비영리법인 보유 시 중소기업 독립성 기준 충족 여부

요지

자산총액이 5천억원 이상으로서 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 비영리법인이 내국법인의 주식을 100분의 30 이상 직접적 또는 간접적으로 소유하는 경우, 해당 내국법인은 구 ｢조세특례제한법 시행령｣(2020.12.29., 대통령령 제31295호로 개정 전의 것) 제2조 제1항 제3호에 따른 중소기업의 요건을 충족하는 것임

회신

자산총액이 5천억원 이상으로서 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣제14조 제1항 및 제14조의3에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 비영리법인이 내국법인의 주식을 100분의 30 이상 직접적 또는 간접적으로 소유하는 경우, 해당 내국법인은 구 ｢조세특례제한법 시행령｣(2020.12.29., 대통령령 제31295호로 개정 전의 것) 제2조 제1항 제3호에 따른 중소기업의 요건을 충족하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 ⁠‘17.7.11. 개업한 법인으로 ｢농업협동조합법｣에 따라 설립된 비영리법인인 ⁠‘갑’법인이 100%를 출자한 법인임

○ 질의법인에 100%출자한 ⁠‘갑’법인은 자산총액이 2조원 상당의 규모이며, 농업협동조합법 제65조2에 따른 외부감사대상기업^*임

   * 조합장 임기 개시일 이전에 정기총회의 승인을 받은 최근 결산보고서에 적힌 자산총액이 5백억원 이상인 지역농협

2. 질의내용

 ○중소기업 여부 판정 시 질의법인이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제3호에 따른 독립성 기준을 충족하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

  (2020.12.29., 31295호로 개정전)

① 법 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 ⁠“매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

  4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

○ 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】

    (2019.12.10. 16815호 개정 전)

 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

 가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

    (2020.06.09. 30776호 개정 전)

 ① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

 나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단(이하 이 호에서 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사 중 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

  1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

  2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

○ 법인세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "내국법인"이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가. 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인

나. ⁠「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다. 「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

○ 법인세법 시행령 제2조 【정의】

① ⁠「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제2호나목에서 "대통령령으로 정하는 조합법인 등"이란 다음 각 호의 법인을 말한다.

1. ⁠「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다)과 그 중앙회

2. ⁠「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 조합과 그 연합회 및 전국연합회

3. ⁠「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다)과 그 중앙회

4. ⁠「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다)과 그 중앙회

5. ⁠「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 엽연초생산협동조합과 그 중앙회

6. 삭제

7. 삭제

8. ⁠「중소기업협동조합법」에 따라 설립된 조합과 그 연합회 및 중앙회

9. ⁠「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합과 그 연합회 및 중앙회

10. ⁠「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고와 그 연합회

11. ⁠「염업조합법」에 따라 설립된 대한염업조합

○ 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "회사"란 제4조제1항에 따른 외부감사의 대상이 되는 주식회사 및 유한회사를 말한다.

2. "재무제표"란 다음 각 목의 모든 서류를 말한다.

가. 재무상태표(「상법」 제447조 및 제579조의 대차대조표를 말한다)

나. 손익계산서 또는 포괄손익계산서(「상법」 제447조 및 제579조의 손익계산서를 말한다)

다. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

3. "연결재무제표"란 회사와 다른 회사(조합 등 법인격이 없는 기업을 포함한다)가 대통령령으로 정하는 지배·종속의 관계에 있는 경우 지배하는 회사(이하 "지배회사"라 한다)가 작성하는 다음 각 목의 모든 서류를 말한다.

가. 연결재무상태표

나. 연결손익계산서 또는 연결포괄손익계산서

다. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

4. "주권상장법인"이란 주식회사 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항제3호에 따른 주권상장법인을 말한다.

5. "대형비상장주식회사"란 주식회사 중 주권상장법인이 아닌 회사로서 직전 사업연도 말의 자산총액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 회사를 말한다.

6. "임원"이란 이사, 감사[「상법」 제415조의2 및 제542조의11에 따른 감사위원회(이하 "감사위원회"라 한다)의 위원을 포함한다], 「상법」 제408조의2에 따른 집행임원 및 같은 법 제401조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

7. "감사인"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

가. 「공인회계사법」 제23조에 따른 회계법인(이하 "회계법인"이라 한다)

나. 「공인회계사법」 제41조에 따라 설립된 한국공인회계사회(이하 "한국공인회계사회"라 한다)에 총리령으로 정하는 바에 따라 등록을 한 감사반(이하 "감사반"이라 한다)

8. "감사보고서"란 감사인이 회사가 제5조제3항에 따라 작성한 재무제표(연결재무제표를 작성하는 회사의 경우에는 연결재무제표를 포함한다. 이하 같다)를 제16조의 회계감사기준에 따라 감사하고 그에 따른 감사의견을 표명(表明)한 보고서를 말한다.

○ 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제3조【다른 법률과의 관계】

① 회사의 외부감사에 관한 다른 법률을 제정하거나 개정하는 경우에는 이 법의 목적과 기본원칙에 맞도록 하여야 한다.

② 공인회계사의 감사에 관한 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 규정이 이 법과 다른 경우에는 그 규정을 적용한다. 다만, 회사의 회계처리기준에 관한 사항은 그러하지 아니하다.

○ 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제4조【외부감사의 대상】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사는 재무제표를 작성하여 회사로부터 독립된 외부의 감사인(재무제표 및 연결재무제표의 감사인은 동일하여야 한다. 이하 같다)에 의한 회계감사를 받아야 한다.

1. 주권상장법인

2. 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되려는 회사

3. 그 밖에 직전 사업연도 말의 자산, 부채, 종업원수 또는 매출액 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 회사. 다만, 해당 회사가 유한회사인 경우에는 본문의 요건 외에 사원 수, 유한회사로 조직변경 후 기간 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 유한회사에 한정한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사는 외부의 감사인에 의한 회계감사를 받지 아니할 수 있다.

1. ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 공기업 또는 준정부기관으로 지정받은 회사 중 주권상장법인이 아닌 회사

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 회사

○ 농업협동조합법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "조합"이란 지역조합과 품목조합을 말한다.

2. "지역조합"이란 이 법에 따라 설립된 지역농업협동조합과 지역축산업협동조합을 말한다.

3. "품목조합"이란 이 법에 따라 설립된 품목별ㆍ업종별 협동조합을 말한다.

4. "중앙회"란 이 법에 따라 설립된 농업협동조합중앙회를 말한다.

○ 농업협동조합법 제65조의2 【외부감사인에의한 회계 감사】

① 조합장의 임기 개시일 직전 회계연도 말의 자산 등 사업 규모가 대통령령으로 정하는 기준 이상인 지역농협은 그 조합장의 임기 개시일부터 2년이 지난 날이 속하는 회계연도에 대하여 ⁠「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인(이하 이 조에서 "감사인"이라 한다)의 회계감사를 받아야 한다.

② 제1항의 대통령령으로 정하는 기준에 미달되는 지역농협의 경우 조합장 임기 중 1회에 한하여 대의원 3분의 1 이상의 청구가 있으면 청구한 날이 속하는 해의 직전 회계연도에 대하여 감사인의 회계감사를 받아야 한다.

③ 감사인은 제1항과 제2항에 따른 회계감사를 하였으면 회계감사보고서를 작성하여 농림축산식품부령으로 정하는 기간 이내에 해당 지역농협의 이사회, 감사 및 회장에게 제출하여야 한다.

○ 농업협동조합법 시행령 제8조의2 【외부감사인에의한 회계감사를 받아야 하는 조합】

법 제65조의2제1항(법 제107조 및 제112조에서 준용하는 경우를 포함한다)에서 "대통령령으로 정하는 기준 이상인 지역농협"이란 조합장 임기 개시일 이전에 법 제71조제3항에 따라 정기총회의 승인을 받은 최근 결산보고서에 적힌 자산총액이 5백억원 이상인 지역농협을 말한다.

4. 관련사례

○ 기획재정부 조세특례제도과-674 , 2018.09.05

   자산총액이 5천억원 이상인 비영리법인이 기업의 주식을 100분의 30 이상 직접적 또는 간접적으로 소유하는 경우 해당 기업은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제3호 및 ｢중소기업기본법 시행령｣(’09.3.25., 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제3조 제2호 나목에 따른 중소기업 요건 중 실질적인 독립성 기준에 위배되지 않는 것임

○ 기획재정부 조세특례제도과-56 , 2017.01.12.

   기준-2015-법령해석법인-0006, 2017.01.16

   조세특례제한법상 중소기업은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호(후단 규정 제외)에 의하여 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합하여야 하는 것이며, 자산총액이 5천억원 이상인 비영리법인이 기업의 주식을 30% 이상 직접적 또는 간접적으로 소유하는 경우, 해당 자회사는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호(2015.6.30. 대통령령 제26356호로 일부개정된 것)에 의하여 실질적인 독립성 기준에 위배되지 않는 것임

○ 중기청 정책총괄과-916, 2011.8.10.

   중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에서 제1호 나목에 따른 법인은 영리법인만을 대상으로 하므로 비영리법인이 100분의 30 이상의 주식을 소유하면서 최대주주인 기업은 동 규정의 적용대상이 아님

출처 : 국세청 2021. 05. 03. 서면-2020-법인-2033[법인세과-988] | 국세법령정보시스템