요지

사업자가 공유수면 매립용역의 공급을 위하여 지출한 비용 중에서 매립 준공 후 매립면허관청으로부터 총사업비로 승인받지 못한 비용이 A지구 개발구역 지정 및 개발계획 승인과 관련된 경우에는 관련 매입세액은 매출세액에서 공제가능한 것이나, 해당 비용이 A지구 개발구역 지정 및 개발계획 승인과 관련된 것인지 여부는 사실판단 사항임

회신

사업자가 ⁠「기업도시개발특별법」에 따라 문화체육관광부 장관 및 국토해양부 장관(이하 ⁠“문체부장관 등”)으로부터 영암․해남 관광레저형 기업도시 A지구(이하 ⁠“A지구”) 개발구역 지정 및 개발계획 승인을 받은 후 ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」(이하 ⁠“공유수면법”)에 따라 A지구의 공유수면 매립공사를 완료하였으나 해양수산부장관(이하 ⁠“매립면허관청”)으로부터 해당 매립공사에 지출한 비용 중 개발계획 변경 및 실시계획 승인 용역비용과 토사투입공사 용역비용(이하 ”토사투입공사 비용 등”)을 제외한 금액에 대해서만 매립공사의 총사업비로 승인받은 경우로서 토사투입공사 비용 등이 A지구 개발구역 지정 및 개발계획 승인과 관련하여 지출한 비용에 해당하는 경우 해당 비용 등을 지출하면서 부담한 매입세액은 ⁠「부가가치세법」제38조제1항제1호에 따라 매출세액에서 공제가능한 것입니다.
다만, 토사투입공사 비용 등이 공유수면법에 따라 A지구 개발구역 지정 및 개발계획 승인과 관련하여 지출한 비용인지 여부는 관련 사실 등을 종합하여 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ ◇◇도시개발(주)(이하 ⁠“질의법인”)는 2007.6.1 전라남도 해남군 산이면 **리 및 @@리 등(이하 ⁠“A지구”)에 기업도시개발사업(이하 ⁠“쟁점사업”)을 수행할 목적으로 설립된 법인임

 ○ 질의법인은 ⁠「기업도시개발특별법」(이하 ⁠“기업도시법”)에 따라 2007.12.26. 문화체육관광부 및 국토해양부 장관(이하 ⁠“문체부 장관 등”)에게 A지구의 개발구역 지정 및 개발계획 승인신청을 하여

  - 2010.1.13. 문체부장관 등으로부터 개발계획 승인을 받았으며, A지구 기업도시개발사업 시행자로 선정되었음

 ○ 질의법인이 쟁점사업을 시행하기 위해서는 ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률(이하 ⁠“공유수면법”)」에 따라 해양수산부장관, 시․도지사, 특별자치시장 또는 특별자치도지사(이하 ⁠“매립면허관청”)로부터 공유수면 매립면허를 받아야 하므로

  - 2010.8.25. A지구 공유수면의 기존 매립면허권자인 한국농어촌공사와 공유수면 매립권리의무 양수도 협약을 체결하여 2012.11.21. A지구 공유수면에 대한 매립권리를 양수하였음

 ○ 해양수산부는 모든 공유수면에 토사 등을 인위적으로 투입하여 매립(이하 ⁠“토사투입공사”)하는 것이 아니라

  - 홍수나 범람을 대비하여 방수제를 설치하고 배수 시설 및 도로를 설치하는 것으로 공유수면 매립공사의 간소화 준공 추진을 결정하였음

 ○ 이에 따라, 질의법인은 2016.1.15. 기업도시법 및 공유수면법에 따라 문체부장관 등에 수정된 공유수면의 개발계획 및 공유수면 매립공사 실시계획을 제출하였으며, 문체부장관 등은 2016.7.21. 이를 승인하였음

 ○ 질의법인은 2017.4월 공유수면 매립공사를 완료하였고, 2017.5.18. 해양수산부 장관으로부터 매립계획설계도에 따라 매립지가 적정하게 조성되었다는 확인을 받았으나

  - 질의법인이 매립공사로 지출한 비용 중 개발계획 변경 및 실시계획승인 용역과 토사투입공사 용역비용(이하 ⁠“토사투입공사 비용등”)을 제외한 133억 원에 대해서만 매립공사의 총사업비로 승인받음

 ○ 이에 따라 2017.8.22. 문화체육부 장관은 공유수면 매립 준공검사를 승인하였고,

  - 질의법인은 A지역의 매립지 중 승인된 총사업비 133억 원 및 이에 대한 부가가치세 13억 원에 해당하는 부분의 소유권을 취득하였으며

  - 해양수산부 장관이 승인한 총사업비 133억 원을 부가가치세 과세표준으로 하여 약 13억 원을 부가가치세 매출세액으로 신고납부함

  해양수산부에서 인정한 총사업비 내역

해양수산부에서 불인정한 주요 비용 지출내역

(단위 : 백만원)

거래처

내용

세금계산서 발행일

공급가액

부가

가치세

공제받은

매입세액

(주)◈◈

개발계획 변경 및 실시계획 승인 용역

2010.05.31.

800

80

61

2010.08.30.

800

80

61

2010.11.30.

800

80

61

2011.07.25.

800

80

61

2013.02.22

455

45

35

합 계

3,655

365

278

◉◉(주)

토사투입공사 용역

2010.06.07.

18,182

1,818

1,382

2014.09.01.

5,000

500

380

2014.11.30.

3,300

330

251

2014.12.31.

3,200

320

243

2015.12.31.

4,282

428

326

합 계

33,964

3,396

2,582

 ○ 질의법인은 설립 이후 2012.1. 전까지 지출한 지반조사비용, 측량비용, 사전환경성검토 비용, 환경영향평가 비용 등에 대한 부가가치세액을 전액 매입세액불공제하여 부가가치세를 신고납부 하였음

 ○ 당시 본점 관할세무서인 광주세무서는 2012.1. 질의법인에게 A지구 기업도시개발사업의 사업지 중 76%가 공유수면이고, 이와 관련된 매입세액은 공제 받을 수 있다고 통지하였으며

  - 이에 따라 질의법인은 통지 전에 이미 불공제한 매입세액에 대하여는 경정청구를 하였고, 통지 후부터 발생한 매입세액에 대하여는 면적비율로 안분하여 76%만 공제되는 것으로 신고하였음

  - 또한, 공유수면 준공 이전까지 발생한 매입세액에 대해서도 위와 같은 공통매입세액 안분방식과 동일하게 계속적으로 적용하여 왔음

  - 따라서 질의법인은 법인 설립부터 공유수면 매립공사 준공을 받을 때까지 발생한 매립공사 관련 매입세액으로 약 39억원을 환급받음

2. 질의내용

 ○ 사업자가 공유수면 매립용역의 공급을 위하여 지출한 비용 중에서 매립 준공 후 매립면허관청으로부터 총사업비로 승인받지 못한비용을 지출하면서 부담한 매입세액 공제 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

  2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

  6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

○ 부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

 ② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

  4. ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 매립용역을 제공하는 경우 : ⁠「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 산정한 해당 매립공사에 든 총사업비

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

   법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

  2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

  3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "공유수면"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

   가. 바다 : 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 ⁠「배타적 경제수역 및 대륙붕에 관한 법률」에 따른 배타적 경제수역 외측 한계까지의 사이

   나. 바닷가 : 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 지적공부(地籍公簿)에 등록된 지역까지의 사이

   다. 하천ㆍ호소(湖沼)ㆍ구거(溝渠), 그 밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류(水流)로서 국유인 것

  2. "포락지"란 지적공부에 등록된 토지가 물에 침식되어 수면 밑으로 잠긴 토지를 말한다.

  3. "간석지"란 만조수위선(滿潮水位線)과 간조수위선(干潮水位線) 사이를 말한다.

  4. "공유수면매립"이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제46조【매립지의 소유권 취득 등】

 ① 매립면허취득자가 제45조제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

  1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 매립지 : 국가 또는 지방자치단체

  2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함된 바닷가의 면적은 제외한다)의 매립지 : 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 매립면허취득자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

  3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지 : 매립면허취득자

  4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지(이하 "잔여매립지"라 한다) : 국가

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 시행령 제51조【매립지의 소유권취득 및 총사업비】

 ② 매립면허취득자가 법 제46조제1항제3호에 따라 총사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득할 때 해당 매립지의 가격산정은 인근 유사 토지의 거래가격을 고려한 적정가격으로 산정하되, 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 매립면허관청이 지정한 2인 이상의 감정평가업자(「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자를 말한다. 이하 같다)가 평가한 평가액의 산술평균치를 기준으로 한다.

 ④ 법 제46조제1항제3호에서 "조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액"이란 해당 매립공사의 준공검사 신청일을 기준으로 하여 해당 매립공사와 관련된 다음 각 호의 비용을 합산한 금액을 말한다.

  1. 조사비 : 매립공사의 시행을 위한 측량비, 그 밖의 조사비로서 순공사비에 포함되지 아니한 비용을 말하며,「엔지니어링산업 진흥법」제31조에 따른 엔지니어링사업의 대가 기준에 따라 계산한다.

  2. 설계비 : 매립공사의 시행을 위한 설계에 든 비용을 말하며, ⁠「엔진니어링산업 진흥법」 제31조에 따른 엔지니어링사업의 대가기준에 따라 계산한다.

  3. 순공사비 : 매립공사의 시행을 위한 재료비ㆍ노무비, 경비, 일반관리비 및 이윤의 합계액을 말하며, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제9조에 따른 예정가격 결정기준과 정부표준품셈 및 단가(정부고시가격이 있는 경우 그 가격을 말한다)에 따라 계산한다.

  4. 보상비 : 매립공사의 시행을 위하여 실제 든 보상비 및 손실방지시설의 설치비를 말한다.

  5. 부대비(附帶費) : 다음 각 목의 비용의 합계액을 말한다.

   가. 「엔지니어링산업 진흥법」 제31조에 따른 엔지니어링사업의 대가기준에 따른 시공감리비

   나. 「산업재해보상보험법」 제4조에 따른 보험료

   다. 천재지변으로 인한 피해액

   라. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제64조를 준용하여 산정한 물가변동에 따른 공사비 상승액. 이 경우 공사비 상승액은 제48조제6항에 따라 고시된 해당 매립공사의 시행기간(매립공사의 착수일부터 준공검사신청일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경 등 매립면허관청이 매립면허취득자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간 외의 기간은 산입하지 아니한다.

   마. 법령에 따른 제세공과금 및 부담금

   바. 환경영향평가비, 피해영향조사비, 제2항 및 제3항에 따른 매립지의 감정평가비 및 매립면허 부관의 이행에 드는 모든 비용

  6. 공정별 건설이자 : 제1호부터 제5호까지의 비용 합계액에 대하여 매립면허관청이 정하는 바에 따라 산정한 건설이자(이자율은 사업기간 중 ⁠「한국은행법」에 따른 한국은행이 발표하는 예금은행 정기예금 가중평균 수신금리를 적용한다). 이 경우 건설이자는 제48조제6항에 따라 고시된 해당 매립공사의 시행기간을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경 등 매립면허관청이 매립면허취득자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간 외의 기간은 이를 산입하지 아니한다.

 ⑤ 제4항제1호부터 제5호까지의 비용은 도급계약서, 세금계산서 등 증명서류를 기준으로 하며, 증명서류가 첨부되지 아니한 비용은 총사업비에 산입하지 아니한다.

○ 기업도시개발특별법 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "기업도시"란 산업입지와 경제활동을 위하여 민간기업(법인만 해당하며, 제48조제2항에 따라 대체지정된 시행자를 포함한다)이 산업ㆍ연구ㆍ관광ㆍ레저ㆍ업무 등의 주된 기능과 주거ㆍ교육ㆍ의료ㆍ문화 등의 자족적 복합기능을 고루 갖추도록 개발하는 도시를 말한다.

  2. "기업도시개발구역"이란 기업도시개발사업을 시행하기 위하여 제5조에 따라 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

  3. "기업도시개발사업"이란 기업도시를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다.

○ 기업도시개발특별법 제5조【개발구역의 지정 등】

 ① 국토교통부장관은 제4조에 따라 개발구역의 지정을 제안받은 경우에는 관할 광역시장ㆍ도지사(광역시장 또는 도지사와 공동으로 제안하는 경우에는 광역시장 또는 도지사는 제외한다)의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과의 협의를 거쳐 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제106조에 따른 중앙도시계획위원회와 제39조에 따른 도시개발위원회의 심의를 거쳐 개발구역을 지정할 수 있다. 제안자의 신청으로 개발구역의 지정을 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하려는 경우에도 같다.

○ 기업도시개발특별법 제10조【개발사업의 시행자 지정 등】

 ① 국토교통부장관은 제4조에 따라 개발구역의 지정을 제안한 민간기업 등을 개발사업의 시행자로 지정한다.

○ 기업도시개발특별법 제11조【개발계획의 승인 등】

 ① 제4조에 따라 개발구역의 지정을 제안하는 자는 지정 제안 시 기업도시개발계획(이하 "개발계획"이라 한다)을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다. 승인된 개발계획을 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하려는 경우에도 같다.

○ 기업도시개발특별법 제33조【「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 관한 특례】

 ① 개발사업의 시행을 위하여 개발계획에 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받은 매립예정지, 매립지 또는 준공인가를 받은 매립지(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제35조에 따라 국가 등이 시행하는 매립의 협의 또는 승인을 받은 경우를 포함하며, 이하 이 조에서 "매립지"라 한다)의 매립목적의 변경이 포함된 경우로서 그 매립목적의 변경이 같은 법 제49조제1항에 따라 매립목적을 변경할 수 있는 경우에 해당되는 경우에는 실시계획이 승인된 때에 같은 법 제48조 및 법률 제5911호 공유수면매립법개정법률 부칙 제3조에도 불구하고 해당 매립지의 매립목적이 해양수산부장관의 승인을 받아 개발계획의 토지용도로 변경된 것으로 본다.

 ③ 시행자는 매립목적을 변경하여 매립지를 사용하려는 경우에는 개발계획에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

  1. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제49조제1항 각 호의 어느 하나에 해당함을 증명하는 서류

  2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

 ④ 제1항 및 제3항에 따라 매립목적이 변경된 매립지의 재평가, 매립목적의 변경고시, 변경등기 및 재평가매립지의 소유권 취득 등에 관하여는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제49조제2항, 제4항부터 제6항까지 및 제50조에 따른다.

 ⑤ 제11조에 따라 개발계획이 승인된 경우에는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제35조제2항에도 불구하고 매립공사의 준공인가 전에 시행자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 있다.

 ⑥ 시행자가 제5항에 따라 매립에 관한 권리를 양도받는 경우 매립에 관한 권리의 양도ㆍ양수 가액과 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조에 따라 매립지의 소유권 취득을 위한 매립지 가액은 기업도시 지정 당시 현실이용현황으로 평가하여 산정하고, 개발구역의 지정 등 개발사업으로 인한 지가변동요인을 고려하지 아니한다.

 ⑦ 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조제1항제3호에도 불구하고 개발사업 시행자는 직접 투입한 같은 항에 따른 총사업비와 매립에 관한 권리의 양도ㆍ양수 가액을 합한 금액의 범위에서 해당 매립지의 소유권을 취득한다. 이 경우 매립에 관한 권리의 양도인은 제4조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 한한다.

 ⑧ 시행자가 제5항에 따라 매립에 관한 권리를 양도받은 때에는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받은 것으로 본다. 이 경우 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조제4항은 적용하지 아니한다.

 ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정은 법률 제7310호 기업도시개발특별법 시행 전에 이미 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제28조에 따라 매립면허를 받거나 같은 법 제35조에 따라 국가 등이 시행하는 매립의 협의 또는 승인을 받은 매립지에 대하여만 적용한다.

출처 : 국세청 2018. 10. 01. 서면-2018-법령해석부가-1905[법령해석과-2619] | 국세법령정보시스템