요지

(질의1) 통합고용세액공제(육아휴직복귀자)와 고용증대(사회보험료)세액공제 중복 적용 가능한 것임
(질의2) ’22년 7월 육아휴직 복귀자의 ’23년 지급된 인건비에 대한 육아휴직 복귀자 인건비 세액공제 적용 가능함(복직일로부터 1년이 되는 날이 속하는 달까지 지급한 인건비에 한해 공제 적용)

회신

(질의1) 내국법인은 2023 및 2024과세연도분에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제29조의8에 따른 통합고용세액공제를 적용받지 아니하고 같은 법 제29조의7에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 또는 같은 법 제30조의4에 따른 중소기업 사회보험료 세액공제를 선택하여 적용받을 수 있으며, 이 경우 같은 법 제29조의8 제4항에 따른 육아휴직 복귀자 세액공제 요건을 충족한 경우 해당 세액공제를 추가로 적용받을 수 있는 것입니다.
(질의2) 구 ｢조세특례제한법｣제29조의3 제2항에 따른 육아휴직 복귀자 인건비 세액공제를 적용함에 있어 2022년 12월 31일까지 육아휴직자를 복직시키는 경우에는 복직일로부터 1년이 되는 날이 속하는 달까지 지급한 인건비에 대해 세액공제를 받을 수 있는 것입니다.
따라서, 귀 질의사례와 같이 2022년 7월에 복직한 육아휴직 복귀자가 있는 경우 중견･중소기업은 복직한 날로부터 1년이 되는 날이 속하는 달까지 해당 육아휴직 복귀자에게 지급한 인건비에 대하여 세액공제를 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 ’23사업연도 법인세 신고 시 고용증대세액공제(조특법§29의7) 및 사회보험료세액공제(조특법§30의4)를 적용하였음

2. 질의내용

○(질의1) 통합고용세액공제 중 육아휴직복귀자 세액공제(조특법§29의8④)와 고용증대(사회보험료)세액공제를 동시에 적용할 수 있는지 여부

 ○(질의2) ’22년 7월 육아휴직에서 복귀한 근로자에게 ⁠‘23년에 지급한 인건비가 육아휴직 복귀자 인건비 세액공제 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 구 조세특례제한법 제29조의3【경력단절 여성 고용 기업 등에 대한 세액공제】

 ① 중소기업 또는 중견기업이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 여성(이하 이 조 및 제30조에서 "경력단절 여성"이라 한다)과 2022년 12월 31일까지 1년 이상의 근로계약을 체결하는 경우에는 고용한 날부터 2년이 되는 날이 속하는 달까지 해당 경력단절 여성에게 지급한 대통령령으로 정하는 인건비의 100분의 30(중견기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 해당 기업 또는 해당 기업과 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 동일한 업종의 기업에서 1년 이상 근무(대통령령으로 정하는 바에 따라 경력단절 여성의 근로소득세가 원천징수되었던 사실이 확인되는 경우로 한정한다)한 후 대통령령으로 정하는 결혼ㆍ임신ㆍ출산ㆍ육아 및 자녀교육의 사유로 퇴직하였을 것

  2. 제1호에 따른 사유로 퇴직한 날부터 2년 이상 15년 미만의 기간이 지났을 것

  3. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)나 그와 대통령령으로 정하는 특수관계인이 아닐 것

 ② 중소기업 또는 중견기업이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 사람(이하 이 조에서 "육아휴직 복귀자"라 한다)을 2022년 12월 31일까지 복직시키는 경우에는 복직한 날부터 1년이 되는 날이 속하는 달까지 해당 육아휴직 복귀자에게 지급한 대통령령으로 정하는 인건비의 100분의 30(중견기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 해당 중소기업 또는 중견기업의 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다.

  1. 해당 기업에서 1년 이상 근무하였을 것(대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업이 육아휴직 복귀자의 근로소득세를 원천징수하였던 사실이 확인되는 경우로 한정한다)

  2. ⁠「남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률」제19조제1항에 따라 육아휴직한 경우로서 육아휴직 기간이 연속하여 6개월 이상일 것

  3. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)나 그와 대통령령으로 정하는 특수관계인이 아닐 것

 ③ ~ ⑥ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 제29조의8【통합고용세액공제】

 ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 또는 경력단절 여성 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,450만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,550만원)]을 곱한 금액

  2. 청년등상시근로자를 제외한 상시근로자의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

   가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 850만원

   나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 950만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ 중소기업 또는 중견기업이 2023년 6월 30일 당시 고용하고 있는 ⁠「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 이 조에서 "기간제근로자 및 단시간근로자"라 한다), ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자, ⁠「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2024년 1월 1일부터 2024년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 「하도급거래 공정화에 관한 법률」 제2조제2항제2호에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 "정규직 근로자로의 전환"이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원[해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)나 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 사람은 제외한다]에 1,300만원(중견기업의 경우에는 900만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 해당 과세연도에 해당 중소기업 또는 중견기업의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다.

 ④ 중소기업 또는 중견기업이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 사람(이하 이 조에서 "육아휴직 복귀자"라 한다)을 2025년 12월 31일까지 복직시키는 경우에는 육아휴직 복귀자 인원에 1,300만원(중견기업의 경우에는 900만원)을 곱한 금액을 복직한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 해당 과세연도에 해당 중소기업 또는 중견기업의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다.

  1. 해당 기업에서 1년 이상 근무하였을 것(대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업이 육아휴직 복귀자의 근로소득세를 원천징수하였던 사실이 확인되는 경우로 한정한다)

  2. 「남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따라 육아휴직한 경우로서 육아휴직 기간이 연속하여 6개월 이상일 것

  3. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)나 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 사람이 아닐 것

 ⑤ ~ ⑧ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

 ① ~ ② ⁠(생략)

 ③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제8조의3제3항, 제24조, 제26조, 제29조의5, 제29조의7, 제29조의8제1항, 제30조의4, 제104조의14 및 제104조의15를 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.

 ④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제62조제4항, 제63조제1항, 제63조의2제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6제1항ㆍ제2항, 제99조의9제2항, 제99조의11제1항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항 및 제121조의33제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제8조의3, 제13조의2, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항 및 제126조의7제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7 또는 제29조의8제1항을 동시에 적용하지 아니한다.

  ⑤ ~ ⑩ ⁠(생략)

  ⑪ 제29조의8제1항은 제29조의7 또는 제30조의4에 따른 공제를 받지 아니한 경우에만 적용한다.

출처 : 국세청 2024. 04. 22. 서면-2024-법인-1055 | 국세법령정보시스템