요지

사업자가 자기의 과세사업을 위하여 인허가조건으로 기부채납하는 시설물에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이며, 시설물 공사비 관련 매입세액은 토지관련 매입세액과 면세사업등에 관련된 매입세액을 제외하고는 매출세액에서 공제되는 것임

회신

사업자가 부가가치세가 과세되는 아파트를 신축하기 위하여 지방자치단체에 공공시설을 기부채납하는 조건으로 인허가(공원 부지를 주거지역으로 변경)를 받는 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 ｢부가가치세법｣ 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되며, 해당 공공시설의 건설과 관련된 매입세액은 자기 사업과 관련이 있는 것으로 보아 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제되는 것입니다.
다만, 당해 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 공제하지 아니하는 것이며, 자기의 사업이 과･면세 겸업인 경우에는 같은 법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하여야 하는 것으로 기존 해석사례를 보내드리니 참조하시기 바랍니다.
○ 사전-2019-법령해석부가-0361, 2019.8.28.
사업자가 부가가치세 과세사업에 사용할 글로벌비즈니스센터를 신축하기 위하여 지방자치단체에 공공시설을 기부채납하는 조건으로 인허가(건축법상 용적률의 상향조정 등)를 받는 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 ⁠「부가가치세법」 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되며, 해당 공공시설의 건설과 관련된 매입세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 자기의 매출세액에서 공제되는 것임. 다만, 공공시설의 건설과 관련하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임
○ 법규부가2014-76, 2014.4.10.
부동산임대업과 금융보험업을 겸영하는 법인사업자가 부동산임대업과 금융보험업에 사용할 본점 건물을 신축함에 있어, 본점 건물에 대한 인허가의 조건(건축법상 용적률의 상향 조정)으로 기존 지점 사업장 및 공원부지 일부에 대한 추가공사를 시행하여 지방자치단체에 이를 기부채납하기로 하고 지방자치단체로부터 무상사용권을 부여받는 등 경제적 대가관계 없이 무상으로 인도하는 해당 시설물에 대하여는 ⁠「부가가치세법」 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이며, 해당 기부채납 시설물의 공사에 소요된 비용이 본점 건물에 대한 취득원가를 구성하는 경우로서 본점 건물의 과세사용면적과 면세사용면적이 객관적으로 구분되는 경우, 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 같은 조 제5항에 따라 공통매입세액안분계산 및 정산하는 것임. 다만, 공원부지 일부의 조성 등에 관련된 매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임
○ 부가가치세과-3947, 2008.10.31.
사업자가 부가가치세가 과세되는 주택개발사업을 수행하기 위해 기반시설 등을 신축하여 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 득한 경우, 동 시설의 건설과 관련된 매입세액은 자기 사업과 관련이 있는 것으로 보아 ⁠「부가가치세법」 제17조 제1항의 규정에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임. 다만, 당해 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 공제하지 아니하는 것이며 자기의 사업이 과·면세 겸업인 경우에는 ⁠「부가가치세법 시행령」 제61조의 규정에 따라 안분계산하여야 하는 것임

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 공원부지를 취득하여 93.1%에 해당하는 부지에 직접시설 건설비용과 기타시설 건설비용(송전탑, 방음시설 등)을 지출하여 공원을 조성함

  - 6.9%에 해당하는 공원부지를 주거지역으로 변경하는 조건으로 공원의 시설과 93.1%에 해당하는 공원부지를 지방자치단체에 기부채납함

  - 질의법인은 6.9%에 해당하는 공원부지에 아파트 2,500세대(국민주택규모 초과 20%, 이하 80%)를 건축하여 분양할 예정임

2. 질의내용

 ○ 공원 부지를 주거지역으로 변경하기 위한 기부채납이 부가가치세 과세대상인지

 ○ 기부채납과 관련하여 발생하는 공사비 등의 매입세액이 공제가능한지

3. 관련법령

 ○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

   ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

 ○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

   ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

    20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

   ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

    1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 ○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

   ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

    4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

    7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

 ○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

    사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다

 ○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】

   ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

   ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

    1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

    2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

    3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

   ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

    1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

    2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

    3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

출처 : 국세청 2021. 07. 16. 서면-2020-부가-6359[부가가치세과-1310] | 국세법령정보시스템