요지

21.1.1. 현재 일반주택과 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항에 따른 주택을 보유한 상태에서 일반주택을 양도하는 경우 보유기간 기산일은 해당 일반주택의 취득일로 하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 21.1.1. 현재 일반주택과 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항에 따른 주택을 보유한 상태에서 일반주택을 양도하는 경우 보유기간 기산일에 관해서는 아래 기존해석사례(사전-2021-법령해석재산-0884, 2021.12.28.)를 참고하시기 바랍니다.
○ 사전-2021-법령해석재산-0884, 2021.12.28.
｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용할 때 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것으로서, ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항에 따른 특례주택(B주택)과 일반주택(A주택)을 보유한 세대가 일반주택(A주택)을 양도하는 경우 해당 양도주택(A주택)의 1세대 1주택 비과세 해당 여부 판단 시 특례주택(B주택)은 주택 수에 포함하지 않는 것이며, 이 경우 양도주택(A주택)의 보유기간 기산일은 해당주택(A주택)의 취득일로 하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ A주택(재건축주택)

  - 1996.12.**. □□시 △△동 소재 A주택 취득

  - 2015.06.**. 사업시행인가

  - 2020.03.**. 재건축주택 완성

  - 2021년 중 A주택 양도 예정

 ○B주택(조특법상 특례주택)

  - 2013.11.**. ◎◎도 □□시 ◊◊동 소재 B주택 취득계약

  - 2014.01.**. B주택 취득

  * 조세특례제한법 제99조의2를 적용받는 주택

 ○ C주택(대체주택)

  - 2016.05.**. A주택의 사업시행기간 동안 거주 목적으로 취득

  - 2020.12.**. 별도세대 자녀에게 부담부증여(대체주택 특례로 비과세)

2. 질의내용

 ○ ´21.1.1. 현재 일반주택과 조특법§99의2에 따른 주택(소득법§89①(3)의 1세대1주택 비과세 규정 적용 시 소유주택으로 보지 않는 특례 주택)을 보유한 상태에서 일반주택을 양도하는 경우 보유기간 기산일

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(｢건축법｣ 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

 ⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 ⁠“대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

  1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

  2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주해야 한다.

  3. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것

○조세특례제한법 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 ｢주택법｣ 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 ② ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

출처 : 국세청 2022. 03. 18. 서면-2021-법규재산-5890[법규과-882] | 국세법령정보시스템