요지

종합부동산세 합산배제신고자는 ｢국세기본법｣ 제45조의2제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구 할 수 있음

회신

주택, 별도합산과세대상토지 및 종합합산과세대상토지를 보유한 법인이 종합합산과세대상토지만을 대상으로 하여 조세특례제한법상 주택신축용 토지로 보아 종합부동산세 합산배제 신고한 경우로서, 위 신고 이후에 주택 및 별도합산과세대상토지가 종합부동산세법상 합산배제 대상이라는 이유로 경정청구를 하는 경우
해당 법인은 ｢국세기본법｣ 제45조의2제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 경정청구를 할 수 있습니다.

 ○◇◇◇◇구역주택재개발정비사업조합(이하 ⁠‘갑법인’)은 2010.1.6. 설립되어 2015.12.11. 사업시행인가를 받은 주택건설사업자임

 ○갑법인은 2019년 귀속 종합부동산세와 관련하여 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19 ⁠‘주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례’에 따라 갑법인이 보유 중인 주택신축용 토지 62건에 대하여 2019.9.17. 종합부동산세 합산배제 신고함

 ○자문신청기관은 위 합산배제 신고 토지 외에 갑법인이 보유하고 있는 종합부동산세 과세대상 주택 및 별도합산과세대상토지에 대하여만 2019년 귀속 종합부동산세를 계산하여 이를 2019.11.18. 부과결정하였고,갑법인은 고지세액을 전액 납부함

 ○이후, 갑법인은 종합부동산세가 과세된 위 주택 및 별도합산과세대상토지 모두 종합부동산세 과세대상이 아니라는 이유로 2021.1.13. 처분청에 경정청구함

2. 질의내용

 ○주택신축용 토지(종합합산과세대상토지에 해당) 및 별도합산과세대상토지와 주택을 보유하고 있는 법인이 주택신축용 토지만을 대상으로 하여 조세특례제한법상 종합부동산세 합산배제 신고하여 이에 대한 종합부동산세가 부과된 경우로서, 추후 별도합산과세대상토지 및 주택이 종합부동산세법상 합산배제 대상이라는 이유로 국세기본법상 통상의 경정청구기간(5년) 내에 경정청구 할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】(’20.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것)

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

  2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

 ②~⑥ ⁠(생략)

○종합부동산세법 제8조【과세표준】(’20.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것으로서 이하 같음)

 ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

  1. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 민간임대주택, ⁠「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

  2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령이 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한한다.

 ③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 "관할세무서장"이라 한다)에게 당해 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

 ④ 제1항을 적용할 때 1주택(주택의 부속토지만을 소유한 경우를 제외한다)과 다른 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)를 함께 소유하고 있는 경우에는 1세대 1주택자로 본다.

○종합부동산세법 제11조【과세방법】

 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 ｢지방세법｣ 제106조제1항제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조제1항제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

○종합부동산세법 제13조【과세표준】

 ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

 ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

 ③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

○종합부동산세법 제16조【부과‧징수 등】

 ① 관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 당해 연도 12월 1일부터 12월 15일(이하 "납부기간"이라 한다)까지 부과·징수한다.

 ② 관할세무서장은 종합부동산세를 징수하고자 하는 때에는 납세고지서에 주택 및 토지로 구분한 과세표준과 세액을 기재하여 납부기간 개시 5일 전까지 발부하여야 한다.

 ③ 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다.

 ④ 제3항의 규정에 따라 신고한 납세의무자는 신고기한 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장·한국은행 또는 체신관서에 종합부동산세를 납부하여야 한다.

 ⑤ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 종합부동산세의 부과절차 및 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 제104조의19【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(’19.11.26. 법률 제16652호로 개정되기 전의 것)

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 ⁠「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

  1. ⁠「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

  2. 「주택법」 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

  3. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

  4. ⁠「법인세법」제51조의2제1항제9호에 따른 법인

 ② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

 ③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

○조세특례제한법 시행령 제104조의18【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(’19.6.11. 대통령령 제29849호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제104조의19를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

 ② 법 제104조의19제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.

  1. 법 제104조의19제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액

  2. 법 제104조의19제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액

 ③ 법 제104조의19제3항에서 이자상당가산액이란 제2항에 따른 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  1. 법 제104조의19 제2항에 따라 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음 날부터 법 제104조의19조제3항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

  2. 1일 10만분의 25

출처 : 국세청 2021. 08. 24. 기준-2021-법령해석기본-0062[법령해석과-2911] | 국세법령정보시스템