1. 해당 토지 또는 시설의 공정 현황

   2. 해당 토지 또는 시설의 사용 가능성 및 안전성 등에 관한 공사감리자의 의견서

   3. 해당 토지 또는 시설의 완성단계 도면 및 사진

   4. 해당 토지 또는 시설에 대한 경비·보안이 필요한 경우에는 그 경비·보안에 관한 대책

○ 항만공사법 제25조【항만시설의 귀속 등】

  ① 공사가 공사의 재원으로 제22조제1항에 따라 실시계획의 승인을 받아 항만시설공사 또는 신항만건설사업을 시행하여 조성한 토지 및 설치한 항만시설이 준공된 경우 그 토지 및 항만시설은 공사에 귀속된다.

○ 항만법 제15조【항만시설의 귀속 등】

  ① 제9조제2항 본문에 따른 비관리청의 항만개발사업으로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 시ㆍ도에 귀속된다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다.

  ② ｢항만공사법｣에 따라 설립된 항만공사가 그 재원으로 같은 법 제22조제1항에 따라 실시계획의 승인을 받아 항만시설공사를 시행하여 조성한 토지 및 설치한 항만시설이 준공된 경우 그 토지 및 항만시설은 제1항 본문에도 불구하고 항만공사에 귀속된다.

출처 : 국세청 2023. 05. 30. 사전-2022-법규부가-0739[법규과-1395] | 국세법령정보시스템