요지

과세사업 목적으로 토지‧건물을 취득하여 사업을 시행하다 사업 중단으로 토지‧건물을 매각하는 경우, 사업시행 관련 매입세액은 공제하는 것이나 토지의 취득 및 자본적지출 관련 매입세액은 공제하지 아니하며 토지 공급을 위한 자문수수료 관련 매입세액 역시 공제하지 아니함

답변내용

부동산개발업을 영위하는 사업자(이하 ⁠“사업자”)가 지식산업단지를 조성하여 분양하는 과세사업을 영위할 목적으로 토지 및 철거 목적의 건물(이하 ⁠“부동산”)을 취득하며 거래가액을 전액 토지가액으로 하여 취득한 후 사업을 진행하던 중 사업이 중단되어 건물을 철거하지 아니하고 해당 부동산을 매각한 경우로서 당초 사업시행에 필요한 자금조달을 위한 금융자문 수수료, 사업성평가용역에 대한 수수료, 설계비, 신축공사 타절비 등을 지급하고 세금계산서를 수취한 경우 과세사업을 위하여 공급받은 용역에 대한 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제되는 것이나 해당 비용 중 부동산의 취득 및 토지 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 비용, 용역을 공급받지 아니하고 계약해지에 따른 위약금(합의금) 성격으로 지급한 비용 관련 매입세액은 같은 법 제39조제1항에 따라 공제하지 아니하는 것이며 부동산 매각을 위한 자문수수료 관련 매입세액이 부가가치세가 과세되는 건물과 면세되는 토지의 공급에 공통되는 매입세액인 경우 같은 법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 토지의 공급에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 것임

 ○ 신청법인은 부동산시행, 부동산컨설팅업 등을 영위하는 법인으로 지식산업단지를 조성, 분양하기 위해 ’19.12월 토지 및 건물(이하 ⁠“본건 부동산”)을 취득하여 사업을 진행하다 사업환경의 변화로 사업이 중단되어 ’20.10월 본건 부동산을 매각하였음

 ○ 당초 건물을 철거할 목적으로 취득하여 거래금액 전액을 토지가액으로 하였으나 사업 중단으로 건물이 철거되지 아니하여 매각시 감정평가를 받아 토지 0,000억원, 건물 00억원에 양도하였음

 ○ 신청법인은 본건 부동산 취득과 사업시행에 필요한 자금조달을 위한 금융자문수수료, 사업성평가용역 수수료, 설계비, 신축공사 타절비 등을 지출하고 관련 세금계산서를 수취하였으며, 본건 부동산 매각과 관련하여 매각자문, 법률자문 수수료를 지출하고 세금계산서를 수취함

   * 신청법인은 부동산시행업→부동산매매업으로 주업종 정정

2. 질의내용

 ○ 지식산업단지를 조성하여 분양할 목적으로 토지‧건물을 취득하여 사업을 시행하던 중 사업 중단으로 토지‧건물을 매각하는 경우 사업시행 관련 및 부동산 매각 관련 매입세액의 공제 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   14. 토지

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

  법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

   2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

   3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제77조【사업과 직접 관련이 없는 지출】

  법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 ｢소득세법 시행령｣ 제78조 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다.

출처 : 국세청 2020. 12. 17. 사전-2020-법령해석부가-1162[법령해석과-4146] | 국세법령정보시스템