요지

적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 행사일로부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우 과세특례 적용을 신청한 주식매수선택권 행사이익에 대하여 ⁠「소득세법」제20조 및 ⁠「소득세법 시행령」제38조에 따라 소득세로 과세하는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 경우, 적격주식매수선택권을 재직 중 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 ⁠「조세특례제한법」제16조의4제1항에 따른 과세특례를 신청함에 따라  ⁠「소득세법」제20조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세가 과세되지 않았으나, 위 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 행사일로부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우 위 과세특례 적용을 신청한 주식매수선택권 행사이익에 대하여 ⁠「소득세법」제20조 및 ⁠「소득세법 시행령」제38조에 따라 소득세로 과세하는 것입니다.

1. 사실관계

○질의인은 ⁠‘17.11.01. AAA(주)로부터 적격주식매수선택권 부여받은 후 ’19.11월 주식매수선택권 행사및 조특법§16의4에 따른 과세특례를 신청함

  ○‘20.09.15. AAA(주)의 주식이 코스닥시장에 상장됨

 ○’20.10월 주식매수선택권 행사일로부터 1년 경과 전 당해 주식 매도함

2. 질의내용

 ○조특법§16의4에 따라 적격주식매수선택권을 행사하였으나, 과세특례요건을 갖추지 못하고 재직 중 처분하는 경우 근로소득세의 산정방법

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 에 대한 과세특례】

 ① 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2021년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.

  1.｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

  2.해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

 ②적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 ｢소득세법｣ 제97조제1항제1호에 따른 취득가액으로 한다.

 ④ 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 ｢법인세법｣ 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑤벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

  1.적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다) : 증여일 또는 처분일

  2.전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

 ⑥적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제14조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 에 대한 과세특례】

 ①법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다.

  1.부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

  2.해당 법인의 주주로서 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 자

  3.해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주

  4. 제3호의 주주와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

 ②법 제16조의4제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌"라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다.

 ③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 금융투자업자는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤법 제16조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

  1.벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

  2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

  3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

  4.｢벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제11조의3제3항에 따라 부여받은 주식매수선택권이 아닐 것

 ⑥ 법 제16조의4제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 ｢소득세법｣ 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 기획재정부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑦법 제16조의4제4항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다.

 ⑧법 제16조의4제5항제1호에서 "해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 사유를 말한다.

  1. 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우

  2.｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우

  3.합병ㆍ분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할신설법인의 신주를 지급받는 경우

 ⑨법 제16조의4제6항에서 "대통령령으로 정하는 자료"란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다.

출처 : 국세청 2021. 09. 16. 사전-2020-법령해석소득-0993[법령해석과-3231] | 국세법령정보시스템